В начале мая 1915 г., после знаменитого «Горлицкого прорыва», началось мощное контрнаступление австро-немецких войск. Русские войска ожидало «великое отступление». Юго-Западный фронт, обескровленный попытками «прорваться через Карпаты», также лишенный достаточного количества оружия и боеприпасов, не смог сдержать напора превосходящих сил врага. Отступая из Галиции и Волыни, русские армии вынужденно «открывали» фланги Северо-Западного фронта. Следует отмстить, в частности, что удержание «польского выступа» (губерний бывшего Царства Польского) проводилось ив 1914 г., и в начале 1915 г. не в силу внутриполитических причин (вскоре после начала войны особой декларацией Великого князя Николая Николаевича Польше была гарантирована «автономия под скипетром Русского Царя»), но, как отмечал Борисов, с целью «держать постоянно немца за горло, чтобы он не кинулся на нашего союзника, французов». Кроме того, Ставка требовала сохранения «варшавского плацдарма» с целью последующего контрудара по Германии. Но летом 1915 г. удержать Польшу уже не удалось.
Теперь основная задача Алексеева состояла в том, чтобы последовательно вывести войска своего фронта из Полыни, защитить которую — в условиях острого недостатка боеприпасов, крайней усталости солдат и офицеров, отсутствия должного количества резервов — становилось практически невозможно. План отвода войск предусматривал использование оборонительной линии Осовец — Ломжа — Новогеоргиевск — Варшава — Ивангород, центральное положение в которой занимал хорошо укрепленный Новогеоргиевск. Штаб фронта расположился в Седлеце. Обстановка стремительно менялась, и в этой ситуации от Главнокомандующего армиями фронта требовалось уже не следование прежним предписаниям Ставки, а проявление гибкости и оперативности мышления, способность быстро реагировать на малейшие колебания фронта. И с этой задачей Алексеев вполне справлялся. Его предписания для подчиненных отличались ясностью и четкостью. Никакой паники не чувствовалось. Переходя в частые контратаки, русские войска планомерно отходили на восток. Одновременно проходила интенсивная эвакуация тыловых учреждений, заводов, гражданских ведомств, беженцев. Длинные, нередко перегруженные сверх нормы поезда шли «лентой», следуя друг за другом с минимальным интервалом, спасая, выводя от немецкой оккупации все, что можно было спасти. Замыслы германского командования были разгаданы, и «Канны» для русской армии никак не получались.
Не считаясь с усталостью, не жалея сил, Михаил Васильевич принял не только фронтовое командование, но и фактически взял на себя функции начальника штаба. По воспоминаниям генерала Палицына, приезжавшего в те дни на фронт, «при такой постановке работы у Михаила Васильевича незаметно развивается абсолютизм… Это хорошо, если он в состоянии был бы охватить главное… даже если бы вместо 24 часов у него в сутки было 30. И материал он получает не первосортный. Побочные условия свыше и снизу вносят раздражение и неуверенность. Армейские управления делают, в сущности, что хотят. Следить за ними Михаилу Васильевичу очень трудно. Посылаемые наставления исполняются по-ихнему. Им нужны приказы, к которым они привыкли. Все это наросло постепенно, еще без генерала Алексеева, а в общем — все это ненормально, как ненормально сложилась и работа высшего управления… При доброй организации труда никто не должен быть перегружен, а теперь мы видим, что главнокомандующий перегружен больше начальника штаба, лучше бы наоборот… на Мих[аиле] Васильевиче] лежит работа, превышающая силы двух сильных людей, а он один, ну и не вытягивает. Это закон природы, Мих[аил] Васильевич] сам это чувствует, но ничего не может сделать, чтобы сбросить тормоза, которые мешают ему делать главное».