После неудачных и кровавых попыток Маркиана навязать халкидонскую веру силой, императоры Зинон и Анастасий договорились с монофизитскими александрийскими патриархами и пытались восстановить религиозное единство посредством компромисса («Энотикон»), заключенного между главными патриархатами. Успеху этой политики помешала твердость Рима, верного Халкидону. Юстиниан и Феодора постепенно развивали более гибкую тактику, которую часто критиковали как нечестную. На самом деле, однако, они пытались разрешить христологический вопрос в самой его сути, сохраняя при этом терпимость как к личностям, так и к народным чувствам. Частичный характер их успеха был результатом разделений в антихалкидонском большинстве египтян. После смерти патриарха Тимофея III (533) императрица Феодора добилась поставления Феодосия, друга Севира, тем самым принадлежавшего к основному течению монофизитского движения, с которым Юстиниан и искал соглашения. Однако «юлианское» восстание, провозгласившее афтартодокетизм, свергло Феодосия и поставило другого патриарха, Гайана. Эти события почти совпали с новой жесткой линией Юстиниана против монофизитов. Гаиан был арестован во время уличных столкновений и резни и сослан в Карфаген. Феодосии был привезен в Константинополь, его убеждали признать Халкидонский собор и после его отказа сослали в Дерк, во Фракию.
Это резкое разделение монофизитского духовенства Александрии на феодосиан и гаианитов, а также возникшие позже споры о тритеизме способствовали усилению контроля халкидонитов в патриархате. С 537 по 641г., то есть более ста лет, вплоть до завоевания Египта арабами–мусульманами, в Александрии почти беспрерывно был «мелкитский», то есть халкидонский патриарх. Это были люди, лично назначавшиеся Юстинианом, в том числе и энергичный Павел Тавеннисиот (537—539), бывший игумен великого монастыря святого Пахомия в Канопе, и более пассивный Зоил (539–551), и Аполлинарий (551—570). Однако большую часть этого периода Феодосии, монофизитский патриарх, прожил в почетной ссылке под покровительством двора в Константинополе, действуя как духовный глава всего монофизитского «подполья» в Империи. Его деятельность по восстановлению монофизитской иерархии уже описана выше. Но в Египте реальное его влияние было ограниченным. К концу царствования Юстиниана (565) там оставалось всего четыре монофизитских епископа, и все они находились в отдаленных частях страны. Таким образом, политика Юстиниана, по–видимому, принесла некоторые плоды. Все еще крепко державшееся в деревнях монофизитство потеряло в Египте контроль над церковным управлением.
Изгнанный Феодосии был упорен в своем неприятии Халкидонского собора, но оставался до конца верным Империи, разделяя с императором некоторые надежды на примирение. Знаменательно, что в этот период по крайней мере некоторые из коптских монахов–пустынников по всей видимости соглашались на церковный мир. Халкидониты были сильны в монастырях святого Пахомия, и, кроме того, им принадлежали главные храмы Александрии[552].
После смерти Феодосия (566) монофизитская партия была не в состоянии избрать нового патриарха в течение девяти лет. В 575г. вдовство кафедры окончилось, но тайным и спорным образом. Один патриарх, Феодор, был тайно хиротонисан в пустыне ссыльным антиохийским патриархом Павлом Черным в сослужении с Лонгином, епископом Нобадским из Нубии[553]. Однако избрание Феодора оспаривалось большинством египетских монофизитов, которые в том же году избрали патриархом Петра. Обе группировки обменивались анафемами и богословскими обвинениями, разъединявшими их сторонников как в Египте, так и в Сирии. Павел вернулся в Константинополь, Лонгин же продолжал успешную миссию в черной Африке: ему удалось обратить племя алауах в верховьях Нила[554]. Другая партия, более «антиимперская», после смерти Петра (574) возглавлялась Дамианом (578—604), ученым, но тоже небесспорным лидером монофизитства. Провоцируемый тритеистами, а затем Стефаном Софистом, который критиковал сами основы севирианского монофизитства (отождествление