В записке Тимашук сообщалось о неправильном диагнозе Жданова, поставленном Виноградовым, Егоровым и их коллегами по «Кремлевке». Вместо правильного «инфаркт», на чем с самого начала последней болезни настаивала заведующая кабинетом электрокардиографии Тимашук, медицинские светила предпочли «сердечную астму». Чтобы покрыть ошибку, при вскрытии свежие рубцы на сердце Жданова, свидетельствовавшие о недавнем инфаркте, кремлевские врачи характеризовали как «фокусы некроза», «очаги миомаляции» и др. Уже после смерти Сталина, когда Берия, чтобы иметь доказательства фальсификации «дела врачей», потребовал от подследственных честно рассказать о том, в чем именно они вынуждены были оговорить себя под давлением прежних следователей, Виноградов признался в записке на имя Берии от 27 марта 1953 года: «Все же необходимо признать, что у А.А. Жданова имелся инфаркт, и отрицание его мною, профессором Василенко, Егоровым, докторами Майоровым и Карпай было с нашей стороны ошибкой. При этом злого умысла в постановке диагноза и методе лечения не было». Кстати сказать, это было совсем не то, что в тот момент нужно было Берии, и в сообщении МВД о прекращении «дела врачей» об ошибке в диагнозе болезни Жданова вообще ничего не говорилось. Сталин, возможно, подозревал кремлевских врачей в халатности, что было справедливо, но заодно хотел извлечь и политические дивиденды, расчистив политическое поле для преемника путем устранения «старой гвардии». Для такой цели гораздо лучше подходила версия заговора.
В 1948 году записке Тимашук не был дан ход, в частности, из-за близкой дружбы Власика с профессором П.И. Егоровым. Теперь же на кремлевских врачей обрушились репрессии.
Как пытали фигурантов дела о «еврейском заговоре», 13 января 1954 года рассказал следователям и бывший начальник Лефортовской тюрьмы подполковник Дуринов: «…В кабинете № 65 Лефортовской тюрьмы к некоторым арестованным применялись меры физического воздействия. Причем применением таких мер к арестованному генерал-лейтенанту госбезопасности Белкину руководил лично Рюмин. Сам Рюмин ударов не наносил, но говорил Миронову, Белову, Кунишникову и мне, что бить надо посильнее…»
С резиновыми дубинками следствие пошло веселее. «Врачи-вредители» признались, что злодейски залечили до смерти Щербакова и Жданова, а чекисты согласились с тем, что собирались свершить государственный переворот в интересах международной шпионской организации «Джойнт». Такой сценарий вполне удовлетворил Сталина, лично следившего за ходом расследования. Он вполне соответствовал антисемитским настроениям вождя. Согласно дневниковой записи заместителя председателя Совета Министров СССР В.А. Малышева, Сталин говорил 1 декабря 1952 г., что «любой еврей-националист — это агент американской разведки. Евреи-националисты считают, что их нацию спасли США (там можно стать богачом, буржуа и т. д.). Они считают себя обязанными американцам».
Абакумову 3 ноября 1952 года предъявили обвинение в том, что он «вынашивал изменнические замыслы и, стремясь к высшей власти в стране, сколотил в МГБ СССР преступную группу из еврейских националистов, с помощью которых обманывал и игнорировал ЦК КПСС, собирал материалы, порочащие отдельных руководителей Советского правительства, а также отгораживал чекистский аппарат от руководящих партийных органов; опираясь на своих сообщников, проводил вредительскую подрывную работу в области контрразведывательной деятельности…»
В ноябре 1952 года Игнатьев докладывал Сталину о ходе расследования по «делу врачей». Были изучены истории болезней пациентов Кремлевской больницы. Следователи оценили работу крупнейших медицинских специалистов страны как совершенно неудовлетворительную: «При изучении материалов на медицинских работников Лечсанупра вскрылась большая засоренность кадров этого ответственного лечебного учреждения лицами, не внушающими политического доверия по своим связям с антисоветскими элементами прошлой враждебной деятельности». В результате такого медико-политического чекистского исследования был сделан вывод, что там «не создавались необходимые условия для надежного лечения больных, не было обеспечено добросовестное лечение и необходимый уход… за… руководителями зарубежных компартий и стран народной демократии, в том числе за товарищами Токуда, Торезом и Димитровым».