Тутмос III построил внутренние ворота (пилон VI), после чего святилище оказалось в окружении трех ворот. В то же время святилище в законченном его виде относится к более позднему времени – к царствованию Филиппа Арридея, сводного брата Александра Великого. Стены крытой галереи, окружающей святилище, испещрены надписями Тутмоса III, посвященными его победоносным походам в Сирии. Во всех подробностях рассказывается о знаменитом походе против союза сирийских князей, чье главное командование находилось в Мегиддо на равнине Ездраэлон. Очевидно, этот рассказ взят из хроники, которую вел личный секретарь фараона, излагающей события похода начиная с того дня, когда египетская армия вышла из Египта, и заканчивая захватом оплота Мегиддо. Писец невольно нарисовал столь живой портрет царя, столь ясную картину безрассудной храбрости Тутмоса, описав его вспыльчивый нрав, непревзойденный полководческий талант и милость к побежденным, что великий фараон кажется самым человечным и обаятельным из всех правителей древности. Писец замечает, что он сделал запись на «кожаном свитке в храме Амона». Кожа давно истлела, но текст, воспроизведенный на каменных стенах галереи, хорошо сохранился, так что его можно было расшифровать. Когда египетская армия достигла южного подножия холмов Мегиддо, Тутмос созвал военный совет, где военачальники посоветовали ему проявить чрезвычайную осторожность. «Как идти нам по этой узкой дороге, когда к нам приходят и говорят, что враг поджидает нас, сохраняя дорогу от полчищ? Разве не пойдет лошадь за лошадью, а воин за воином? Не будут ли наши передние ряды биться, в то время как задние стоять в Аруне в бездействии? Смотри, вот две другие дороги, одна идет из Таанаха, другая выведет нас на путь севернее Зефти, чтобы мы вышли к северу от Мегиддо. Пусть наш могучий Господин идет по тому пути, какой выберет, но пусть не посылает нас по этой трудной дороге». [Царь ответил: ] «Клянусь любовью Ра ко мне, милостью отца моего Амона ко мне, тем, что ноздри мои обновляются жизнью и силой, мое величество пойдет по этой дороге из Аруны. Пусть кто хочет идет по дорогам, о которых вы говорили, и пусть кто хочет следует за моим величеством. Пусть гнусный враг думает: «Не пошел ли его величество другой дорогой?» Значит, он нас боится». [Военачальники согласились идти за царем.] Тогда его величество приказал всему войску выступать по узкой дороге. Его величество поклялся, говоря: «Никто не пойдет впереди меня». [Потом автор описывает подготовку к битве и саму битву.] Его величество, вооруженный боевым оружием, выехал на своей золотой колеснице. Южное крыло армии стояло на холме на юге от ручья Кина, северное крыло стояло на северо-западе от Мегиддо, а его величество был между ними. Когда враги увидели его величество во главе армии, превосходящей их, они стремглав в ужасе бросились к Мегиддо, покинув лошадей и колесницы из золота и серебра. Их тянули и тащили в город за их одежды, ибо горожане закрыли перед ними ворота и спустили одежду, чтобы втянуть их в город. О, если бы только воины его величества не предались разграблению вражеских пожитков, они бы захватили Мегиддо в ту самую минуту, когда воинов жалкого войска Кадеша и презренного войска Мегиддо спешно тянули вверх, чтобы впустить их в город. [Царь сурово укорил свое войско,] «потому что все вожди мятежных стран в этом городе, и захватить Мегиддо – все равно что захватить тысячу городов. Так захватите его целиком». После чего вокруг Мегиддо установили осаду, хотя беженцам было позволено покинуть город; наконец город сдался. В завершение похода Тутмос «назначил новых начальников в каждом городе», иными словами, сместил князей, сопротивлявшихся ему, и поставил на их место египетских правителей и тем самым заложил основание для египетского господства во всей Сирии. Хотя враги боялись Тутмоса, как никакого другого фараона, как кажется, он пользовался любовью и доверием своего народа, особенно в войсках, а также уважением завоеванных народов. Поход на Мегиддо единственный, описанный столь подробно; по поводу остальных просто подведены итоги, скорее всего потому, что на стенах не хватило места, чтобы уделить столь же пристальное внимание всем военным кампаниям.
Хотя храм постоянно перестраивался, новые строения никогда не отклонялись от оси и возводились по линиям старого здания, с каждым разом удлиняя его. Аменхотеп III построил пилон (III пилон) еще западнее и расширил старый храм, окружив стеной двор между своим пилоном и пилонами предшественников. Вполне вероятно, что замысел большого гипостильного зала также принадлежал ему, но, так как он уже вплотную занимался строительством луксорского храма, на карнакский храм у него не оставалось ни людей, ни средств.