Нападение Германии на Советский Союз 22 июня 1941 года застало старшего майора госбезопасности Абакумова на Лубянке. По свидетельству очевидцев, Виктор Семенович выглядел встревоженным, но держался бодро. Выступая на летучем митинге сотрудников, он уверенно заявил, что война продлится недолго, через два-три месяца Красная армия войдет в Берлин. «И у нас впереди, товарищи чекисты, большие дела. Нам вместе с немецким рабочим классом предстоит изъятие оголтелых фашистов и их пособников на территории Германии!» – такими словами закончил свою речь заместитель наркома НКВД Абакумов.
К 7 часам утра, т. е. через 3 часа после начала боевых действий, весь оперативный состав НКГБ и НКВД СССР переводился на казарменное положение, принимались и другие неотложные меры. В частности, был разработан и подписан план мероприятий по обеспечению безопасности советской столицы и Московской области. Один из первых чекистских документов военного времени, в корректировке которого участвовал Абакумов, гласил:
«Сов. секретно
План агентурно-оперативных мероприятий по обеспечению государственной безопасности г. Москвы и Московской области
Для обеспечения государственной безопасности г. Москвы и Московской области в связи с начавшимися военными действиями между СССР и Германией провести по УНКГБ и УНКВД г. Москвы и Московской области следующие оперативные мероприятия:
1. С 7 ч 00 мин 22.06.1941 г. весь оперативный состав управлений перевести на казарменное положение.
2. 22.06.1941 г. по отделам, межрайотделам, горотделам и райотделениям просмотреть все имеющиеся агентурные и следственные материалы на лиц, изобличенных в антисоветской и уголовно-преступной деятельности.
3. С 22.06.1941 г. установить учащенный прием и инструктаж всей агентурно-осведомительной сети, направив ее на:
а) вскрытие контрреволюционного подполья и деятельности иностранных разведок;
б) выявление антисоветской и уголовно-преступной деятельности контрреволюционного элемента: авторов листовок и лиц, проявляющих пораженческие и повстанческие настроения;
в) выявление и изъятие незаконно хранящегося у населения оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ;
г) освещение политических настроений среди населения.
4. 22.06.1941 г. произвести интернирование всех германских подданных.
5. Через РО УНКВД обеспечить хранение оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ, бактериологических препаратов и химикатов, устранив всякую возможность хищения и использования их в контрреволюционных целях.
6. Прекратить выдачу разрешений на приобретение всякого оружия для индивидуального пользования. У лиц, уходящих в Красную Армию, произвести изъятие нарезного оружия.
Произвести перепроверку списка лиц, имеющих гладкоствольное охотничье оружие.
7. Взять в агентурно-оперативное обслуживание оборонные заводы и крупные промышленные предприятия, радиостанции, электростанции, источники водоснабжения.
Ко всем особо важным объектам прикрепить квалифицированных оперативных работников, возложив на них ответственность за обеспечение государственной безопасности на объекте.
Всю сторожевую и пожарную охрану с 22.06.1941 г. перевести на усиленный вариант и казарменное положение.
8. По линии Мосгаза, Мосводопровода, Мосочиствода личный состав переведен на казарменное положение.
Выделить 174 специальные аварийные машины с инструментом на случай возможных аварий.
Для чекистского обслуживания прикрепить 3 оперативных работников.
По линии ВВС, Мосэнерго и Мосгорсвета руководящий состав переведен на казарменное положение. Для ликвидации возможных аварий выделена 31 аварийная машина.
Для чекистского обслуживания прикрепить 2 оперативных работников.
9. За банками, предприятиями полиграфической промышленности, штемпельно-граверными мастерскими, организациями, сбывающими и пользующимися множительными аппаратами, а также за объектами ПВО и сильнодействующих ядов и объектами ведомственного оружия усилен надзор.
10. Обеспечить четкий порядок и безопасность движения поездов с вагонами особой нормы и организовать агентурное обслуживание лиц, имеющих отношение к воинским перевозкам.
11. Обеспечить усиленную охрану (войсковой, стрелковой НКПС и милиции) депо, вагонных парков, железнодорожных мостов, объектов связи и сигнализации. Охрану особо важных шоссейных мостов поставить по усиленному варианту.
12. В целях предупреждения антисоветских проявлений и диверсионных актов на железнодорожном транспорте силами оперативного состава и особо проверенной агентуры организовать обходы главных железнодорожных магистралей и важнейших объектов.
13. Во всех случаях аварий на оборонных, промышленных объектах и на железнодорожном транспорте производить тщательное расследование.
14. Для обеспечения войсковой мобилизации по автотранспорту послать 150 госавтоинспекторов в автохозяйства и сборно-сдаточные пункты.
15. Райотделам НКВД взять контроль за своевременной и качественной поставкой автомашин по нарядам РВК и проверкой постов в сборно-сдаточных пунктах РВК, крупных формирований и погрузочных площадок г. Москвы.