Летом 1965 г. у американских летчиков появился новый противник, как показали дальнейшие события — противник более грозный, нежели МиГи. Первой жертвой ЗРК С-75 стал «Фантом», сбитый 24 июля. Первый «Тандерчиф» был сбит зенитной ракетой 30 сентября в 70 км юго-восточнее Ханоя. Огневые позиции зенитно-ракетных дивизионов прочно вошли в число самых приоритетных целей. Очередной «Тандерчиф» ракетчики сбили 5 ноября; 16 ноября группа F-105 атаковала позиции ЗРК, расположенные в 30 км от Ханоя. Ракетчики огрызнулись — нападающая сторона не досчиталась одного самолета. Высокая скорость и большие размеры ракеты произвели большое впечатление на летчиков: «Скайхок» без крыльев». Первые попытки поразить позиции ЗРК успеха не имели. До пуска ракет летчики не могли обнаружить хорошо замаскированные позиции, а после пуска вызванные по тревоге ударные группы прибывали к пустому месту — дивизионы быстро меняли позиции. Тогда появилась идея обнаруживать ЗРК по излучению радиолокаторов обзора воздушного пространства. Первым самолетом-охотником за РЛС стал А-4. «Скайхок» засекал цель, а удар наносили «Тандерчифы». Комбинация A-4/F-105 стала первым шагом на пути к появлению весьма эффективных противорадиолокационных самолетов «Уайлд Уизел».
«Тандерчиф» из экспозиции музея на авиабазе Эглин, хорошо виден открытый отсек тормозного парашюта. Подпружиненную крышку отсека закрывали после посадки техники. После падения давления в гидросистеме нижняя створка воздушного тормоза отклонялась почти до предела, а три остальные приоткрывались.
Удары американской авиации по зенитно-ракетным комплексам начались с 27 июля. В этот день 46 «Тандерчифов» бомбили позиции двух дивизионов С-75 в 60 км северо-западнее Ханоя. Летчики рапортовали о поражении одной цели, однако первый зенитно-ракетный комплекс американская авиация «официально» уничтожила лишь 17 октября (в налете принимали участие палубные «Скайхоки» и «Интрудеры» с авианосца «Индепенденс»). 7 ноября впервые отличились пилоты «Тадов» — южнее Ханоя было уничтожено два комплекса. 23 ноября «Тандерчифы» нанесли удар по позициям зенитно-ракетного дивизиона в 55 км западнее Ханоя. 27 ноября несколько F-105 разбомбили в Донгиме (35 км юго-западнее Ханоя) техническую позицию зенитно-ракетного дивизиона; 17 строений было полностью разрушено, остальные три сильно повреждены. Боевая нагрузка истребителей-бомбардировщиков состояла из шести 750-фунтовых бомб, летчикам строго предписывалось сбрасывать все бомбы с одного захода.
Наличие постоянной угрозы со стороны ЗРК заставило американцев изменить тактику. «Тандерчифы» спустились со средних высот к земле, где их не могли достать ракеты, но резко возрастала вероятность поражения малокалиберной зенитной артиллерии. Командование считало, что ракеты страшнее, некоторые летчики придерживались иного мнения. Количество направленных в небо стволов калибра 20-, 37-, 57-, 85- и 100-мм исчислялось сотнями. «Пушки в Северном Вьетнаме размножаются как кролики в брачный период!» — рапортовал своему командиру один из пилотов F-105. К целям высшего приоритета теперь добавились позиции зенитной артиллерии. Все больше ударных самолетов отвлекалось от решения стратегической задачи «поэтапного давления» в пользу решения задач насущных — борьбы с системой ПВО. Признанием силы системы ПВО ДРВ стало изменение окраски самолетов ВВС США, точнее — появление окраски. С 1943 г. американские боевые самолеты радостно блистали неокрашенным дюралем, теперь яркий блеск сменило скромное обаяние камуфляжа. Первыми камуфляжную окраску получили «Тандерчифы».