14 июня 1941 года, за неделю до войны с Германией, Сталин приказал произвести арест и депортацию в Сибирь «неблагонадежных лиц» во всех присоединенных в 1939–1940 годах областях, в т. ч. и местных коммунистов. В это время из Прибалтики было сослано не менее 43 тысяч человек. Мужчины попали в лагеря, где большая часть погибла. Женщин с детьми и стариков сослали в Сибирь на вечное поселение. Почти никому не были предъявлены обвинения. В условиях тотального террора люди скрывались в лесах, объединялись в небольшие вооруженные группы «лесных братьев», оказывали властям вооруженное сопротивление.
Участие значительной части прибалтийцев во время войны на стороне нацистов и сохранившаяся до сих пор в Прибалтике неприязнь к русским явились следствием насильственной советизации и репрессий.
Некоторые западные страны, включая США, не признали насильственное присоединение прибалтийских государств.
В свою очередь, у Гитлера были свои виды на прибалтийские страны. В детально разработанной программе «Ост» предусматривалось выселение со своих земель 50 % литовцев, латышей, эстонцев.
В меморандуме № 1 от 2 апреля 1941 года в разделе «Эстония, Латвия, Литва» говорилось:
«В отношении данных областей возникает вопрос, не должна ли перед ними быть поставлена задача превратиться в будущем в территорию немецкого поселения с онемечиванием всех, кто в расовом отношении является наиболее пригодным. Следует позаботиться о том, чтобы обеспечить необходимое переселение значительных слоев интеллигенции, в особенности латвийской…» Цель: «…присоединить Эстонию, Латвию, Литву в качестве новой онемеченной страны к коренной немецкой территории».
В этой связи заслуживает внимания комментарий нацистского профессора Пауля В. Томсона:
«Что касается таких малых народностей, как эстонцы, латыши и литовцы, то они должны или приспобиться к нам, или же погибнуть…»
Эстония, Латвия и Литва вместе с Белоруссией были включены в рейхскомиссариат Остланд. За несколько недель до нападения Германии на СССР Гитлер назначил бывшего главного редактора фашистской газеты «Фёлькишер беобахтер» Альфреда Розенберга комиссаром Остланда, который разработал план деятельности своего ведомства. В нем предусматривалась «германизация прибалтов, поддающихся ассимиляции в расовом отношении, и высылка нежелательных элементов». В Латвии и Эстонии «следует предусмотреть высылку в больших масштабах», а на их место расселять ветеранов войны. «Балтийское море должно стать внутренним германским морем».
20 июня 1941 года А. Розенберг выступил с речью на совещании по поводу восточной политики: «… Задача обеспечения продовольствием германского народа стоит в этом году, вне всякого сомнения, на первом плане в списке притязаний на Востоке. Южные территории и Северный Кавказ должны будут служить в качестве баланса при снабжении продовольствием германского народа. Мы не видим абсолютно никакой причины для каких-либо обязательств с нашей стороны снабжать продовольствием также и русский народ с этой добавочной территории…»
16 июля 1941 года Гитлер заявил: «Весь балтийский край должен быть включен в состав Германии».
Только разгром Советской Армией фашистской Германии уберег народы Прибалтики от ассимиляции и вообще от исчезновения с лица земли.
26 июня 1940 года советское правительство предъявило ультиматум правительству Румынии с требованием немедленного возвращения СССР Бессарабии как бывшей части России, а также передачи ему Северной Буковины, никогда не входившей в состав России. Аннексия Бессарабии предусматривалась секретным германо-советским протоколом о разделе сфер интересов от 23 августа 1939 года. Условия ультиматума требовали эвакуации войск и администрации в четырехдневный срок. Требования были нереалистичные для территории размером в 51 тысячу кв. км с населением в 3,75 млн человек. Не дожидаясь эвакуации, советские войска напали на уходящие войска и в течение семи дней уничтожили 356 офицеров и 43 тысячи солдат.
В июле 1940 года Буковина и часть Бессарабии были включены в состав Украинской ССР. Остальная часть Бессарабии была объединена с частью Молдавской АССР (Приднестровье) и преобразована в Молдавскую ССР.
Аннексия Советским Союзом Северной Буковины привела к первому после августа 1939 года осложнению отношений между СССР и Германией. Гитлер был возмущен «самоуправством» Сталина, нарушившего в одностороннем порядке договор о дружбе с Германией. В Буковине, которая до 1918 года была провинцией Австро-Венгерской империи, жило много немцев. К тому же из Буковины открывался удобный путь к нефтяным приискам Румынии, эксплуатация которых была жизненно важна для реализации агрессивных планов нацистской Германии.
Молотов назвал Буковину процентами за использование Румынией Бессарабии в 1918–1940 годах.
В ответ на аннексию Германия официально объявила о предоставлении Румынии гарантий безопасности. Летом 1940 года Гитлер ввел в Румынию свои войска, чтобы не позволить Сталину двигаться дальше.