Королева-мать, воспринявшая происшедшее как личное унижение, была вне себя от ярости. Ситуация усугублялась тем, что во многих провинциях происходило избиение католиков, и это позволяет предполагать наличие у гугенотов единого плана действий. Особую известность получила резня католиков в Ниме 1 октября 1567 года, в ночь после Дня святого Михаила, когда протестанты убили и сбросили в колодец 80 католических нотаблей. Эта «Михайловская ночь» в известном смысле явилась прообразом Варфоломеевской ночи. Протестанты требовали созыва Генеральных штатов, однако король отказывался пойти навстречу их требованиям. Тогда Конде и Колиньи осадили Париж, но и тут ничего не добились. Единственным утешением для них могло служить то, что при попытке снятия осады главнокомандующий королевскими войсками коннетабль де Монморанси 10 ноября 1567 года был смертельно ранен в ходе боя в пригороде Парижа Сен-Дени. Впрочем, следует заметить, что Екатерина Медичи не слишком огорчилась, потеряв престарелого коннетабля, который давно уже был для нее не столько помощником в управлении королевством, сколько тягостной обузой. 23 марта 1568 года по ее инициативе был подписан мир в Лонжюмо, завершивший вторую Религиозную войну и подтвердивший положения Амбуазского эдикта.
Эти события почти не находили отклика в Беарне, где хватало собственных забот. По возвращении из Парижа Жанна д’Альбре обнаружила, что в ее владениях зреет недовольство. Одни возмущались тем, что в отсутствие королевы Наваррской Монлюк настойчиво пытался провести контрреформацию, тогда как другие, напротив, роптали из-за чрезмерно строгих реформационных мер, принимавшихся назначенными Жанной и действовавшими по ее распоряжению исполнителями. Еще в июле 1566 года ею были подписаны ордонансы, запрещавшие чрезмерно (как полагала она, не привыкшая шутить, когда дело касалось религиозной морали) жизнерадостным подданным богохульствовать, пьянствовать, путаться с девицами легкого поведения и даже исполнять народные танцы вокруг майского дерева в общественных местах. Строго-настрого запрещались попрошайничество и продажа игральных карт. Церковные бенефиции перешли в распоряжение протестантов или использовались для оказания помощи неимущим. В нарушение Амбуазского эдикта, вменявшего в обязанность терпимо относиться к обеим религиям, был взят курс на полное искоренение католицизма в Беарне, однако поскольку приверженцы кальвинизма составляли меньшинство его населения (главным образом это была буржуазия, весьма малочисленная в этом сельском краю), этому ожесточенно противились народные массы, подстрекаемые католическим духовенством, лишившимся своих приходов и прочих благ.
Так возник заговор, инспирированный испанскими агентами и поддержанный частью местного дворянства. Жанна д’Альбре была уверена, что к этому приложила свою руку и Екатерина Медичи. Целью заговорщиков являлся захват королевы с ее детьми и изгнание протестантских проповедников. Жанна узнала об этом, когда направлялась на лечение термальными водами. Будучи противницей кровопролития, она сумела на этот раз расстроить планы заговорщиков, не прибегая к насилию, однако вскоре ей довелось столкнуться с мощной оппозицией со стороны депутатов сословного собрания Беарна. В Наварре, даже в ее французской части, традиционно было сильно испанское влияние, поэтому и там поднялось мятежное дворянство. Жанна попыталась усмирить смутьянов, послав против них вооруженный отряд, который, однако, не только не сумел исполнить ее приказ, но и лишился своего предводителя, попавшего в плен к мятежникам.
И тогда она послала в бой своего сына. Это была первая военная кампания юного Генриха Наваррского, которому тогда исполнилось всего 14 лет. В феврале 1568 года он выступил в поход, имея при себе помощником месье де Грамона, гугенота с весьма неопределенными убеждениями. Глава одного из самых знатных семейств Нижней Наварры, Грамон являлся наследственным мэром Байонны и в качестве генерального наместника управлял Беарном во время отсутствия королевы. Теперь генеральным наместником Наварры и Беарна был ее сын Генрих. В своем распоряжении он имел сравнительно немногочисленный отряд из беарнских дворян и справился с заданием без особого труда, поскольку мятежники рассеялись, не вступая в бой. Ему будто бы удалось уговорить их, прежде чем пришлось пустить в ход пушки: нескольким захваченным в плен бунтовщикам было поручено убедить своих сотоварищей сложить оружие, и победа, одержанная принцем Наваррским, оказалась полной. Возвратившись в По, он собрал народ и велел генеральному прокурору Беарна произнести на местном диалекте речь, в которой утверждалось, что ни принц, ни его мать не имеют намерения посягать на права, обычаи и свободы своих подданных, а главное — на их традиционные верования. Это было всё, чего добивались беарнцы, ответившие возгласами одобрения на обращение «своего Генриха», которого многие еще помнили босоногим мальчишкой.