Вторая работа Коха – все еще в прежней домашней обстановке – была посвящена этиологии раневых инфекций. В ней были объявлены его знаменитые требования, без выполнения которых не может быть установлена связь заболеваний с определенными микробами: «Паразит тарные микроорганизмы должны быть находимы во всех случаях данной болезни; их число и распределение должно быть способно объяснить все явления болезни, и, наконец, для каждой отдельной раневой инфекции должен быть определен свой возбудитель в виде хорошо морфологически охарактеризованного микроорганизма».
Для выполнения этих требований, Кох создал целый ряд новых методов – приготовления препаратов, окрашивания, освещения, рассматривания, которые стали прочным достоянием науки и необходимым подспорьем для дальнейших исследований. Эти новые методы Кох приложил сначала к экспериментальным болезням, искусственно вызванным у лабораторных животных, в теле которых он всегда имел чистые культуры соответствующих микробов. При тогдашнем состоянии бактериологической техники тело животных казалось ему единственным культурным аппаратом, дающим возможность поддерживать безупречные чистые культуры одного определенного вида микроорганизмов.
Выдающиеся работы Коха не замедлили обратить на себя внимание, и ему была дана возможность продолжать исследования в соответственной обстановке – в Высшем гигиеническом учреждении (Gesundsheitsamt). Здесь гений Коха развернулся во всем блеске и в течение нескольких лет подарил миру целый ряд замечательных открытий и исследований. Здесь быстро с 1880 по 1885 г. последовали классические работы Коха по дезинфекции, об этиологии туберкулеза, об этиологии холеры, не считая многих других, менее важных, а также ряд открытий его учеников и сотрудников (дифтерия – Löffler, брюшной тиф – Gaffky и др.).
Работа о туберкулезе является бесспорно величайшим его открытием, как по важности самого вопроса, так и по трудностям, которые преодолел для разрешения его гений Коха. Для нахождения микроба бугорчатки нужно было изобрести особые методы окраски, для введения и размножения его – особые методы культуры. Кох блестяще решил все эти задачи и выполнил по отношению к туберкулезу все свои указанные выше требования. Затем, при изучении холеры, Кох изобрел замечательный метод разъединения микробов путем культуры на пластинках желатины, благодаря чему легко выделил возбудителя холеры – индийского вибриона, и доказал – в международном соревновании – превосходство своей методики пред Пастеровской.
На этом закончился наиболее плодотворный период деятельности Коха. В дальнейшем он отдался всей душой практической задаче – нахождению средств борьбы с открытым им злейшим врагом человеческого рода – туберкулезной бактерией. Но практические изобретения требуют, вероятно, иного склада ума, чем научные открытия, и, несмотря на 30-летнюю упорную работу, Коху не удалось найти радикального и специфического лечения туберкулеза. Правда, ему много мешало продолжительное отрицательное отношение к явлениям иммунитета, обещавшим – как раз в то время – наибольшие успехи на этом поприще борьбы с инфекциями. Поэтому, важнейшее в этом направлении открытие Коха – туберкулин – не могло быть в должной степени освещено и анализировано им, и действие туберкулина оставалось загадочным до самого последнего времени.
Однако, кроме этой важнейшей задачи своей жизни, Кох иногда отрывался на другие работы, и здесь снова проявлялся его несравненный гений. Из этих работ второго периода его жизни, укажем, прежде всего, на установление принципов борьбы с заразными болезнями, а в частности, с холерой, с брюшным тифом и малярией. В этом отношении Кох придерживался такого взгляда. При заразных болезнях важнейшим очагом, из которого исходит инфекция, является больной человек, который и должен быть обезврежен. Ради этой последней цели нужно прежде всего озаботиться обнаружением соответственных больных, для чего и вырабатываются подходящие бактериологические методы. Затем обнаруженные больные должны быть сделаны безопасными для общества, что достигается или изолированием их от окружающих, или уничтожением в них, если это возможно, патогенных микробов.