Чтобы добиться признания Пятого собора, Юстиниан прибег к суровым мерам, притом именно в тех провинциях, которые были только что завоеваны его армией. Мы видели, что в Африке законный епископ Карфагенский Репарат был смещен, но его преемник Примоз, назначенный правительством, многими отвергался. Несколько африканских клириков (Виктор Туннунский, автор «Хроники», Феодор Кабарсуссийский, Примазий, игумен Хадрумета, и другие) были сосланы в отдаленные области Востока. Факунд Гермианский скрылся, но был найден и осужден в Константинополе вместе с другими епископами в 564г. В Иллирике были сосланы два епископа, другим же удалось найти убежище в Северной Италии, где оппозицию возглавлял Аквилейский митрополит Павлин. Его поддерживали епископы Лигурии, Эмилии, Венеции, Истрии и Далмации. Завоевание этой области Империей было непродолжительным, и уже в 568г. ломбарды одержали победу, а потому аквилейский раскол не мог быть подавлен силой и продолжался до VIIвека.
В самом Риме был поставлен новый папа, диакон Пелагий, бывший с Вигилием в Константинополе и очень советовавший ему сопротивляться воле императора. В 553г. он был арестован, но к 555г. уже согласился с осуждением «Трех Глав». Он, конечно, стал крайне непопулярен на Западе, и нашлось только два епископа для совершения его папской хиротонии 16 апреля 556г. — под защитой византийского полководца Нарсеса. Он ничего не мог сделать, чтобы предотвратить разрыв общения с Римом северных итальянцев, возглавляемых Павлином Аквилейским.
Интерпретация непосредственного вмешательства императора Юстиниана в богословские споры его времени как действия циничного политика, заинтересованного лишь в административном порядке и эффективном управлении, была бы анахронизмом. Он—и его жена Феодора—рассматривали христологические вопросы как существенно важные для истинного духовного благополучия общества и вечного спасения людей. Те принудительные меры, которые он так часто считал необходимыми по отношению к противникам его политики, были выражением его понимания своей ответственности христианского императора, то есть награждением добродетелей и исправлением заблуждений его подданных. Он не считал себя лично непогрешимым—и потому часто менял свою тактику, — но он также не считал никого другого свободным от заблуждений. Он, несомненно, признавал традиционное христианское представление, согласно которому собор епископов является высшим и наиболее надежным свидетельством Истины, хотя иногда и допускал, что заранее знает, каким будет это свидетельство, и пытался в целях экономии времени и энергии прийти к этому скорее, издавая свои собственные указы о вере. Знаменательно, что ни один из этих указов не был сам по себе принят как авторитетный; все они в конце концов обсуждались собраниями епископов.
Вероятно, лучшей характеристикой вмешательства Юстиниана в богословские вопросы была его внезапная попытка, в самом конце его жизни, навязать Церкви учение
Старый император был готов издать указ*{{Обстоятельства, связанные с проектом «афтартодокетического» эдикта, крайне туманны, что дает современным исследователям основание отрицать сам факт планирования такого эдикта. См.: