Опасаясь императорского гнева, он оставил дворец Плацидии и вполне символически нашел прибежище—вместе с Датием Миланским—в церкви святого Петра во дворце Гормизда. Стража попыталась выдворить его оттуда силой. Папа, человек крупный и сильный, крепко держался за престол, который упал на него. Толпа возмущенных верующих поднялась на его защиту, и стражники удалились. Пришлось прибегнуть к миссии великого юстинианова военачальника и освободителя Италии Велисария, чтобы он убедил папу вернуться во дворец Плацидии и уверил его в собственной безопасности.
После этой моральной победы папа вскоре был изолирован и по существу попал под домашний арест. В Италии была запущена кампания, порочащая его репутацию. 23 декабря 551г. он снова сбежал, на этот раз найдя прибежище—тоже символически—на другой стороне Босфора, в халкидонской церкви святой Евфимии, где проходил в свое время Великий собор. Новая миссия Велисария и несколько других попыток убедить его вернуться не имели успеха. Кроме того, он опубликовал энциклику ко всем христианам, в которой жаловался на учиненное над ним насилие и утверждал свою верность всем четырем Вселенским соборам. В городе у него были друзья, так что имперская стража не смогла помешать распространению этой энциклики и даже ее рассылке в места большого общественного значения[482]. Юстиниану пришлось идти на попятную, и хотя сам он не взял свой указ назад, но Мине и Феодору Аскиде было поручено принести папе извинения и подтвердить их единство с ним в вере. Папа почел это достаточным и вернулся в город. Он также одобрил исповедание веры нового константинопольского патриарха Евтихия, с которым вступил в общение (в январе 553г.).
Казалось, что подготовка собора развивалась по плану. Но не было согласия относительно предполагаемого его состава. Вигилий, естественно обеспокоенный западной оппозицией, просил, чтобы в Сицилии и Италии были созваны предварительные соборы, поскольку, похоже, мало кто из западных епископов собирался приехать на собор. Но теперь Юстиниан спешил, и 5 мая 553г. в
Это было во второй раз в истории Церкви (первым был собор 381г.), когда собор, считающий себя Вселенским, проходил не только без римского легата, но и вопреки желанию папы.
При таких обстоятельствах результат собора был заранее предрешен. Было всего восемь заседаний (с 5 мая по 2 июня). На первом заседании под председательством Евтихия Константинопольского соборные отцы выслушали послание Юстиниана, несколько извиняющееся по тону, объясняющее, что предыдущие его действия (указы, исповедание веры и др.) были своего рода консультациями с епископатом, подобно тем, что предпринял император Лев I; он, мол, советовался с патриархами, включая и папу, и все были согласны с осуждением «Трех Глав», и теперь остается только формально подтвердить это решение собором.
Было решено сделать новую попытку добиться присутствия Вигилия. Три патриарха пошли его приглашать, но безуспешно. Вторичное посещение его теми же патриархами, но в сопровождении высоких имперских чиновников, было также напрасным. Пока собор продолжал свою работу (состоявшую в основном из речей, призывающих к обвинению «Трех Глав»), папа Вигилий представил императору свое мнение по этому вопросу, или