В самом конце 1897 г. А.Н. Куропаткин был назначен управляющим военным министерством, а через полгода — был официально назначен военным министром. Одним из первых противодействий, что встретил ген. А.Н. Куропаткин на новом посту, стала деятельность министерства финансов во главе с С.Ю. Витте, всячески ограничивавшее расходы военного ведомства России. Граф А.А. Игнатьев вспоминал: «Военно-придворная петербургская знать мало интересовалась постом военного министра, как непричастного к светской жизни и гвардейским интригам, а потому поначалу легко переваривала появление на горизонте какого-то безвестного Куропаткина. О нем знали, что он боевой офицер, имеет ранения, был в свое время начальником штаба у Скобелева, участвовал в завоевании Средней Азии. Но в глазах света никакие личные заслуги не искупали скромного происхождения. И Куропаткину не могли простить его генерал-адъютантских аксельбантов, ибо они открывали ему доступ ко двору и уравнивали его с особами титулованными»{121}. Следовательно, военный министр мог рассчитывать лишь на поддержку царя; другой протекции, помимо собственных заслуг на ратном поприще, у него не было.
На посту военного министра А.Н. Куропаткин достиг высшего чина — генерала от инфантерии в 1900 г. Одним из наиболее существенных достижений в министерство Куропаткина стало перевооружение русских сухопутных вооруженных сил новейшим вооружением. Это и скорострельная артиллерия, и мосинские трехлинейки, и первые пулеметы. Заслуга генерала Куропаткина заключается в том, что он оказался вынужден преодолевать инерционное сопротивление существенной части высшего генералитета, в ряду которого были люди, стоявшие гораздо выше Куропаткина на социальной лестнице.
Прежде всего, это ген. М.И. Драгомиров, считавший, что многозарядные винтовки лишь мешают выполнению задач по ударному разгрому противника в бою. Драгомиров добивается, чтобы скорострельные 3-дм орудия не получили щитов для защиты прислуги в сражении. Он являлся ярым противником пулеметов. Иными словами, человек, столь много сделавший для воспитания солдата, в конечном счете пришел к нигилизму — воспитательный фактор превысил разумное начало: необходимость отсутствия щитов на пушках объяснялась тем, что щит умаляет воинский дух. В таких воззрениях ген. М.И. Драгомирова поддерживали многие, но А.Н. Куропаткин сумел преодолеть сопротивление (хотя и не до конца и не по всем параметрам) и перевооружить армию. При этом войска, расквартированные на Дальнем Востоке, перевооружались в первую очередь, так как перенос геополитических усилий Российской империи на Тихий океан становится несомненным{122}.
В этом же 1900 г. генерал Куропаткин выступил главой военного ведомства Российской империи в первом конфликте государства XX столетия — Китайском походе для подавления восстания «боксеров», как называли европейцы восставших против иноземного гнета китайцев, возглавлявшихся организацией «Ихэтуань». В ходе конфликта русские войска под командованием ген. Н.П. Линевича 1 августа 1900 г. взяли штурмом Пекин, а также ликвидировали массу отрядов восставших в Маньчжурии, некоторые из которых пытались вторгнуться даже и на территорию России. В 1902 г. Куропаткин был произведен императором в генерал-адъютанты.
На ответственности военного министра лежит составление стратегического планирования возможного военного конфликта с вероятными противниками. После заключения франко-русской конвенции 1892 г. тяжесть русского меча стала переноситься в Европу. Несмотря на то, что согласно франко-русским соглашениям задача Российской империи состояла в том, чтобы не позволить Германии вывести Францию из войны, А.Н. Куропаткин сумел сохранить в планировании приоритет удара по союзнику немцев — Австро-Венгрии. Если состязаться на равных один на один с мощной Германией русским было уже не под силу, то борьба с Двуединой монархией не представлялась особенно трудной. В итоге не менее половины всех сил русской действующей армии в случае Большой европейской войны при любом раскладе должна была быть отправлена против австро-венгерских армий. Этот приоритет будет сохраняться при всех преемниках генерала Куропаткина вплоть до Первой мировой войны.