Приступлено было к постройке каменных лавок, число которых к началу XVII столетия уже было весьма значительным, что видно из названий: Фрянские погреба, панские ряды и прочие.
Другим памятником правления Елены были построенные церкви Иоанна Предтечи близ Солянки и основанный при ней Ивановский женский монастырь, в котором впоследствии были заключены знатные затворницы.
Самостоятельное царствование Иоанна IV началось с 1547 года, и первый год его правления ознаменовался в Москве пожарами. 12 апреля выгорела часть Китай-города, примыкающая к Москве-реке, с некоторыми церквами, гостиным двором и другими лавками. Одна крепостная башня, служившая пороховым складом, взлетела в воздух с частью китайской стены. Затем 20 апреля выгорела часть посада около устья Яузы, на Болвановке, где жили кожевники и гончары. И наконец 27 июля вспыхнул новый, ещё невиданный изначала Москвы пожар. Он пошёл от Воздвиженья на Арбат, сжёг всё Знаменское. Поднявшаяся буря погнала отсюда огонь на Кремль, где загорелись верх Успенского собора, крыша царских палат, двор царской казны, Благовещенский собор с его драгоценными иконами греческого и русского письма (Андрея Рублёва), митрополичий двор и царские.
Погорели монастыри Чудово и Вознесенский и погибли все боярские дома в Кремле. Одна пороховая башня с частью стены взлетела в воздух. Пожар перешёл на Китай-город и истребил оставшееся от первого пожара.
На Большом посаде сгорели Тверская, Дмитровка до Николо-Греческого монастыря, Рождественка, Мясницкая до Флора и Лавра, Покровка до несуществующей теперь церкви святого Василия с многими храмами, причём погибло много древних книг, икон и драгоценной церковной утвари.
Около двух тысяч народу сгорело живьём. Митрополит Макарий едва не задохся в дыму в Успенском соборе, откуда он собственными руками вынес образ Богородицы, написанный святителем Петром. Владыка в сопровождении протопопа Гурия, нёсшего Кормчую книгу, взошёл на Тайницкую башню, охваченную густым дымом. Макария стали спускать с башни на канате на Москворецкую набережную, но канат оборвался и владыка упал и так ушибся, что едва пришёл в себя и был отнесён в Новоспасский монастырь.
Царь с семьёй и боярами уехали за город в село Воробьёво.
Этот пожар потребовал от царя Иоанна Васильевича большой строительной деятельности. По его приказанию были отстроены пострадавшие от пожара Успенский и Благовещенский соборы, Грановитая плата и дворец. Верх Успенского собора был покрыт вызолоченными медными листами.
Затем некоторые события царствования Иоанна IV ознаменовались в Москве особыми памятниками.
Прежде всего покорение Казани дало Москве собор Покрова, или храма Василия Блаженного, построенного молодым царём в память присоединения к России царства Казанского.
«Известен всему свету памятник, — говорит И. Н. Забелин, — и по своей оригинальности занял своё место в общей истории зодчества и вместе с тем служит как бы типической чертой самой Москвы, особенно же чертой самобытности и своеобразия, каким Москва, как старый русский город, вообще отличается от городов Западной Европы».
В своём роде это такое, если не большее, московское, и притом народное диво, как Иван Великий, Царь-колокол, Царь-пушка. Западные путешественники и учёные последователи истории зодчества, очень чуткие относительно всякой самобытности, давно уже оценили по достоинству этот замечательный памятник русского художества.
Люди, во что бы то ни стало старающиеся отвергнуть всякую самобытность в русском народе, пытались доказать, что храм Василия Блаженного построен или в индийском, или в арабском и мавританском стиле. Но теперь уже доказано, что все его архитектурные особенности — русского характера, проявившегося в русском теремном, церковном и крепостном (башенном) творчестве.
До последнего подъёма русского сознания у нас господствовала тенденция, что вся московская, допетровская Русь — это сплошной и беспросветный мрак невежества. Теперь, когда мы освободили свои глаза от чужих очков, историческое зрение лучше видит проблески русской образованности и культуры даже в такое время, каким является время Грозного царя.
Не воспользовавшись ещё возрождением наук и искусств, изобретениями и открытиями, мы в эту пору, конечно, отстали от Запада, но было бы в высшей степени несправедливо думать, что мы стояли тогда на уровне азиатских народов. У нас была своя образованность, представителями которой были Максим-грек, митрополит Макарий, составитель громадного свода жития святых, известного под именем «Великих Четьих-Миней», и летописного свода — «Степной книги», протопоп Сильвестр, автор «Домостроя», князь Курбский, наконец сам Иоанн IV и другие.