Поскольку раздосадованный папа так и не прислал разрешения на брак, пришлось обмануть духовенство подложным письмом французского посла в Риме. Кардинал Бурбон, проводивший церемонию венчания, действовал не столько как представитель католического духовенства, сколько в качестве близкого родственника новобрачного. Таким образом, существовали реальные основания объявить недействительным это бракосочетание, трагическое со многих точек зрения. Ввиду различия конфессий обряд венчания не мог состояться внутри одной церкви, поэтому перед собором Парижской Богоматери соорудили обширный помост, на котором собрались участники церемонии. В самый момент венчания невеста позволила себе жест неповиновения, возможно, как уверяли, чтобы дать удовлетворение самолюбию своего любовника Генриха де Гиза, стоявшего рядом с ней. Заметив колебания Маргариты, Карл IX насильно наклонил рукой голову сестры, и этот наклон был расценен кардиналом Бурбоном как знак согласия. Король Наваррский, рассеянно произнеся свое «да», проводил новобрачную на хоры, а затем удалился в открытую галерею, чтобы дожидаться окончания торжественной мессы, продолжавшейся более трех часов. По свидетельству очевидца Жака Огюста де Ту, будущего историографа Генриха IV, поведение короля Наваррского и его свиты тогда было весьма неприличным и богохульным: они громко хохотали и вели фривольные разговоры. Особенно запомнилась фраза, мимоходом брошенная адмиралом Колиньи герцогу Монморанси. «Их, — сказал он, указывая на знамена, взятые в качестве трофеев при Жарнаке и Монконтуре и служившие внутренним украшением собора, — скоро сорвут отсюда и заменят другими, на которые приятнее будет смотреть». Скорее всего, Колиньи намекал на предполагаемые трофеи, коими французов вознаградит война против Испании, однако недоброжелатели усмотрели в его словах прямую угрозу правящему дому.
Около четырех часов пополудни Генрих встретил новобрачную, выходившую из собора Парижской Богоматери по окончании мессы, поцеловал ее в присутствии королевской семьи и повел во дворец епископа, где можно было отдохнуть и слегка перекусить перед грандиозным свадебным пиром, назначенным на семь часов вечера в символической резиденции французских королей — дворце Сите. Там в большом зале был накрыт мраморный стол для представителей всех сословий Парижа, членов парламента, счетной палаты, высшего податного суда и монетного двора. После банкета был дан бал, а завершился вечер большим театрализованным представлением с участием самого короля и его братьев. В качестве интермедий исполнялись в музыкальном сопровождении стихи лучших французских поэтов. После представления молодые отправились в брачные покои, специально приготовленные для них в самом дворце.
На следующий день все участники свадебных торжеств встали поздно, однако к трем часам дня собрались в особняке герцога Анжуйского, где новобрачный давал от своего имени и за свой счет обед, после которого все направились в Лувр на бал. 20 августа придворные вновь развлекались театрализованным представлением, на сей раз устроенным в особняке Бурбонов. Невольно возникало ощущение тревоги от этой двусмысленной фантасмагории, словно специально придуманной постановщиком (как полагали, по распоряжению Екатерины Медичи), чтобы унизить гугенотов и обострить и без того едва сдерживаемые противоречия. Декорации, установленные в большом зале дворца, возрождали атмосферу средневековых мистерий: справа — рай, населенный блаженными, слева — ад, обиталище обреченных на вечные муки, а по центру — Елисейские поля с резвящимися на них нимфами, ожидающими своих героев. Появляется группа странствующих рыцарей во главе с Генрихом Наваррским. Они пытаются пройти через райские ворота, однако трое небесных рыцарей, Карл IX с братьями, дают им решительный отпор и загоняют их в ад. В действие вступает Меркурий, в сопровождении Купидона спускающийся с небес на крыльях галльского петуха. Он поздравляет победителей с их подвигом и ведет к нимфам на Елисейские поля, с которыми те на протяжении часа исполняют балет. Затем по просьбе зрителей герои отправляются освобождать странствующих рыцарей, томящихся в аду, после чего искусственный огонь поглощает всю декорацию представления. Так на глазах у придворных король низвергает в ад гугенотов, откуда те вызволяются при помощи любви, олицетворением коей выступает Маргарита, на долю которой выпадает волнительная роль посредницы между еретиками и правоверными католиками.