Утром 9 июня в возрасте сорока трех лет Жанна тихо скончалась, сказав последнее прости дежурившим у ее изголовья адмиралу Колиньи, своему духовнику Мерлену и мадам Конде, жене мужнина брата, с которой при жизни не всегда ладила. Несмотря на очевидно естественные причины ее смерти, тут же пошли слухи об отравлении — таким людям, как Жанна д’Альбре, прямо-таки неприлично умирать своей смертью. При этом мнения разделились: если одни утверждали, что Жанну отравили на обеде у парижского прево, то другие уверяли, что смерть к ней пришла через надушенные перчатки, присланные по поручению Екатерины Медичи (уж очень отвечала интересам королевы-матери кончина королевы Наваррской) ее парфюмером-итальянцем — печально знаменитым благодаря Дюма-отцу мэтром Рене. Нашлись и такие, которые хотя и поверили в болезнь Жанны д’Альбре, однако возложили ответственность за ее смерть на врачей, неверно поставивших диагноз и, соответственно, неправильно лечивших пациентку. Появление подобного рода слухов вполне объяснимо в свете трагических событий, потрясших Париж и всю Францию спустя полтора месяца: представлялось логичным устранение королевы Наваррской, дабы изолировать ее сына и одним махом обезглавить протестантскую партию.
Слухи слухами, но проведенное вскрытие не оставляло ни малейших сомнений: Жанна д’Альбре была смертельно больна и в любом случае не протянула бы долго. Патологоанатомическое исследование для того времени было большой редкостью, поскольку церковь прямо запрещала вскрывать тела умерших. Жанна и в этом проявила удивительную решительность и смелость. Опасаясь, что ее болезнь носит наследственный характер и угрожает Генриху с Екатериной, она распорядилась провести вскрытие, чтобы выяснить причины заболевания и при необходимости своевременно назначить ее детям лечение. Правое легкое у нее было поражено туберкулезом, а к тому же в нем еще образовалась гнойная опухоль, прорыв которой, по всей видимости, и вызвал летальный исход. Вскрыв череп, врачи обнаружили причину мучивших ее в последнее время головных болей: между мозговой оболочкой и черепной коробкой образовались пузырьки, наполненные жидкостью, вероятно, представлявшие собой еще один очаг туберкулезного заболевания. К сожалению, как и многое из того, что делала Жанна д’Альбре, эта ее последняя жертва, принесенная на алтарь материнской любви, впоследствии не пригодилась: Генрих Наваррский отличался завидным здоровьем («воспитание по-беарнски» не прошло даром), а Екатерина умерла в том же возрасте и, вероятно, от той же болезни, что и ее мать.
Скоропостижная кончина Жанны д’Альбре была встречена нескрываемым ликованием в католическом мире, Французский же двор погрузился в глубокий траур. Придворные дамы приходили отдать последний долг усопшей. Не уклонилась от этого и Маргарита Валуа, впоследствии отмечавшая в своих воспоминаниях поразивший ее аскетизм, каким отличалось прощание с королевой Наваррской: ни свечей, ни покровов, ни духовенства, ни каких-либо траурных церемоний. Многие были поражены появлением у гроба Жанны герцогини де Невер, бывшей любовницы Антуана Бурбона, при жизни относившейся к ней без особого почтения. Теперь же она, приблизившись к покойной королеве, преклонила перед ней колени и поцеловала ее руку, словно прося у нее прощения. Не слишком впечатлительная и не склонная к сентиментальности Марго при виде этого разрыдалась. Только Екатерина Медичи не теряла самообладания. Колиньи, последний представитель старшего поколения гугенотов, переживал смерть Жанны как большую личную утрату, но вместе с тем не мог не сознавать, что ее уход существенно облегчал ему проведение компромиссной политики, к которой склонялись многие здравомыслящие представители обеих партий, ставившие государственные интересы выше религиозных догм.
Весть о смерти матери Генрих Наваррский получил на пути в Париж, в Шонэ, провинция Пуату, 13 июля 1572 года. Нарочный гонец сообщил ему, что он стал круглым сиротой и — королем Наваррским («Королева умерла — да здравствует король!»). Нам неизвестно доподлинно, как отреагировал Генрих на полученное известие: выражал ли он свою скорбь открыто и бурно, как свойственно экспрессивным южанам, или же проявил сдержанность. Вполне вероятно, что он прослезился, ибо слезы легко и быстро выступали у него на глазах по самым разным поводам. Жанна д’Альбре, эта непреклонная гугенотка, много (слишком много, как нетрудно догадаться, полагал он) требовала от него и не раз устраивала ему нагоняй. А чего стоили ее методы воспитания с ночными выездами в горы в грозу и проливной дождь! И все-таки он любил свою мать и, как позднее не раз признавался, всем был обязан ей. Она была для него моральным стержнем, опорой и советчицей по любому трудному вопросу. Если он и поверил слухам об отравлении, то ненадолго: по прибытии в Париж его ознакомили с результатами вскрытия люди, которым он не мог не доверять. Генрих Манн совершенно безосновательно драматизировал эту тему в своем романе о Генрихе IV.