За утратой Империей Сирии и Палестины вскоре последовали бесславные поражения в Египте. Несмотря на реальные надежды на церковный мир, правление Кира в качестве патриарха и префекта и объединение 633 г. оказались катастрофой для египетского монофизитства. Даже коптские источники признают, что большая часть населения признала халкидонскую веру (в моноэнергистекой интерпретации). Согласно Севиру Асмунейнскому, «это были годы, когда Египтом управляли Ираклий и Аль–Мугаугас (то есть Кавказец). Жестокостью, преследованиями, давлением и наказаниями, которым Ираклий подвергал православных (то есть монофизитов. —
В 639г. арабы под предводительством Амр ибн ас–Аса, пока халиф Омар был в Сирии, вторглись в Египет. В 640г. они заняли Пелузий, к востоку от Дельты, а в сентябре того же года, разбив византийцев в Гелиополе, начали осаду крепости Вавилон в современном старом Каире. Армия завоевателей была малочисленна—вначале 4000 человек, затем она получила подкрепление в 12 000, — но это породило хаос в плохо управляемой и слабо защищенной стране. Амр заключал местные договоры с землевладельцами и управителями, взимая дань, и использовал сотрудничество с местным населением. Сам патриарх Кир, может быть, следуя примеру святого Софрония Иерусалимского, решил договариваться с Амром. Он, сохраняя лояльность, поделился своими планами с Ираклием. В ответ император отозвал его в Константинополь, предал публичному суду и сослал за измену.
Но 11 февраля 641г. Ираклий умер, процарствовав тридцать лет. Героический победитель Персидской империи стал нервным и больным человеком, глубоко потрясенным внезапностью арабского завоевания, но не смирившимся с мыслью о расчленении Империи. За его смертью последовала династическая борьба периода регентства его второй жены Мартины. Борьба эта кончилась низложением Мартины, ссылкой ее сына Ираклона и коронацией Константа II, одиннадцатилетнего внука Ираклия от первой его жены Евдоксии[716]. Регентство осуществлялось патриархом Павлом, которого поддерживала группа в большинстве своем армянских военачальников, преданных монофелитству.
Тем временем положение в Египте ухудшалось. 8 апреля 641 г., вдень Пасхи, в руки арабов попала крепость Вавилон, а за ней Никиу и другие крупные города дельты.
Новое имперское правительство официально восстановило Кира и как патриарха, и как префекта. Торжественно въехав в Александрию 14 сентября 641г., он немедленно начал переговоры с Амром. Некоторые считали, что не следует сдаваться, и опять обвиняли его в измене, поскольку Александрия была еще хорошо защищена. Как бы то ни было, сам Кир не увидел конца византийской власти в Египте: он умер от дизентерии 21 марта 642г. Его преемником стал халкидонитский патриарх Петр (14 июля 642г. ), но 27 сентября того же года Амр вошел в Александрию и написал халифу Омару: «Я взял город, о котором могу только сказать, что в нем 4000 дворцов, 4000 бань, 400 театров, 12 000 продавцов зелени и 40 000 платящих дань евреев»[717]. Примитивные обитатели Аравийской пустыни оказались на вершине древней цивилизации христианского Рима.