Увод флота из Севастополя встретил отчаянное сопротивление морских офицеров и командующего флотом адмирала Саблина, считавших Новороссийск абсолютно непригодным для стоянки военного флота. Бешеное сопротивление оказывали также эсеры из Центрофлота. Они устраивали на кораблях бесконечные митинги.
Большевикам на флоте не легко было уводить и особенно уничтожать корабли. Но они понимали правильность директивы Совнаркома. Необходимо было быстро и решительно прекратить митингование на кораблях и базах, покончить с шатаниями и колебаниями, сломать сопротивление офицерства. Только по настоянию делегации во главе с Гавеном Саблин отдал, наконец, приказ об уходе флота из Севастополя в Новороссийск.
Немецким захватчикам потребовалось десять дней, чтобы с боями продвинуться на 76 километров от Симферополя до Севастополя. 28 апреля немцы заняли Булганак и Альму.
29 апреля на рассвете Гавен отдал приказ последним частям, прикрывавшим отступление, оторваться от неприятеля и отходить для погрузки на суда. С девяти часов утра в Южной бухте шла погрузка красногвардейцев и моряков на корабли. Эвакуация закончилась в десять часов вечера. Весь день большевики вели на кораблях напряженную борьбу за их уход в Новороссийск. В полночь 29 апреля оставили Севастополь и взяли курс на Новороссийск 12 миноносцев, вспомогательный крейсер «Троян», 65 моторных катеров, 11 буксирных судов, 47 барж и несколько десятков других вспомогательных судов.
30 апреля вечером ушли линкоры «Свободная Россия» и «Воля», еще пять миноносцев, подводные лодки и другие корабли. Когда суда стали выходить из севастопольской бухты, германская артиллерия открыла по ним огонь с высоты «Северная сторона». Один эсминец, подбитый вражеским огнем, выбросился на берег близ Ушаковской балки, другой был затоплен командой в порту, чтобы не достался немцам. Подводные лодки и мелкие суда были вынуждены вернуться в Южную бухту. Несколько кораблей осталось в Севастополе, часть ввиду ремонта, часть — оставшаяся без команд. В два часа утра поредевшая флотилия скрылась за поворотом к Херсонесскому маяку.
Эвакуация была осуществлена по плану, предложенному Гавеном, а сам он последним покинул позиции. Старые бойцы и участники этой эпопеи свидетельствуют в своих воспоминаниях о проявленном им мужестве.
Пала Республика Таврида. Площади городов «украсились» виселицами. Улицы оглашали военные оркестры кайзеровской армии. Под гнетом восстановившихся буржуазно-помещичьих порядков рабочие и сельская беднота стали прозревать и по-новому расценивать происходившее. Обманутые люди, прежде шедшие за социал-соглашателями, стали понимать правильность действий большевиков.
В Крыму в подполье остались Н. Тимофеев, И. Полонский, И. Ржанников, Ян Бек, Е. Богатурьянц, С. Просмушкин, большевики с довоенным стажем и опытом, и молодые большевики: О. Алексакис, В. Киров-Харик, М. Гершуни, Ф. Рылов, В. Хайкевич, Е. Шульман, Н. Бурмистров, Р. Гринберг, И. Тихомиров, А. Мамигонов, Д. Скрыпник и многие другие. Они вынесли на своих плечах основную тяжесть первого подполья крымских большевиков.
Подпольщики за короткий срок сумели овладеть почти всеми профессиональными союзами, связались с кооперативами, создали несколько опорных пунктов подрывников, а также крепкую группу агитаторов, владевших немецким языком.
Душой большевистского подполья в Крыму была Евгения Богатурьянц (Лаура), инженер-химик, большевичка с 1909 года. Ее старший брат Арменак Аракелович Богатурьянц (Аверьян), большевик со II съезда РСДРП, был одним из организаторов всероссийской стачки работников почты и телеграфа в октябре 1905 года. Две сестры, учительницы, помогали подпольщикам. В квартире одной из них, Елизаветы Богатурьянц, хранилась большевистская литература.
После прибытия кораблей и эвакуированного имущества в Новороссийск Гавен до середины июля работал в революционном штабе Кубано-Черноморской республики. Он получал полную информацию о положении в Крыму и о деятельности большевистского подполья.