В письме 7 ноября Государь все-таки признал необходимость длительного лечения своего начальника штаба: «Вчера я принял Сиротинина, и он доложил мне, что, по его мнению, необходимо сделать с Алексеевым. Ему нужен отдых в Крыму в течение шести-восьми недель. Они надеются, что этого будет достаточно, чтобы он поправился и набрался сил. Сегодня утром я сказал это Алексееву, и он, конечно, подчиняется их предписанию». 8 ноября Александра Федоровна отвечала: «Это вполне правильно, что Алексеева отправляют для длительного отдыха в Крым, это крайне необходимо для него, — там тихо, воздух и настоящий покой». И спустя месяц (4 декабря) вспоминает о Михаиле Васильевиче не только с сожалением, но и с надеждой: «Не забудь воспретить Гурко (новый начальник штаба. —
Но это все скоро минует. Все начинает проясняться, как и погода, что служит хорошим предзнаменованием, помни».
В своем дневнике (весьма немногословном) Николай II почти ежедневно (с 3 по 20 ноября) отмечал состояние здоровья своего начальника штаба: «Алексеев, к сожалению, нездоров и лежит. Зашел к нему… Алексееву лучше… зашел к Алексееву и условился с ним, что на время его отпуска исправлять должность начальника штаба будет Гурко… после доклада, как всегда, зашел к Алексееву, которого нашел сидящим в кресле… зашел с Алексеем к М.В. Алексееву проститься, т.к. он уехал в Севастополь полечиться в Романовском институте (Романовский институт физических методов лечения. —
Таким образом, отъезд генерала в Крым на лечение отнюдь не привел к «ухудшению», «разрыву» отношений с Царской семьей. Напротив, из Ставки в Морское собрание в Севастополе, где проживал Алексеев, был протянут прямой телеграфный провод, что позволяло регулярно запрашивать его мнения по тем или иным вопросам. По воспоминаниям же генерала Борисова, сопровождавшего Алексеева в его отъезде, «все важнейшие мероприятия Гурко обязан был докладывать Государю не иначе как с полученным из Севастополя мнением Алексеева». В частности, именно из Крыма в декабре 1916 г. Ставкой был получен последний разработанный Алексеевым стратегический план на предстоящий 1917 г. Государь утвердил его 24 января 1917 г. Находясь на лечении, Алексеев следил также за исполнением его предписаний о формировании ТАОН к весне 1917 г. Сразу же по приезде в Севастополь, 23 ноября 1916 г., он отправил телеграмму начальнику французской миссии в Ставке Жанену (с копией в Париж генералу Жилинскому), о том, что «желательна уступка 120-мм и в особенности длинных 155-мм орудий (лит. Д), допускающих дальность до 10,5 км, с запасными частями, полной амуницией и по 800 выстрелов единовременно, и затем ежемесячно по 250 на орудие, а также с грузовыми автомобилями для парков». В Севастополе он дважды встречался с командующим Черноморским флотом адмиралом А.В. Колчаком и его начальником штаба, обсуждая как подробности возможной Босфорской операции, так и, очевидно, некоторые «государственные вопросы».
Стоит отметить, что, состоя в должности Начальника штаба Верховного Главнокомандующего, Алексеев был награжден орденом Белого Орла и Святого Владимира 2-й степени, а в апреле 1916 г. последовало и его назначение на должность генерал-адъютанта. Войти в состав Свиты Его Величества Алексеев не спешил: еще в начале декабря 1915 г. он отклонил такое предложение Государя, настойчиво советуя Главкому «наградить всю армию», а не его лично. И только в Великую субботу, 9 апреля 1916 г., Николай II лично вручил Алексееву свитские погоны и аксельбанты генерал-адъютанта. Вот как описывался этот примечательный эпизод о. Георгием Шавельским: «В Свите рассказывали, что на Рождественских Святках 1915 г. Государь поздравил Алексеева со званием генерал-адъютанта. Алексеев упросил Государя освободить его от этой чести, за которую чём бы ни пожертвовало множество наших генералов. Государь исполнил настойчивую просьбу, но сказал:
— Я все же буду считать вас своим генерал-адъютантом.