Бродя по городу со своим учеником Вагнером, Фауст встречает собаку, которую приводит за собой в дом, где она принимает человеческий образ Мефистофеля. Злой дух после ряда искушений убеждает старого отшельника вновь изведать радости опостылевшей ему жизни. Плата за это — душа Фауста. Скрепив договоренность кровью, Фауст отправляется в путь. В поисках развлечений он и Мефистофель кружат по Лейпцигу. В погребке Ауэрбаха злой дух поражает студентов извлечением вина из пробуравленной в столе дырки. Он потворствует желанию Фауста сблизиться с невинной девушкой Маргаритой (уменьшительное Гретхен), видя в этом желании одно лишь плотское влечение.
Чтобы подстроить знакомство Фауста с Маргаритой, Мефистофель втирается в доверие к ее соседке Марте. Фаусту не терпится провести ночь наедине с возлюбленной. Он убеждает Маргариту усыпить мать имеющимся у него снотворным. Последняя от полученного снадобья умирает. Позже Маргарита обнаруживает, что беременна. Ее брат Валентин вступает с Фаустом в поединок. Убив в драке Валентина, спутники покидают город, и Фауст не вспоминает Маргариту до тех пор, пока не встречает ее призрака на шабаше. Призрак является ему в Вальпургиеву ночь на Броккене как пророческое видение — в виде девушки с колодками на ногах и тонкой красной линией на шее. Из расспросов Мефистофеля он выясняет, что его возлюбленная в темнице ждет казни за то, что утопила дочь, зачатую ею от Фауста.
Фауст спешит на помощь в темницу к Маргарите, которую постепенно покидает рассудок, и предлагает ей побег. Девушка отказывается принять помощь нечистой силы и остается ждать казни. Вопреки ожиданиям Мефистофеля, Господь принимает решение спасти душу девушки от мук ада и объявляет свой вердикт: «Спасена».
Вторая часть представляет собой поэтический философский текст, который заключает в себе множество зашифрованных символических и мистических ассоциаций и неразрешимых загадок. Эта часть более эпизодична, чем первая. Она состоит из пяти актов с относительно самостоятельными фабулами. Действие переносится в атмосферу античного мира, где Фауст сочетается браком с Еленой Прекрасной. Фауст и Мефистофель сводят знакомство с императором и предпринимают ряд мер по улучшению благосостояния его подданных.
Художественный мир второй части — это сложное переплетение между средневековьем, где происходит действие первой части, и античностью. Для понимания текста необходимо хорошее знание древнегреческой мифологии.
От союза Елены и Фауста появляется сын Эвфорион. Когда он вырастает, то устремляется ввысь и разбивается. Исчезает и Елена, оставив лишь одежду на руках у Фауста. Эта сцена имеет символическое значение. Проводится мысль о том, что нельзя копировать античное искусство, можно использовать формальную сторону, но содержание должно быть современным. Эвфорион унаследовал красоту матери и беспокойный нрав отца. Он представляет собой символ нового искусства, которое, по мнению Гете, должно соединять античную гармонию и современный рационализм. При этом сам Гете данный образ ассоциирует с образом Байрона.
В последнем пятом акте Фауст, вновь постаревший, вернулся в современный ему мир, занимается постройкой плотины для блага человечества. Гете рассуждает о смене эпох, как разрушении старого феодального мира и начале новой эпохи, эпохи созиданий. Но созидание не может быть без разрушения, свидетельство чему — смерть двух стариков.
На исходе жизни ослепший Фауст, слыша звук лопат, переживает величайший миг в своей жизни, полагая, что его работа принесет большую пользу людям. Ему невдомек, что это по заданию Мефистофеля лемуры (ночные духи) копают его могилу. Вспомнив про контракт с Мефистофелем, Фауст говорит том, что лишь осушив болота и создав плодородный край, он попросит остановить мгновенье его жизни. Но умирает по предсказанию духа Заботы, отомстившего за смерть невинных стариков.
Согласно условиям контракта душа Фауста должна попасть в ад. Однако заключенное пари Господь разрешает в пользу спасения души Фауста, поскольку тот до последнего дня своей жизни трудился на благо человечества. Душа Фауста попадает на небеса, где соединяется с душой Маргариты.
Таким образом, в отличие от традиционных версий народной легенды, согласно которым Фауст попадает в ад, в версии Гете, несмотря на выполнение условий соглашения и на то, что Мефистофель действовал с разрешения Бога, ангелы забирают душу Фауста у Мефистофеля и уносят ее в рай.
В «Народной книге» XVI века Фауст продает свою душу ради мирских удовольствий, а в «Трагической истории доктора Фауста» английского писателя Кристофера Марло (1564–1590) им движет желание обессмертить свое имя. В гетевской трактовке Фауст тонет в пучине крайнего пессимизма и с полным безразличием относится к загробной жизни, отсюда легкость, с которой он заключает сделку с дьяволом.