Провозглашая религиозную терпимость, Прокопович стремится синтезировать западную и восточную культуры. Он одним из первых среди русских мыслителей обращает внимание на необходимость более глубокого изучения философии, истории, литературы восточных народов. В частности, он поощряет к этому академика Санкт-Петербургской академии наук Т. Г. З. Байера, который выполнил обширное исследование по географии, истории, культуре Китая. Посвятив его Феофану, Байер выражал восхищение многогранностью знаний своего друга. Действительно, в своих произведениях Прокопович не только ссылается на сочинения Авиценны, Аверроэса и других восточных мыслителей, но и неоднократно обращается к культуре народов Индии, Китая, Египта, Ближнего Востока, Греции, Турции и др. Его библиотека включает изданный Лютером малый катехизис на арабском языке, а также множество пособий и словарей для изучения сирийского, халдейского, арабского и древнееврейского (гебрейского) языков. Немало учеников и последователей мыслителя, в том числе Симон Тодорский и Василий Григорович-Барский, которым он прививал глубокое уважение к древней восточной культуре, стали известными ориенталистами.
Религиозная терпимость Прокоповича, направленная против феодальной замкнутости духовной жизни, была одной из наиболее характерных черт его просветительских взглядов. Она особенно ярко проявилась в его полемике с иезуитом Риберой, который некоторое время находился в России при испанском посланнике. В отличие от Риберы Прокопович отрицает, что ученость зависит от верования. И если Рибера отказывал Буддею, известному ученому-протестанту, в праве называться ученым только потому, что он не католик, то для Прокоповича различия в вере не существенны при определении вклада в науку.
Руководствуясь принципами и опытом выдающихся педагогов-гуманистов и реформаторов, Прокопович считает, что образование должно быть всеобщим, что грамоте нужно учить всех, в том числе и крестьян. Эта мысль, неоднократно повторяющаяся в произведениях мыслителя, специально обсуждается им в его теологическом курсе. Не нужно доказывать, что в период господства крепостничества она была не только прогрессивной, но и очень смелой, направленной против монополии духовенства на знание и науку, против присущей феодализму сословности в образовании.
Большую роль в распространении просвещения Прокопович, подобно гуманистам, отводит художественным произведениям и театру. Он требует, чтобы комедии писались языком простым, «сельским», «мужичьим», чтобы в них представлялись особы «низкие». Обращаясь в своих сочинениях к героям из простонародья — крестьянину, дьячку, столяру («тектону си есть древоделу») и т. п., Прокопович продолжает начатое мыслителями Возрождения движение к снятию элитарности духовной культуры.
Вслед за Баттистой Гуарино, Витторино да Фельтре, Луисом Вивесом, Эразмом Роттердамским, Яном Амосом Коменским Прокопович считает основой просвещения воспитание, начатое в раннем детстве. «От возраста детского, — говорит мыслитель, — аки от корня и добро и зло во все житие течет» (31, 1). Благосостояние как общества в целом, так и отдельного человека, по его мнению, в значительной степени зависит от воспитания подрастающего поколения: «Доброе ли есть в народе жительство, знатно, что в нем есть доброе детем наставление. А в котором народе многие свары, ненависти, коварства, татьбы и разбои и прочие злонравия, не усомневайся, что в нем нет доброго наставления детем» (там же, 6). Воспитание, согласно взглядам Прокоповича, не должно строиться на сословном принципе. И воспитатель и родители должны заботиться, чтобы дети были умными, добрыми, честными, а не о том, чтобы они были подобны им по чину и званию, т. е. священниками, воеводами и т. п. (см. 35, 14). Хотя эти гуманистические принципы еще базировались на идеалистической основе, так как нравственность выводилась из воспитания, воспитание — из просвещенности правителей и т. д., что приводило к замкнутому кругу идеальных факторов, но принципы эти несомненно были шагом вперед по сравнению с принципами схоластической школы.
Будучи человеком действия, всегда старавшимся реализовать свои теоретические взгляды, Прокопович пытается воплотить в жизнь названные принципы в созданной им на собственные средства школе, в которой получали образование около 160 детей бедных родителей и сирот. Многие из них впоследствии стали видными учеными, как, например, А. И. Протасов и С. К. Котельников — ближайшие помощники М. В. Ломоносова в научной и педагогической деятельности. Феофан очень заботился об этой школе и стремился, чтобы в ней преподавали лучшие учителя. В Феофановой школе детей обучали не только риторике, философии, физике, математике, но и музыке, пению, рисованию. Певческая капелла из учеников его школы была одной из самых знаменитых в Петербурге.