Мальчику не было и пяти месяцев, когда погиб его отец. Он был убит родственниками одного из жителей города, казненного по указанию Мустафы за нарушение поста в месяце Рамазане. Воспитанием сына занялась мать, которая привила ему дух непримиримости к врагам ислама, она же дала ему и начальное образование. Матери не стало, когда Рухолле исполнилось 15 лет. Через четыре года юноша покинул родной дом, чтобы продолжить образование в медресе в г. Араке. Еще через три года для продолжения образования он переехал в г. Кум, слывущий «шиитским Ватиканом». Здесь помимо исламских дисциплин он увлекся трудами Аристотеля и особенно Платона. Через много лет именно его «Республику» аятолла Хомейни положит в основу морали своей исламской республики.
По окончании курса Рухолла начал преподавать в самом престижном религиозном учебном заведении Ирана — Центре исламских исследований Файзийе в Куме, и в неполные 27 лет получил богословское звание муджтахида — ученого-богослова, имеющего право выносить самостоятельные решения по важным вопросам мусульманского права.
В 1925 г. молодой человек женился на Батул-Ханум, десятилетней дочери своего учителя в медресе, одного из самых богатых и влиятельных религиозных деятелей. Этим он улучшил свое материальное положение, хотя и его самого никак нельзя было назвать бедным. Сам Рухолла вел простую, скромную и даже аскетическую жизнь, но принадлежащие ему и его братьям наделы, на которых трудилось около 3 тыс. крестьян-арендаторов, приносили солидные доходы. Правда, почти все они уходили на выплату стипендий талибам — ученикам Хомейни. В семейной жизни Рухолла также выступал в образе благочестивого мусульманина. Жена родила ему восьмерых детей, трое из которых умерли в детстве. Пятеро — два сына и три дочери — воспитывались в духе мусульманских обычаев и традиций. Иранцам также очень импонировало, что молодой богослов показал себя достойным соотечественником Саади и Омара Хайяма — он писал стихи, которые печатал под псевдонимом Хафиз.
В этот же период началось противостояние Хомейни и шахского двора. К прегрешениям шаха перед мусульманами он относил, прежде всего, его прозападную ориентацию. Шах провел закон, согласно которому женщинам разрешалось ходить без чадры, поощрялось ношение европейской одежды, запрещались многие религиозные церемонии, был принят ряд мер по реквизиции земельной собственности шиитского духовенства и установлен контроль над доходами священнослужителей, включая пожертвования и наследование имущества верующих. Правда, сам шах и его двор не отказывали себе в роскоши. И тогда, в 1925 г., талиб-слушатель медресе публично заявил: «Иран примирится сам с собой лишь с исчезновением династии Пехлеви». Эти дерзкие слова в тот раз остались без последствий.
Хомейни был уже начинающим преподавателем медресе в Куме, когда туда пожаловали шах с супругой. Это была их первая встреча. Аятолла Бафки тогда сделал резкое замечание шахине за то, что она вошла в храм с непокрытой головой, и тотчас получил от шаха удар хлыстом по лицу. В воцарившейся гробовой тишине раздался голос Хомейни, призвавшего своего учителя Бафки дать достойный отпор обидчику, но у того на это не хватило смелости. А молодой преподаватель с этого момента встал в открытую оппозицию шаху.
В 1930-е гг. ему пришлось столкнуться с репрессивными действиями режима, постаравшегося подчинить себе духовенство. Тогда были запрещены все лекции в медресе, однако он продолжал подпольно преподавать и подготовил сотни последователей, которые, подобно своему учителю, стали связывать все беды и невзгоды страны с монархией.
Следующее столкновение Хомейни с шахом произошло в 1946 г., когда членами шиитской организации «Федаян-а ислам» был убит крупный иранский историк Ахмед Кесрави, выступавший против шиитства. Не видевшие в этом греха муллы во главе с Хомейни попросили о встрече с шахом, чтобы молить о помиловании убийцы. Пехлеви согласился принять только Хомейни. Тому объяснили, что он должен ожидать появления государя стоя и сесть только по его повелению. Однако, когда шах вошел, Хомейни уже сидел и даже не подумал встать. Мало того, во время беседы монарх был вынужден пойти на уступки и помиловать преступника.
Противостояние Хомейни шахскому режиму встречало поддержку в среде духовенства, торговцев, ремесленников и крестьян. Они видели в нем не просто священника, а человека, на которого снизошла благодать Божья, прямого потомка пророка. А по канонам ислама только прямые потомки пророка полномочны управлять мусульманами. Мухаммед Реза Пехлеви и весь его род таковыми не являлись и, следовательно, не имели права на господство в стране. Отсюда вытекало, что они незаконно узурпировали власть и потому должны быть низвергнуты. Такова была логика Хомейни и его единоверцев.