Генерал МакАртур поддерживал контакт с филиппинским партизанами и не капитулировавшими подразделениями своей армии с помощью подводных лодок, базирующихся на Фримантл. В период с 8 февраля 1943 по 5 марта 1944 они совершили 19 походов с этой целью. Из них 7 походов совершила подводная лодка «Нарвал», специально выделенная для такой работы. Они доставили к партизанам важных связников, таких как капитан-лейтенант К. Парсонс, а также оружие, деньги, боеприпасы, рации и многое другое. «Нарвал» за один поход доставил 90 тонн грузов на Минданао и Самар, а также вывез 32 гражданских лица с Паная. Эти похода имели огромнейшее значение для сбора разведывательной информации о вражеских кораблях и перемещениях войск, снабжения партизан медикаментами и боеприпасами, для разрушения лживых заявлений японской пропаганды, будто американцы бросили Филиппины.
В мае 1943 «Тотог» получила специальное задание высадить 2 японцев на Целебесе. Оба были рьяными мусульманами, что создавало трудности, не предусмотренные наставлениями подводной службы. Колбасный фарш, мороженое, яичный порошок и другие обычные продукты подводников были для них табу. Они питались только тунцом и лососем. Штурману пришлось 4 раза в день давать им пеленг на Мекку. Эта история стала легендарной. Она помогла усовершенствовать искусство навигации, чтобы сыны Пророка могли возносить молитвы в нужном направлении.
Превратности судьбы подводника лучше всего показать на примере «Скалпина» (капитан 2 ранга Фред Конвей). Во время операции на Гилбертовых островах лодка патрулировала между Труком и Понапе, чтобы сообщать о передвижениях японского флота. Ночью 18 — 19 ноября 1943 «Скалпин» заметила вражеский конвой и на рассвете попыталась атаковать его. Однако лодка была обнаружена и вынуждена погрузиться. Когда через час она поднялась на поверхность, эсминец «Ямагумо» тут же загнал ее обратно и атаковал глубинными бомбами. Когда вахтенный попытался вывести лодку на перископную глубину, отказали клапана, и «Скалпин» выскочила на поверхность. «Ямагумо» немедленно бросился в атаку. Лодка погрузилась, но на нее обрушились 18 глубинных бомб. Взрывы заставила «Скалпин» потерять управление. Был поврежден прочный корпус, появились течи, заклинило вертикальные и горизонтальные рули. Не видя другого выхода, капитан 2 ранга Конвей скомандовал: «Продуть цистерны!» Когда лодка снова оказалась на поверхности, он приказал: «К орудиям!» Конечно 1 — 4″ и 2 — 20-мм орудия «Скалпина» не могли противостоять 6 — 5″ орудиям японского эсминца. Лодка получила смертельное попадание в главный воздухозаборник. Второй снаряд попал в мостик и убил командира, старшего помощника и артиллериста. Старший из уцелевших офицеров приказал команде покинуть корабль. Были открыты все кингстоны, и «Скалпин» погрузилась в последний раз. Вместе с ней ушли на дно капитан 1 ранга Джон П. Кромвелл и еще десятков человек. Кромвелл сделал это совершенно сознательно, так как он был знаком с оперативными планами и боялся, что под пытками выдаст их. 42 человека команды «Скалпина» были подобраны «Ямагумо». Один раненый был тут же выкинут за борт. Пленные американцы попали на Трук, где их перевели на эскортные авианосцы «Тюё» и «Уньё». По пути в Японию «Тюё» стал жертвой торпедной атаки американской подводной лодки «Сэйлфиш». Спасся лишь 1 пленник. Его, а также 20 человек с «Уньё», заставили работать на медном руднике Асио до конца войны.
6. Операции подводных лодок, 1944 — 1945
1 января 1944 японцы еще имели на 300000 тонн танкеров больше, чем 7 декабря 1941. Это нужно было исправить, и американские подводные лодки с энергией принялись за дело. За этом месяц были потоплены 8 танкеров, 1 стал жертвой авианосных самолетов, 7 — подводных лодок. В следующем месяцев японский танкерный флот подстерегали крупные неприятности. 17 февраля при ударе авианосцев по Труку были потоплены 5 танкеров водоизмещением 52185 тонн. Затем настал черед подводной лодки «Джек» (капитан 2 ранга Томас М. Дайкен), известной на флоте, как «Джек, победитель танкеров». В Южно-Китайском море 19 февраля в 3.38 Дайкен встретил конвой из 5 танкеров и 3 кораблей сопровождения. После серии атак, длившейся почти сутки и завершившейся почти в полночь, «Джек» потопила 4 танкера водоизмещением более 20000 тонн.