В 09.14 «Скайларк» передал на «Трешер», что он не слышит его, и попросил сообщить курс лодки и пеленг на себя. Ответа не последовало. Командир «Скайларка» несколько раз повторил в микрофон один и тот же вопрос: «У вас все в порядке?» Ответа не последовало.
В 09.17 командир «Скайларка», по его утверждению, услышал по телефону что-то нечленораздельное. Однако, по мнению штурмана, в последнем сообщении с «Трешера» он совершенно ясно разобрал слова «предельная глубина». Несколько секунд спустя штурман услышал «треск разламывающегося корабля».
Определив тщательно свое место в момент последнего сообщения с «Трешера», «Скайларк» начал патрулировать район, непрерывно вызывая лодку и внимательно слушая ее, в надежде получить ответ. В 10.58 «Скайларк» начал бросать в воду подрывные патроны, как это предусматривалось указаниями на случай потери связи. Почти одновременно командир «Скайларка» приказал передать радиограмму командованию в Нью-Лондоне. Радиограмма гласила: «Не могу установить связь с «Трешером» с 09.17. Вызываю по подводному телефону и радио каждую минуту. Даю сигналы подводным взрывом каждые 10 минут. Безуспешно. Последнее сообщение с лодки искажено, но указывает, что она погружалась на предельную глубину. Мое место 41 градус 43 минуты северной широты, 64 градуса 57 минут западной долготы. Продолжаю поиск».
Несмотря на срочность, для передачи радиограммы потребовалось один час пятьдесят восемь минут. Командир 2-й флотилии подводных лодок Шмидт получил радиограмму «Скайларка» только в 13.02. Позже он заявил, что радиограмма не показалась ему тревожной, поскольку сообщения о потере связи кораблями он получает в среднем по одной в неделю. Шмидт, однако, немедленно передал содержание радиограммы по прямому проводу командующему подводными силами Атлантического флота Гренфеллу в Норфолк. В 13.32 Гренфелл доложил радиограмму заместителю командующего Атлантическим флотом Биклею. Биклей приказал атомной подводной лодке «Сивулф», дизель-аккумуляторной лодке «Си Аул», спасательному судну «Санбёрд» и самолету направиться в район поиска «Трешера». Несколько позднее туда же направили спасательное судно «Рикавери» и еще один самолет. Через некоторое время в тот же район вышел фрегат «Норфолк», на борту которого находился командир 2-й группы опытовых подводных лодок Эндрюс, который должен был руководить действиями всех высланных кораблей.
В 15.40 сообщение о случившемся было доложено начальнику штаба ВМС адмиралу Андерсону, который немедленно доложил его министру ВМС Корту. Корт сообщил о случившемся военно-морскому адъютанту президента капитану 1 ранга Шепарду. Через пятнадцать минут Шепард доложил о происшедшем президенту Кеннеди.
Приблизительно в это же время направили просьбу командованию ВМС Канады в Галифаксе об оказании в случае необходимости помощи. В ответ на эту просьбу в Галифаксе привели в готовность к выходу одну из английских подводных лодок. Когда командир лодки приказал собрать экипаж, стал распространяться слух о том, что с американской подводной лодкой произошло несчастье. Таким образом, то, что, считалось секретом, очень быстро стало многим известно.
Поиск «Трешера»
Тем временем «Скайларк», не прекращая вызовов «Трешера» по телефону, продолжал пересекать район поиска во всех направлениях. К концу второй половины дня в район поиска прибыли высланные туда самолет и корабли. Самолет, специально оборудованный для охоты на подводные лодки, начал поиск «Трешера», используя свои электронные и магнитные приборы. Корабли приступили к прочесыванию района гидролокационной аппаратурой. На исходе дня с «Рикавери» заметили масляное пятно на воде. Затем «Рикавери» и «Скайларк» подобрали несколько кусков пробки и желтой пластмассы — то и другое используется на атомных подводных лодках.
Теперь для тех, кто был занят поиском «Трешера», не оставалось сомнений в его гибели. Командование флота приступило к выполнению тяжелой задачи: оповещению родственников погибших на «Трешере» 129 человек. Оповещение родственников началось в 19.00 10 апреля с таким расчетом, чтобы публичное заявление о случившемся сделать в 20.00 того же дня. В 20.00 министерство обороны опубликовало подписанное адмиралом Андерсоном сообщение, в котором говорилось, что «родственникам экипажа атомной подводной лодки «Трешер» сообщено, что связь с лодкой потеряна и она, предположительно, пропала без вести». Одновременно в сообщении указывалось на возможность того, что лодка не доносит о своем местонахождении по причине выхода из строя средств связи и что командование флотом приняло все необходимые меры для поиска лодки.