Следующий выход лодка совершила в район Нью-Лондона к месту расположения военно-морской лаборатории гидроакустической аппаратуры. Испытания гидроакустической аппаратуры длились почти три недели. Затем «Трешер» участвовал в ряде учений с дизель-аккумуляторными лодками «Кавэлла» и «Хардхед». В начале апреля «Трешер» вышел в море, имея на борту специальную группу из отдела исследований противолодочных операций, состоявшую из военно-морских и гражданских специалистов, наблюдавших за совместными противолодочными учениями «Трешера» и «Кавэллы». После этих учений «Трешер» принял на борт командира 2-й группы опытовых подводных лодок капитана 1 ранга Эндрюса и его штаб. На переходе в военно-морскую базу Чарльстон штаб Эндрюса проверил боевую готовность лодки. Из базы Чарльстон «Трешер» дважды выходил в море с представителями местной власти и корреспондентами. Из Чарльстона корабль перешел в Гротон. С 17 апреля по 18 мая «Трешер» находился на судоверфи фирмы «Электрик боут», где его готовили к испытаниям, в ходе которых предполагалось установить влияние подводной взрывной волны на приборы и оборудование, расположенные внутри корпуса. Эти испытания предполагалось провести в районе военно-морской базы Ки-Вест. На пути в Ки-Вест «Трешер» сделал две остановки: в Лодердейле и на мысе Кеннеди. В Лодердейле на лодку погрузили учебные противолодочные ракето-торпеды «Саброк», после чего были проведены стрельбы. Заход на мыс Кеннеди имел строго секретный характер. Однако посещение базы «Трешером» стало широко известным фактом. Дело в том, что во время швартовки «Трешера» к месту стоянки один из буксиров таранил его. Удар пришелся ниже ватерлинии в районе балластной цистерны левого борта, в которой образовалась пробоина размером в один метр. В результате поступления забортной воды корабль накренился на левый борт примерно на 2 градуса. Крен был выровнен заполнением балластной цистерны правого борта. Для ремонта «Трешеру» пришлось снова направиться в Гротон. Ремонт был произведен менее чем за сутки, и корабль снова вступил в строй.
Очередной серией испытаний предусматривалось определить степень физического воздействия подводных взрывов на корабль в целом и на изменение его шумности. Для решения второй задачи необходимо было произвести замеры шумности «Трешера» до испытаний, в ходе испытаний и после них. Испытания проводились в районе Ки-Веста в течение двух недель. После серии взрывов глубинных бомб на постепенно уменьшавшейся дистанции от лодки она возвращалась в Ки-Вест для замера шумности. «Трешер» подвергся серьезным испытаниям и имел повреждения, которые, однако, не повлияли на его боеспособность, — все они исправлялись силами экипажа.
4 июля «Трешер» снова направился в залив Тонг-оф-Ошен для замера шумности, чтобы выяснить, как подействовала двухнедельная «бомбежка» на степень шумности его механизмов, а также установить, не появились ли «скрипы и стоны», увеличивающие шумность лодки. Замеры показали, что корабль отлично выдержал испытания.
Выполнив программу испытаний, «Трешер» возвратился в Портсмут для прохождения ремонта. В ходе ремонтных работ в прочном корпусе лодки пришлось вырезать много горловин для подъема механизмов и монтажа новых трубопроводов, электропроводов и другого оборудования. Всего было выполнено 875 ремонтных операций. Проверка показала, что все эти операции, за исключением пяти несущественных, были выполнены вполне удовлетворительно. После монтажа поднятых механизмов горловины в корпусе лодки были заделаны, а качество сварки тщательно проверено рентгеном. Ремонтные работы продолжались девять месяцев. В январе 1963 года на «Трешер» прибыл его новый командир капитан-лейтенант Джон Харвей.
Последнее плавание