Для современников спор между двумя патриархами постепенно приобрел культурный подтекст борьбы между «сирийцами» и «египтянами». Результатом был раскол между монофизитской Антиохией и монофизитской Александрией, который завершился только в 616г., когда преемник Петра, Афанасий Погонщик верблюдов, известный своим аскетизмом и праведностью (595—631), приехал в Египет в последний год патриаршества преемника Дамиана, ученого патриарха Анастасия (604–616). Есть основания полагать, что примирению помог Никита, двоюродный брат и близкий друг императора Ираклия, бывший в это время в Египте для организации объединенного христианского фронта против надвигавшегося персидского завоевания. Между представителями двух партий произошли богословские переговоры, однако в отсутствие обоих патриархов. После оживленных споров было выработано знаменательное решение: признавая различия и взаимные отлучения двух «блаженных архиепископов», Петра и Дамиана, в прошлом, теперь, когда оба архиепископа «отошли к Богу», обе партии заявляют, что вера у них одна. Оба патриарха вместе издали «Синодикон», заявлявший об их согласии в вере, и вошли в евхаристическое общение друг с другом, отрекаясь от «тритеизма» и от «тетрадизма», тех двух ересей, в которых Дамиан и Петр обвиняли друг друга[556]. Оказалось, однако, что группа дамианитов отвергла соглашение и даже выбрала антипапу Иоанна своим руководителем[557].
В течение всех этих событий монофизитским патриархам Александрийским закон запрещал проживать в этом городе и служить в главных и древних базиликах: Кесарее, мартирии св. Марка и других. Но после раскола они построили себе новые церкви—Ангелий и храм святых Космы и Дамиана—и могли проживать в монастыре Эннатон на берегу к западу от Александрии. Из патриархов–халкидонитов этого периода некоторые стяжали большой личный авторитет и сумели предотвратить непосредственные столкновения между халкидонитами и нехалкидонитами. Среди них наиболее выдающимися и влиятельными были в конце VI и начале VII в. святой Евлогий (581–608) и святой Иоанн V Милостивый (612–617).
При умелом правлении Маврикия святой Евлогий действовал фактически как высшая власть в Египте, где нужно успешно сопротивляясь местным имперским чиновникам и даже беря на себя руководство гражданским управлением[558]. Он написал несколько богословских трактатов: шесть книг против севириан, три книги в защиту «Томоса» Льва, трактат о борьбе между феодосианами и гаианитами и другие произведения, касающиеся христологических и тринитарных вопросов его времени. Содержащаяся в этих трактатах полемика строго следует кирилло–халкидонской линии и стоит на примирительной к монофизитам позиции, характерной для имперской политики этого периода. Евлогий не оставил после себя репутации гонителя. Наоборот, когда после своего избрания он разослал другим патриархам свои послания об общении, папа Григорий I, получив такое послание в Риме, ответил на него критикой: Евлогий не сослался определенно на Халкидонский собор, не осудил ни одного монофизита по имени и не определил христологию «двух природ» со всей необходимой четкостью[559]. Очевидно, что Евлогий писал в духе «Программы» Юстина II, избегая вопросов словоупотребления, не касаясь личностей и ограничиваясь лишь православной сущностью христологии. Дальнейшие сочинения Евлогия, по–видимому, развеяли опасения Григория: патриархи обменивались регулярными и дружескими письмами (сохранилось несколько писем святого Григория святому Евлогию). Григорий даже жаловался своему александрийскому коллеге на то, что Иоанн Постник Константинопольский получил титул «вселенского патриарха»[560]. Реакция Евлогия на эту жалобу будет рассмотрена дальше.
Хаотическое и кровавое царствование императора Фоки нарушило тот относительный мир, который господствовал в Египте при Маврикии. После смерти Евлогия (608 или 609) патриархом халкидонитов стал бывший член имперской гвардии, или «скрибон» , Феодор; ему и было поручено силой преследовать монофизитов и других раскольников. Этой политики Фока придерживался по всей Империи. Последовало восстание, которым руководил Никита, двоюродный брат Ираклия. Феодор был убит в 609г. вместе с другими верными Фоке чиновниками, когда Никита вступил в Александрию (609).
Халкидонская патриаршая кафедра оставалась вдовствующей в течение нескольких лет. Причиной этого был, вероятно, всеобщий хаос—результат персидской войны, спровоцированной Фокой, а также того, что Ираклию, вступившему на престол в 610г., нужно было закрепить свою власть. Новый патриарх был самым подходящим для восстановления доверия к новому режиму: Иоанн, известный как Милостивый или «подающий милостыню» , занимал кафедру с 611 г. и до захвата Александрии персами в 617г.