Талант Нельсона-стратега заключался в том, что многие его решения опережали стремления правящих кругов Британии, что полностью относилась и к Мальте, тем более, что в своих русских союзниках Нельсон больше видел опасных конкурентов. В письме к капитану Беллу сам Нельсон свое отношение к проблеме государственной принадлежности Мальты отразил следующим образом: «Король неаполитанский есть законный государь острова Мальты, и я согласен с тем, что его флаг должен развеваться во всех пунктах острова. Но так как я не сомневаюсь, что неаполитанский гарнизон сдаст остров любому, кто пожелает заплатить, то необходимо, чтобы Мальта находилась под покровительством Великобритании на всем протяжении войны. Поэтому король неаполитанский желает, чтобы во всех пунктах, где развевается неаполитанский флаг, рядом с ним был бы поднят английский флаг. Я уверен, что неаполитанское правительство без каких-либо возражений уступит владение Мальтой Англии. На днях я вместе с сэром Уильямом Гамильтоном добился у короля тайного обещания не уступать Мальту никому без согласия британского правительства. Вы не должны допустить, чтобы на острове развевался какой-либо флаг, кроме английского и неаполитанского. В случае, если какая-либо группа мальтийцев захочет поднять русский флаг, то впредь ни король, ни я, не позволим мальтийцам ввозить из Сицилии хлеб для собственных нужд» (Трухановский. С. 188). Другие источники также подтверждают эту позицию, поскольку, по мнению адмирала, это «даст большое влияние на Левант и на всю южную часть Италии. Из этих соображений, я надеюсь, мы ее никогда не отдадим» (Махов, Созаев. С. 246). Такая точка зрения окончательно возобладала с постройкой Суэцкого канала, но было очевидно, что адмирал опережал планы собственного правительства, что и делала его стратегом мирового уровня. Правда, Мальту еще предстояло вырвать из рук французов, а события на ней развивались, как показала история, весьма своеобразно.
А ведь беспокойство Нельсона по поводу судьбы архипелага имело самые определенные основания, потому что для британских верхов судьба острова еще не определилась, в то время как военная помощь России еще могла понадобиться. Действительно, статс-секретарь по иностранным делам королевства В. Гренвилл заявил российскому послу в Лондоне о том, что «если Павел пожелает получить Мальту, то Англия с искренним удовольствием на это согласится». О том же Гранвилл предупреждал в самом начале 1799 года британского посла в Петербурге Ч. Уитворта: «Король отрекается за себя от всякой мысли или желания удержать за собой Мальту, как британское владение» (Махов, Созаев. С. 245). Совсем не случайно Уитворт информировал Безбородко, ведавшего российскими иностранными делами, о согласии на занятие Мальты вооруженными силами Англии, России и Неаполя. Не стоит удивляться, что такой оборот событий совсем не устраивал Нельсона, возможно, с подачи пресловутой леди Гамильтон. Оговорюсь, что последнее является авторским домыслом. При этом сам адмирал оказался, несомненно, в сложной ситуации. Его чрезмерная активность могла привести к появлению российских сил на Мальте, а с другой стороны, он понимал, что после Корфу не считаться с присутствием Ушакова было невозможно. Тем не менее за адмиралов принимали решение более высокие инстанции, да и ситуация на самой Мальте совсем не находилась у них под контролем, несмотря на складывающиеся благоприятные обстоятельства.
Поведение французов на Мальте быстро вызвало восстание местного населения менее чем спустя три месяца после того, как Бонапарт (именно он определял события, а не командующий его эскадрой адмирал Брюэс) и его воинство скрылись за горизонтом по направлению к Александрии. 4 сентября 1798 года Собрание Мальты отправило гонцов к королю Обеих Сицилий Фердинанду, умоляя о помощи, тем более что слухи об Абукирском побоище уже дошла до Мальты, что подтвердили моряки со спасшихся линейного корабля «Гильом Телль», фрегатов «Жустис» и «Даян» под трехцветным флагом, надеявшиеся отстояться от англичан на Мальте под защитой орудий Вобуа, с его 2700 французов, запертыми в цитадели Валетты совсем не в комфортных условиях.