Защищая петровские реформы, направленные на подчинение церкви государству, искоренение монашества, секуляризацию монастырских имений, Прокопович пишет ряд произведений, а также развивает эту тему в своих «Словах». Отражая обвинения в еретизме, он выдвигает против своих противников из церковного лагеря более страшное обвинение в подрыве мощи государства, в посягательстве на царскую власть, в организации антиправительственных фракций и заговоров. Последними он буквально запугивает монархов и их министров и благодаря этому держит их под своим влиянием. Одновременно он ведет борьбу против восстановления патриаршества. В этой борьбе наряду с разными политическими ходами он использует и такое оружие, как сатиру. Среди найденных нами неопубликованных латинских стихотворений Феофана Прокоповича две эпиграммы и сатира посвящены острому осмеянию претендента в патриархи Георгия Дашкова, который надеялся получить это место, раздаривая коней из своего завода. По тонкости, остроумию, глубине и язвительности нападок на представителя духовенства эта сатира заслуживает быть причисленной к лучшим антиклерикальным произведениям начала XVIII в. Напомним, что «добрым пастырем стада кобыл» Дашков называется и в другом произведении того времени — «Молотке на „Камень веры“», эта же тема используется для осмеяния Дашкова и в сатирах Кантемира.
Естественно, что в период господства верховников Прокопович в силу своего положения не мог открыто выступить против «Камня веры». Поэтому он избирает для его критики другие средства. С одной стороны, внутри страны он ведет анонимную критику, выступая от лица проживающего в России протестанта. Так написан и памфлет «Молоток на „Камень веры“» (61), и «Отяготительные обряды римской и греческой церкви» (30). С другой стороны, он переносит полемику против «Камня веры» за границу. Об оперативности его действий свидетельствует то, что уже в майском номере «Лейпцигских ученых актов» за 1729 г. появляется разбор этого сочинения Яворского, изданного в 1728 г. К концу этого же года в Йене выходит книга, посвященная критике «Камня веры», написанная И. Ф. Буддеем в форме письма к другу, проживающему в Москве (130). Никто не сомневался в том, что «другом, проживающим в Москве», был Феофан.
Более того, Лопатинский прямо заявлял, что автором рецензии и книги является не кто иной, как сам Феофан. Возможно, что он был недалек от истины: факты, материалы, первоначальный текст, вероятно, посылались Буддею Феофаном. Это подтверждает и изучение писем Прокоповича, из которых видно, что после напечатания «Камня веры» он направил в Йену жившего в его доме ученика Алексея Зеньковского. Вскоре после его возвращения и появилась упомянутая книга. Прокопович привлекал для критики книги Яворского и других видных ученых-протестантов, в частности Иоганна Теодора Яблонского, Иоганна Христиана Маке.
Православные богословы-ортодоксы вынуждены были отвечать на критику. При поддержке Д. М. Голицына Ф. Лопатинский пишет «Апокрисис или ответ на писание ответное Франциска Будеа к некому другу, на Москве живущему о лютеранской ереси на книгу блаженныя памяти преосвященнейшего Стефана Яворского митрополита Рязанскаго и Муромскаго, нареченную Камень веры, напечатанное в Иэнне лета 1729» (96).
В развернувшейся дискуссии наряду с основным вопросом об отношении государства к церкви и древнерусскому благочестию (почитанию икон, мощей, призыванию святых, соблюдению постов и т. д.) рассматривались и другие вопросы, вытекающие из основных, в том числе и об отношении к еретикам и иноверцам. Если представители староцерковной партии относились к ним нетерпимо, то государство, испытывающее потребность в притоке иностранных специалистов, в купцах и заводчиках, среди которых было немало раскольников, не могло разделять этой нетерпимости. Здесь интересы церкви и государства существенно расходились. Прокопович безусловно отстаивал интересы государства.
Считая наиболее действенным методом против раскола просвещение и убеждение, Прокопович вел переписку с некоторыми его представителями, в том числе и Семеном Денисовым, ответные послания которого сохранились (см. 81, 61–69).
Если раскол представлялся Прокоповичу следствием невежества простого народа, требующего просвещения, и он призывал к терпимости по отношению к его представителям, то церковную оппозицию он считал возможным преследовать всеми доступными тогда средствами. В его глазах ее сторонники были прежде всего государственными преступниками, ибо, защищая самостоятельную власть церкви, они покушались на верховенство государственной власти, а настаивая на возврате монастырских имений, пытались присвоить государственное имущество, необходимое для содержания армии, флота, просвещения. К тому же они были его личными врагами.