Этот вклад раскрывается во всем своем богатстве в учении Гассенди о живой материи, изучению которой уделено большое внимание в его «Физике». Пограничным понятием между химической и биологической проблематикой служит понятие «семян» (semina), употребляемое в этой связи как синоним «молекул». Само это слово, взятое для обозначения элементарного комплекса атомов, образующего живую материю, зачатка, зародыша новых форм существования, говорит само за себя. Перед нами своего рода «молекулярная» биология [10]. Идентифицируя «семена» с «молекулами», Гассенди стремился сочетать это понятие с атомизмом. «Вот почему, — писал он, — хотя и говорят, что вещи рождаются из семян, это не следует понимать в том смысле, будто семена являются чем-то первичным, ибо они сами образуются из более первичных начал, а именно из атомов» (5, т. 1, стр. 163). «Семена-молекулы» — это определенное соединение определенного рода атомов, притом качественно новое, отличное от своих составных элементов. «При этом не создается новая субстанция, а лишь появляется новое качество в объединенной субстанции», откуда следует, что «всякое рождение есть своего рода изменение, или преобразование…» (5, т. 1, стр. 183). Данное Гассенди объяснение перехода от неживой к живой материи, не нарушая его атомистической концепции, явно выражает его стихийный подход к идее перехода количества в качество. «Синтез первичных элементов образует целое, обладающее качествами, которыми эти элементы не обладают» (69, стр. 223). Вывод Койрэ о том, что «сведение свойств атомов к весу, количеству, величине не помешало попытке развить качественную физику на атомной основе…» (43, стр. 69), вполне оправдан. При этом Гассенди по своему обыкновению опирался не на одни гипотетические построения эпикуреизма, но должным образом оценил новые эмбриологические открытия Гарвея и Фейенса, широко используя их в своих рассуждениях о том, как растут растения, образуя корни, стволы, листья, цветы, плоды, и как формируются многообразные органы животных. Материальные «семена-молекулы», не нуждаясь ни в какой нематериальной субстанции или «форме», заменяют при этом в возникновении нового функцию, выполняемую у аристотеликов нематериальной «потенцией».
Отождествление «семян» с «молекулами» позволяет Гассенди совместить механистическую тенденцию эпикурейского атомизма с принципами качественного различения. Ссылаясь на химические явления кристаллизации, на реактивность физического противодействия, сопоставляя инстинктивные влечения живых существ с магнетизмом, притяжением и тяготением, размышляя о наследственности, Гассенди находит общее в особенном, синтезирует атомистический динамизм с биологическим органицизмом. В его понимании «жить — это сохранять в этом вихре атомов свое собственное лицо и упрочить принадлежность к своему виду». Приводя эту характеристику, Тома замечает: «При всей своей элементарности это поразительно» (69, стр. 102).
Но решающим, критическим пунктом всей проблематики единства и многообразия материального мира является постановка и решение ключевого вопроса об ощущающих, чувствующих, сознающих «вещах» — о своеобразии психического. Острейшая психофизическая проблема, которой Гассенди уделяет должное внимание, не служит камнем преткновения для его материалистических устремлений. Обстоятельно, вдумчиво он старается вскрыть физиологические основы психических процессов, проложить путь научной психофизиологии.