Капица подверг деятельность Спецкомитета резкой критике: «В организации работы по атомной бомбе, мне кажется, есть много ненормального. Во всяком случае, то, что делается сейчас, не есть кратчайший и наиболее дешевый путь к ее созданию… Но если стремиться к быстрому успеху, то всегда путь к победе будет связан с риском и с концентрацией удара главных сил по весьма ограниченному и хорошо выбранному направлению. По этому вопросу у меня нет согласия с товарищами… Единственный путь тут — единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет».
Сталин тотчас ознакомил с письмом Капицы от 26 ноября Берию. И Лаврентий Павлович тотчас позвонил строптивому академику, очевидно, получив от Сталина указание постараться наладить с ним отношения. Вот как передает со слов Капицы содержание этого разговора его друг — выдающийся режиссер Юрий Петрович Любимов: «Когда Петр Леонидович сказал Берии по телефону: «Если вам надо поговорить со мной, то вы и приезжайте…» — он знал, что рискует, сильно рискует, но зато он не будет связан с бандитом».
Любимов так прокомментировал этот поступок академика: «Я уже тогда, когда он рассказал мне о своем разговоре с Берией, понял, что то была вовсе не отчаянная, безумная храбрость, которая ничего не дает — кроме ареста. Он все рассчитал, включая и письма свои к Сталину, в которых он писал, что Берия — дирижер, не умеющий читать партитуру. Все рассчитал и пришел к выводу, что он это должен сделать. Зато ему потом будет гораздо спокойнее. Не будет грызть совесть. И ему не придется работать с Берией. Вместе с ним создавать советскую атомную бомбу…»
Такой наглости, разумеется, ни Лаврентий Павлович, ни Иосиф Виссарионович стерпеть, естественно, не смогли. Уже 21 декабря 1945 года Капицу вывели из состава Технического Совета и Спецкомитета.
Судя по всему, Петр Леонидович специально спровоцировал конфликт с Берией и другими членами Спецкомитета, чтобы создать благовидный предлог и отказаться от работы над ядерным оружием. Очевидно, академик считал безнравственным работать над бомбой, которая могла поставить под угрозу существование всего человечества. Можно предположить также, что Капица не хотел давать такое сверхоружие в руки коммунистического режима и конкретно Сталина, в связи с чем риск его применения многократно возрастал, по крайней мере, до тех пор, пока ядерных и термоядерных боеприпасов с обеих сторон было накоплено столько, что их применение стало бессмысленным: в термоядерной войне погиб бы весь земной шар. Применение же первых маломощных атомных бомб, вроде тех, что американцы сбросили на Хиросиму и Нагасаки, было вполне возможно, и Капица, вероятно, не был убежден, что Сталин не соблазнится испытать новое оружие не только на полигоне. Насчет Советской власти, в свое время обманом затащившей его на родину, а потом не выпустившей обратно в Англию к другу Резерфорду, сделав его невыездным, Петр Леонидович никаких иллюзий не питал, и делать для «них» чудо-бомбу не собирался. И прямо говорил своему другу Ю.П. Любимову, когда власти начали травлю академика А.Д. Сахарова: «Что же делать, Юрий Петрович? Они даже не понимают, какого уровня этот ученый. И второе: они совершенно не понимают, что у него комплекс вины. Я ведь не стал делать бомбу для них, а Андрей Дмитриевич — стал…»
Но Капица прекрасно понимал, что прямо заявить о своем отказе работать над созданием атомной бомбы — значит подписать себе смертный приговор. Тут арестом и «шарашкой» не отделаешься. Да и арестовывать всемирно известного академика, чтобы потом тихо расстрелять без суда, по приговору Особого совещания, вряд ли бы стали. Все-таки само исчезновение Петра Леонидовича наделало бы шуму на весь мир и неизбежно вызвало бы к жизни слухи о его аресте и убийстве. Более вероятно, что Капице устроили бы «естественную» смерть от инфаркта с помощью ядов, разрабатываемых в тайной лаборатории НКВД профессора Г.М. Майрановского, подчинявшейся непосредственно Берии и выполнявшей заказы Политбюро. И пышный некролог в газетах опубликовали бы. Но Петр Леонидович некролога в 51 год не хотел, а хотел жить долго. Вот и сделал хитрый ход, возведя напраслину на Лаврентия Павловича и постаравшись убедить Сталина, что с Берией ему никак невозможно работать.