Сталину пришлось принимать срочные меры, чтобы компенсировать ущерб от деятельности Жданова и его команды. Уже в июле 1946 года Маленков был возвращен в Москву из ссылки на периферию и фактически стал выполнять функции второго секретаря ЦК, по крайней мере, по части организационной работы. После смерти Жданова Георгий Максимилианович уже и формально стал вторым секретарем ЦК ВКП(б), т. е. как бы формальным будущим преемником Сталина. Именно в этом качестве его и воспринимали в обществе. Но Иосиф Виссарионович слишком хорошо знал Георгия Максимилиановича, чтобы понять: на роль вождя он не годится. Это Маленков в дальнейшем блестяще подтвердил, практически без серьезного сопротивления уступив власть Хрущеву.
Члены ждановской команды — председатель Госплана Н.А. Вознесенский, секретарь ЦК КПСС А.А. Кузнецов, глава правительства РСФСР М.И. Родионов, глава Ленинградской парторганизации П.С. Попков и другие особым доверием Сталина не пользовались, кандидатами в преемники, разумеется, никогда не были, зато доставляли немало хлопот своими завиральными идеями насчет укрепления российского суверенитета в рамках СССР, создания российского гимна и герба и даже объявления Ленинграда столицей РСФСР. С точки зрения Сталина, это была чрезвычайно опасная центробежная тенденция. И тут он был прав. В 1991 году решающим для полного и окончательного распада СССР стало движение за российский суверенитет. Разумеется, столь опасных мечтателей нельзя было оставлять в живых в послесталинском Советском Союзе, который они рано или поздно могли развалить, даже помимо собственной воли. Иосиф Виссарионович такого допустить не мог, вне зависимости от того, на ком он остановил выбор в качестве преемника. После смерти прикрывавшего их Жданова Вознесенского и его друзей изгнали с партийного олимпа в результате так называемого «ленинградского дела». Всего по «ленинградскому делу» были подвергнуты разного рода репрессиям до 2 тыс. человек, в том числе несколько сот были расстреляны. Масштабы репрессий были уже не те, что в 1937–1938 годах. По всем политическим делам послевоенных лет были казнены лишь немногие тысячи, а не сотни тысяч человек. Сталин считал, что страха он навел уже достаточно и можно позволить себе быть гораздо более либеральным, не слишком разбрасываясь кадрами. Террор стал избирательным, точечным.
Основным поводом для преследования так называемой «ленинградской антипартийной группы» стало обвинение А.А. Кузнецова, председателя Совмина РСФСР М.И. Родионова и первого секретаря Ленинградского обкома и горкома П.С. Попкова в проведении в Ленинграде Всероссийской оптовой ярмарки. Она была организована по инициативе Родионова, Кузнецова и Вознесенского без санкции центральных партийных органов. Бюро Совмина разрешило проведение лишь межобластных оптовых ярмарок, а Родионов и ленинградские руководители сделали ярмарку Всероссийской и лишь после начала ее работы известили об этом Маленкова. В ответ на информацию, поступившую от председателя Совмина РСФСР М.И.Родионова, прежде работавшего в Ленинграде, о проведении Всероссийской оптовой ярмарки, Маленков поставил на Политбюро ЦК ВКП(б) вопрос «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) т. Кузнецова А.А. и кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М.И. и Попкова П.С.» В феврале 1949 года поступил еще один сигнал в ЦК партии. В анонимном письме говорилось о фальсификациях при выборах Ленинградского обкома партии. На ленинградской партконференции руководители обкома П.С. Попков, Г.Ф. Бадаев, Я.Ф. Капустин и П.Г. Лазутин получили по несколько голосов «против», но было объявлено, что они прошли единогласно. 15 февраля 1949 года Политбюро приняло постановление об антипартийных действиях ленинградской парторганизации. Срочно прибывший в Ленинград Маленков снял всю местную партийную верхушку. На объединенном заседании бюро ленинградских горкома и обкома партии Георгий Максимилианович обвинил Попкова и его товарищей в антипартийной групповщине и противопоставлении Ленинградской парторганизации Центральному Комитету, а также в попытке создать Компартию России и тем самым расколоть ВКП(б). Одновременно попали в опалу и покровители ленинградского руководства. В январе 1949 года Кузнецов, а в марте Родионов и Вознесенский лишились своих постов.
В постановлении Политбюро ЦК ВКП(б) от 15 февраля 1949 года говорилось о тесных связях руководства Ленинграда с работавшими в этом городе прежде Н.А. Вознесенским и А.А. Кузнецовым. Упоминалась и просьба Попкова о том, чтобы Вознесенский и Кузнецов «шефствовали» над городом, причем эта просьба сравнивалась с временами, когда «Зиновьев… пытался превратить Ленинградскую партийную организацию в опору своей антиленинской фракции».