Фон Манштейн, оценив обстановку, решил в первую очередь силами 54-го и 49-го армейских корпусов занять Крым.
Подготовка 54-го армейского корпуса к наступлению затянулась из-за трудностей с подвозом материально-технических средств. И только 24 сентября он начал операцию, нанося главный удар по перекопским позициям. Безжалостно парящее солнце нависло над безлюдной степью. Части 46-й и 73-й пехотных дивизий, преодолевая упорное сопротивление войск 51-й отдельной армии, 26 сентября прорвали перекопские оборонительные позиции и захватили Армянск. Командующий 51-й отдельной армией возложил задачу по отражению наступления 54-го армейского корпуса на оперативную группу во главе со своим заместителем генералом П.И. Батовым. Он силами двух стрелковых полков (442-го и 417-го) нанес контрудар и захватил Щемиловку и старую крепость. Во второй половине дня 26 сентября в атаку на северную окраину Армянска перешел 865-й стрелковый полк 271-й стрелковой дивизии, подошедший к району боевых действий. С западной стороны наступал полк 172-й стрелковой дивизии. Однако 46-я пехотная дивизия оказала упорное сопротивление. Этим воспользовался командир 54-го армейского корпуса, который, подтянув части 73-й и 50-й пехотных дивизий, нанес контрудар и овладел большей частью Армянска.
Действия войск 51-й отдельной армии вызвали недовольство в Ставке ВГК. 27 сентября начальник Генерального штаба маршал Б.М. Шапошников по указанию И.В. Сталина направил командующему армией директиву № 002369, в которой отмечалось: