Абакумову пытались инкриминировать смерть главы московских коммунистов А.С. Щербакова, скончавшегося 10 мая 1945 года от сердечного приступа, который стал следствием очередного запоя. Во время допросов Этингера, проходивших с участием самого Абакумова, министр требовал от подследственного признаться, «как он залечил Щербакова». Этингер же доказывал, что лечащим врачом Щербакова был Виноградов, а он, Этингер, выступал только в роли консультанта. По словам Абакумова, «называя Виноградова, он ничего отрицательного о нем не показал». Абакумов отвел все обвинения в том, что по его приказу арестованного перевели в холодную камеру, что стало якобы причиной его смерти. Содержание заключенного определял сам следователь, которым был Рюмин, «и умер Этингер, прийдя с допроса от тов. Рюмина».
«Все это было полной чушью, — вспоминал заместитель Абакумова Питовранов. — Я тоже писал объяснения для комиссии по проверке работы МГБ, которую возглавляли Берия и Маленков. Привязать Абакумова к смерти Щербакова было невозможно — тот умер в 1945 году, когда Виктор Семенович возглавлял «СМЕРШ» и не имел к правительственной охране никакого отношения. Я думаю, что Сталин это понимал».
Однако против министра вскоре выдвинули и другие, куда более серьезные обвинения. «Жалобщики писали, что МГБ скрывает правду от ЦК, — рассказывал Питовранов. — А это было правдой. По моим наблюдениям, у министра в какой-то момент вдруг появилась дурацкая вера в то, что если он о чем-то не доложит наверх, то там об этом ничего не узнают. Один сотрудник министерства перебежал к американцам, а он решил представить его погибшим. Протоколы допросов арестованных правил, решал, нужно или не нужно передавать в ЦК написанные в наших тюрьмах жалобы подследственных. Да и дальновидностью Виктор Семенович не отличался. Подумайте, компромат на Берию и Маленкова он держал в стопке белья в платяном шкафу!»
Абакумова решили напрямую связать с «делом врачей». Благо имеющиеся у следствия материалы легко позволяли это сделать. А «врачам-вредителям» инкриминировали уже смерть как Щербакова, так и Жданова.
«Дело врачей»
Абакумова собирались сделать главой «сионистского заговора». Но он ни в чем не сознавался. Между тем еще 23 июля 1951 года заместитель министра госбезопасности С. Огольцов подал в Политбюро записку «о законспирированной группе врачей-вредителей». 22 февраля 1952 года дело было передано из прокуратуры МГБ, а курировать следствие стал все тот же Рюмин. Теперь подследственных (а кроме Абакумова были арестованы начальник Следственной части Леонов, следователи Комаров, Шварцман, Лихачев, работники секретариата МГБ Броверман и Чернов) перевели в Лефортово, где их уже начали допрашивать с применением всех мер физического воздействия — вплоть до кандалов и резиновых дубинок. Арестовали также бывших заместителей Абакумова Питовранова и Селивановского и ряд ответственных сотрудников центрального аппарата МГБ — Шубнякова, Райхмана, Белкина, Эйтингона и др., а также кремлевских врачей — Виноградова, Вовси, Егорова, Майорова и др. Было использовано письмо врача-рентгенолога Лидии Федосеевны Тимашук, которая сразу после смерти Жданова доказывала, что Виноградов и другие кремлевские врачи неправильно поставили диагноз Андрею Андреевичу, у которого в действительности был инфаркт. Абакумову ставили в вину, что он не отреагировал на донос врача Лидии Тимашук, в августе 1948 года сообщавшей, что кремлевские доктора неправильно лечат товарища Жданова. Правда, письмо было адресовано начальнику Главного управления охраны МГБ генерал-лейтенанту Николаю Сидоровичу Власику. Но тот, арестованный 16 декабря 1952 года за злоупотребление служебным положением и попустительство «врачам-вредителям», сразу же признал, что переслал письмо Тимашук Абакумову. Однако Виктор Семенович так и не признался, что пытался извести Сталина и потому «замазал» сигнал патриотки.