Известно, что еще до приезда Прокоповича в Петербург Петр I вынашивал планы создания в России академии наук. Он вел по этому поводу переписку со многими зарубежными учеными, в том числе и с Лейбницем, во время своего путешествия по Западной Европе внимательно присматривался к деятельности научных учреждений. Первоначально предполагалось, что академии наук будет предшествовать ряд подготовительных учреждений. Разработку одного из таких учреждений, университетского типа, включая чертежи, выбор участка для строительства, определение принципов организации, подборку слушателей и профессоров, Петр поручил Прокоповичу. Проект этого учреждения Прокоповичем был выполнен (см. 17). Прокопович предполагал назвать его «Сад Петров» или «Петергартен». Непосредственной и ближайшей задачей Феофана стала подготовка ученых для будущей академии наук. Весьма ревниво относился он к тому, чтобы и слушатели и профессора этого учебного заведения были «россиянами». Вместе с тем он считал возможным недостающих преподавателей «призвать… ис академий иноземных». После одобрения проекта Петром Прокопович шлет письмо кабинет-секретарю Макарову, в котором обосновывает важность для государства реализации этого проекта. Он просит предоставить для этой цели деньги, предназначенные для сооружения большой каменной церкви в Смоленске.
Однако позже Петр отказался от последовательного создания сначала университета, а потом академии наук. Он предложил соединить в одном учреждении и университет и академию. Этот проект, дававший значительный выигрыш во времени, был оформлен Блюментростом. В 1724 г. Академия наук была учреждена. С первых дней ее существования Феофан Прокопович оказывает всемерную помощь академическим ученым. Этот факт отмечают все исследователи истории Академии. «Среди видных государственных деятелей, на поддержку которых всегда могла рассчитывать Академия наук, — пишет Ю. X. Копелевич, — был и сподвижник Петра… Феофан Прокопович. Хотя в свое время он предлагал Петру более постепенный путь внедрения наук, но в период организации Академии он уже был в числе ее покровителей…» (94, 207).
Наиболее способных учеников из своей школы Феофан рекомендует в академическую гимназию. Этот путь прошли академики Протасов и Котельников, советник академической канцелярии Григорий Теплов и др. Врач, этнограф, ботаник Штеллер, бывший некоторое время домашним врачом Феофана, по его рекомендации занимает должность адъюнкта по кафедре натуральной истории. Как сообщают биографы М. В. Ломоносова, именно Прокопович помог талантливому юноше, когда тому угрожало исключение из Славяно-греко-латинской академии за то, что он назвался дворянским сыном, чтобы быть принятым в академию. «Не бойся ничего, — сказал ему тогда Феофан: — хотя бы со звоном в большой московский соборный колокол стали тебя публиковать самозванцем — я твой защитник!» (106,
Когда на академическом заседании 17 февраля 1735 г. конференц-секретарь, академик по кафедре высшей математики Христиан Гольдбах высказал мнение о написании истории Академии наук, он предложил обратиться с такой просьбой к Прокоповичу, который «заботился об ученых как отец» и хорошо знал состояние просвещения в России как в давние времена, так и при Петре I (87, 24).
Прокопович не только считал просвещение основой общественного прогресса и всемерно содействовал его развитию, но и связывал это развитие с распространением таких достижений науки, которые, подобно учению Коперника, подрывали церковно-схоластическое мировоззрение и освобождали человеческий разум от оков средневекового теологического мышления.
Учение Коперника Феофан начинает излагать еще в киевской академии. В своем курсе, который он читает в 1707–1709 гг., Прокопович знакомит своих слушателей с системами мироздания Птолемея, Коперника, Тихо де Браге. Для уяснения гелиоцентрической системы Прокопович обращается к Галилею. В стихотворении «Папский приговор Галилею» (56, 864) он утверждает, что мир Галилея — истинный мир. В этом стихотворении Феофан называет Галилея деятельным служителем природы, а папу — слепым кротом, который тщетно стремится затушить яркий факел познания, зажженный разумом Галилея.