В телефонном разговоре со Сталиным Еременко попросил разрешения несколько отсрочить начало операции, поскольку еще не был завершен подвоз необходимого количества боеприпасов. Сталин категорически запретил перенос даты наступления и подчеркнул, что освобождение этого города является первоочередной задачей. С целью подготовки к наступлению были проведены учения с войсками второго эшелона. За годы войны сложилось не совсем обоснованное мнение, что в действующей армии бой — это единственный вид боевой учебы. Еременко с этим был категорически не согласен: он считал проведение учений делом важным и необходимым. Этот процесс должен был идти без остановки: поскольку войска постоянно пополняются, меняются условия ведения боевых действий, местность, цели и задачи, не говоря уже о тактике противника.
Утром 15 апреля 1945 года началось наступление на Моравска-Остраву. Достигнутый частями 4-го Украинского фронта успех создал благоприятные предпосылки для освобождения центральной части Чехословакии. В ходе дальнейших боев на территории Чехословакии войска Еременко спасли от разрушения индустриальное сердце страны — Остравский промышленный район. Преодолевая ожесточенное сопротивление противника, мощную линию укреплений и горно-лесистую местность, наши соединения пробиваются с востока к столице страны Праге. Еременко впоследствии писал: «Моравска-Остраву мы брали в обход, нанося удары по укреплениям, хотя была возможность прямым ударом с применением авиации и артиллерии большой мощности взять город без излишних усилий, но это могло бы вызвать большие жертвы среди гражданского населения и нанести ущерб его промышленности».
Войска фронта участвовали в разгроме последней группировки вермахта, которая даже после официальной капитуляции Германии все еще продолжала оказывать сопротивление в районе Праги. В тот период немцы располагали на территории Чехословакии большими силами: около 900 тысяч человек, более 2200 танков и до тысячи самолетов. 9 мая силами двух фронтов — 1-го Украинского И. С. Конева и 4-го Украинского А. И. Еременко группировка немецких войск была окружена. В кольцо окружения попало более полумиллиона к тому времени уже дезорганизованных, потерявших управление и боеспособность немецких солдат и офицеров. Отход на Запад войскам группы армии «Центр» был отрезан. Однако противник, отказываясь капитулировать, продолжал с боями отходить в западном направлении. Для преследования противника Еременко сформировал подвижные группы, которые действовали на острие наступления, уничтожая оказывающие сопротивление остатки немецкой армии.
В спасении столицы Чехословакии Праги очень важную роль сыграли принятое Ставкой решение об ударе силами 1-го Украинского фронта от Дрездена на Прагу
и последовавшие за этим стремительные действия войск маршала Советского Союза И. С. Конева. В результате тесного взаимодействия трех фронтов (1, 2 и 4-го Украинских) с входившими в их состав воинскими формированиями Чехословакии, Польши и Румынии было завершено окружение той части сил врага, которые продолжали оказывать сопротивление после капитуляции. Потеряв связь и управление, немцы начали массово сдаваться в плен. В течение 9 и 10 мая было пленено более 20 тысяч солдат и офицеров вермахта.
Вместе с войсками своего фронта Еременко встретил День Победы в Чехословакии. По радио передали Указ Президиума Верховного Совета СССР об объявлении 9 мая днем всенародного торжества — праздником Победы. Но 4-й Украинский фронт продолжал боевые действия. 10 мая основные силы 38-й и 60-й армий фронта продолжали продвижение в западном направлении и к исходу дня вышли на линию Градец-Кралове — Пардубице — Хрудим. Поздно ночью 10 мая генерал армии А. И. Еременко получил приказ Ставки ВГК:
«1. Установить с 6.00 11.5.45 следующую разграничительную линию между 1-м и 4-м Украинскими фронтами:
До Рождяловице — прежняя, далее Ржичаны.
2. Командующим войсками 1-го и 4-го Украинских фронтов принять меры к скорому пленению войск противника, окруженных северо-восточнее Праги, не допустив отхода их на запад.
Командующему войсками 4-го Украинского фронта после пленения противника, окруженного северо-восточнее Праги, две армии (60-ю и 38-ю) сосредоточить в районе Хлумец, Нимбург, Костелец, Часлав и две другие армии (1-ю гвардейскую и 18-ю) — восточнее линии Градец-Кралове, Пардубице, Здирец.
3. Командующему войсками 4-го Украинского фронта вывести 1-й Чехословацкий армейский корпус в город Прага».
В соответствии с этим приказом Ставки 1-й Чехословацкий армейский корпус 13 мая вступил в Прагу. Жители столицы восторженно встречали его воинов, сражавшихся с общим врагом плечом к плечу с советскими войсками.