26 марта специальным декретом Совета Народных Комиссаров Республики Тавриды Верховный военно-революционный штаб был преобразован в Комиссариат по военно-морским делам. Руководителем стал Гавен. В коллегию комиссариата вошли большевики Пожаров, Ермолин и Басенко и левый эсер Шерстнев. В декрете говорилось, что: «Комиссариат по военно-морским делам является верховным военным органом Советской республики Тавриды и ему предоставляется право распоряжаться всеми военными силами республики и местными военно-революционными штабами, находящимися в полном подчинении комиссара по военно-морским делам». Были объявлены мобилизация саперов и минеров, разверстка поставки лошадей в армию и мобилизация буржуазии (в возрасте от 18 до 30 лет) на рытье окопов. Мобилизованных на рытье окопов направляли на Перекопский перешеек в Чонгар, а саперов и минеров с инженерным имуществом в Севастополь, в распоряжение Комиссариата по военно-морским делам.
Через несколько дней Черноморский отряд в составе семи тысяч красных бойцов выступил на фронт. Однако красногвардейские и краснофлотские отряды, успешно одолевшие в январе 1918 года силы русской контрреволюции, теперь не могли служить прочным заслоном против регулярных германских войск.
В воззвании Военно-морского комиссариата за подписью Юрия Гавена от 5 апреля 1918 года говорилось: «Всем, всем, всем!.. Кому дороги завоевания революции… Революционный Севастололь и красный Черноморский флот решили до последнего вздоха стойко защищать Крым от посягательств банд генерала Макензена… Все к оружию… и тесному единству для защиты революции!.. Враг будет разбит… Да здравствует Международная пролетарская революция!»
В считанные дни под руководством Гавена были развернуты позиции на реке Альме. В командование фронтом вошли и левые эсеры, объявившие себя сторонниками священной революционной войны против германского империализма. В первые же дни исчез с передовых позиций, дезертировал с фронта командующий — левый эсер Шашков. Гавену пришлось принять на себя фактическое руководство боевыми операциями. На фронте находилась и Арменуи в отряде бывших политкаторжан.
Контрреволюционные силы готовились нанести удар в спину. В то время, когда почти все большевики Севастополя ушли отрядами на Альминский фронт, контрреволюционеры спровоцировали в Севастополе серьезные беспорядки. Центрофлот совместно с Военно-морским комиссариатом Тавриды выступил с призывом не поддаваться никаким провокационным слухам, сохранять полное спокойствие. Было объявлено, что все митинги и собрания будут созываться только в помещениях, а не под открытом небом и только с разрешения Центрофлота.
18 апреля германские войска заняли Перекоп и двинулись в глубь полуострова. 22 апреля 1918 года отряд галичан под командованием атамана Балбачана, шедший в авангарде частей 52-го германского корпуса, занял Симферополь. Вслед за ним в город вступили германские войска. В районе Альмы и Бельбека завязались сильные бои. Против немцев сражались отряды В. А. Басенко, А. Е. Максюты, Матузенко, Васильевского, балаклавский коммунистический отряд Селищева, евпаторийский отряд А. И. Находкина и другие. В тылу немецких частей действовал Черноморский партизанский отряд особого назначения. Особенно отличились отряды под командованием Басенко и Васильевского. Немцев приостановили.
22 апреля находившиеся в Ялте народные комиссары Тавриды А. Слуцкий, С. Новосельский, Ян Тарвацкий, А. Коляденко и другие пытались пробраться в Керчь, чтобы уйти с полуострова морем, но попали в засаду и погибли.
23 апреля в бою под Булганаком геройски погиб Владимир Афанасьевич Басенко, член ВЦИК и Комзарева, один из самых энергичных организаторов Альминского фронта. Он вышел с 12 бойцами в разведку. Навстречу им показалась немецкая бронеплощадка. Намереваясь забросать бронешющадку гранатами, он пошел вперед и пал изрешеченный пулями. Погиб под Алуштой Борис Петрович Ждановский, командовавший отрядом бывших политкаторжан. В боях погибли Карл Вагул, мичман Лященко, Ян Булевский и многие другие организаторы красногвардейских отрядов.
Воспользовавшись уходом большевиков на фронт, эсеровско-меньшевистское большинство Центрофлота в середине апреля провело спешные перевыборы Севастопольского Совета. В итоге большевики оказались в Совдепе нового состава в меньшинстве. Гавену и большевикам пришлось вести борьбу на два фронта: на Альме против немцев и в тылу против социал-предателей.
23 апреля была получена директива Совнаркома, в которой говорилось: «Совнарком предлагает Черноморскому флоту оказать энергичное сопротивление захвату Севастополя, а в случае невозможности удержать Севастополь со всеми судами, могущими выйти в море, перейти в Новороссийск, уничтожив все остающиеся в Севастополе суда, имущество, запасы». 25 апреля состоялось делегатское собрание флота, заводского комитета Морского завода и рабочих порта, на котором обсуждался вопрос о выполнении директивы Совнаркома.