Зюганова противоправно не пустили на телевидение, где он вместе с Говорухиным собирался в законное время, выделенное избиркомом для КПРФ, сообщить о новом тяжелом инфаркте Ельцина и его неспособности выполнять президентские функции в ближайшее время. Кстати говоря, именно это обстоятельство дало Зюганову моральное право впоследствии напоминать прямо или косвенно об этом при очередных временных «отставках» Президента по многочисленным болезням, операциям, простудам, в результате которых тот не работал в полную силу по много месяцев в году.
Власть не могла допустить никаких сообщений или других подобных радикальных выпадов оппозиции, способных сорвать столь важный для нее исход голосования. Несомненно, если бы население узнало о выходе Ельцина из строя, то это сказалось бы как минимум на явке населения на избирательные участки. Существует даже точка зрения, что если бы Зюганов одержал победу, то был бы введен чрезвычайный вариант, исключавший его вхождение во власть. Зюганов знал это из надежных источников в ФСБ.
В результате исход выборов был практически во многом предопределен, несмотря на неприятные происшествия для власти. 19–20 июня разразился громкий скандал, связанный с незаконным выносом по поручению Чубайса из Дома правительства в коробке из-под ксерокса 500 тысяч американских долларов сотрудниками президентского предвыборного штаба. Позорный случай привел к снятию со своих постов первого вице-премьера Сосковца, начальника ФСБ Барсукова и начальника службы безопасности Коржакова. Однако этот случай, несмотря на всю обнаруженную грязь в правительственных кругах, не сыграл решающей роли в избирательном процессе. Кстати, Коржаков в 1996 г. так охарактеризовал в своем интервью «Парламентской газете» человека, которого «мы получили в качестве Президента»: «Не личность, а больного, капризного человека с пустыми обещаниями. Тем более, что Зюганов на тех выборах получил голосов объективно больше, чем Ельцин. Но сработала государственная машина, счетная комиссия, и сегодня мы имеем то, что имеем» (16.09.96). По мнению американских источников из Агентства национальной безопасности, Ельцину приписали до 8 млн голосов. Особенно ярко и наглядно это проявилось в Дагестане, где результаты 1-го тура по двум кандидатам поменялись практически наоборот.
3 июля 1996 г. за Ельцина в этих условиях проголосовало, согласно официальным сведениям избирательной комиссии под руководством г-на Рябова, 53,8 % или 40,2 млн человек, а за Зюганова — 40,2 % или 30,1 млн человек. Зюганов победил в таких республиках как Адыгея, Алтай, Бурятия, Карачаево-Черкессия, Марий-Эл, Мордовия, Северная Осетия, Чувашия, и в регионах: Краснодарский и Ставропольский края, Амурская, Астраханская, Белгородская, Брянская, Волгоградская, Воронежская, Кемеровская, Курганская, Курская, Липецкая, Новосибирская, Омская, Оренбургская, Орловская, Пензенская, Псковская, Рязанская, Саратовская, Смоленская, Тамбовская, Ульяновская и Читинская области.
Формально отставание Зюганова было значительным (13,5 %) и он практически сразу признал без оговорок свое поражение. Хотя в ходе выборов были обнаружены массовые нарушения, Зюганов не стал подавать протесты, ибо было совершенно очевидно — власть при наличии мощного перевеса может даже их признать, но при этом раскрутить новую антикоммунистическую кампанию. Кроме того, Зюганов не хотел, чтобы раскол страны, проявившийся после выборов от Смоленска до Владивостока, сохранился и прошла межа через всю родину. Нормальные отношения в стране — это диалог власти и оппозиции, нормальный и постоянный.
После выборов организатор победы Ельцина Чубайс получил должность руководителя президентской администрации фактически второго Правительства России. Это означало, что генеральный курс на продолжение неолиберальных реформ будет осуществляться и дальше. В это время выяснилось, что Ельцину предстоит серьезная операция на открытом сердце; это поставило в центр внимания вопрос — кто находится рядом с Президентом и может стать его временным фактическим преемником.