Испанский посол при английском дворе дон Диего Гусман де Сильва, располагавший широкой шпионской сетью, пронюхал о готовящейся экспедиции и поднял шум. Королева и Сесил успокоили его, заверив, что корабли собираются идти в Африку и Ост-Индию, а не в Америку. Де Сильва, кажется, поверил им и тут же послал в Лиссабон секретную депешу, предупреждая португальский двор о намерениях англичан вторгнуться в зону португальских интересов. Впрочем, вскоре до посла дошли слухи, что в упомянутом проекте тайно участвует купец с Канарских островов Педро де Понте и что — по просьбе Хокинса — он договорился с губернаторами Вест-Индии о том, как им обойти монополию Торговой палаты и приобрести у английских контрабандистов африканских невольников. От шпионов де Сильвы не укрылся и тот факт, что два королевских корабля, «Джизес оф Любек» и «Миньон», были переведены из Чатема к Тауэру, чтобы взять на борт вооружение и порох из королевского арсенала, а также большой запас бобов, которыми обычно кормили африканских невольников.
Посол снова отправился на прием к Елизавете. Королева выслушала испанца с подчеркнутым вниманием и заверила его, что оружие передано на корабли для защиты от возможных нападений со стороны французских пиратов и португальцев. Сесил согласно кивал и божился, что экспедиция собирается идти в Гвинею, дабы компенсировать потери Джорджа и Уильяма Уинтеров, корабль которых, как сообщалось выше, был захвачен и потоплен португальцами в 1565 году. В конце концов, получив по своим каналам дополнительную информацию о намерении англичан совершить рейс в Западную Африку, испанский посол вздохнул с облегчением. Тем более что сам Хокинс, неоднократно навещая его, всякий раз демонстрировал ему свои «верноподданнические чувства» к королю Испании.
А тем временем подготовка к плаванию шла полным ходом. В гавани Плимута снаряжались сразу четыре корабля, принадлежавшие братьям Хокинсам: «Уильям энд Джон», «Своллоу», «Эйнджел» и «Джудит».
Как уже сообщалось ранее, Фрэнсис Дрейк вернулся из Вест-Индии в сентябре 1567 года. Узнав об этом, Джон Хокинс связался с ним и пригласил присоединиться к новому заморскому предприятию. Дрейк охотно принял это предложение.
Находясь в Плимуте, будущий «бич испанских морей» познакомился с Мэри Ньюмэн — скромной девушкой из Сент-Будо, дочерью моряка Гарри Ньюмэна. Мэри настолько понравилась Фрэнсису, что он пообещал жениться на ней сразу же после возвращения из плавания.
Пока на корабли грузили снаряжение и провиант, у входа в Плимутскую гавань появилась испанская эскадра в составе семи судов; ею командовал фламандский адмирал Альфонс де Бургунь, барон де Вахен
Отвечая на гневные протесты испанского адмирала, Хокинс заметил, что тот нарушил «международные правила вежливости» и тем самым задел честь его суверенной госпожи. Разгорелся дипломатический скандал. Чтобы замять его, Сесил отправил Хокинсу письмо с порицанием его действий и требованием объяснить причину стрельбы по испанским кораблям. Копия этого письма была передана испанскому послу де Сильве: испанский двор должен был знать, что английское правительство непричастно к инциденту. В то же время в Плимут прибыл еще один посланник с личным письмом королевы, в котором она похвалила Хокинса, но добавила: «…Вы должны понять, что ваш суверен не может нести ответственность за подобные действия, как и за те, которые могут случиться в будущем».