В едином порыве навстречу флагману дона Хуана «Реалу» устремился флагман Али-паши «Фанал», который ударом «клюва», проломив борт противника, проник в его корпус до четвертой скамьи гребцов. Поэтому обе галеры не могли освободиться друг от друга, создавая тем самым идеальные условия для абордажа. И грянул бой, рукопашный и беспощадный, без пленных с обеих сторон, причем образовалась уже настоящая свалка галер, ощетинившихся своими веслами, которыми часто было уже невозможно пользоваться по назначению. В сложившейся ситуации возможность какого-либо маневра была полностью утрачена, и исход баталии определялся умением и способностью солдат к рукопашной схватке. Хотя довольно быстро определились преимущества христиан, исход схватки флагманов долго оставался неясным, поскольку «Фанал» дважды переходил из рук в руки, прежде чем окончательно определился окончательный успех дона Хуана с помощью команд с других галер, подоспевших на помощь, пробираясь буквально с борта на борт разных судов, зажатых вплотную к друг к другу. Об окончательной победе в центре сражения в лучших традициях своего времени возвестила голова Али-паши, воздетая на пике для наглядности перед всеми участниками баталии, хотя ее обладатель, по некоторым сведениям, погиб от вражеского ядра, которое его разорвало надвое. После чего испанцы усилили натиск и сорвали султанский флаг на «Фанале», водрузив на его место штандарт Священной лиги. Когда турецкий центр был окончательно смят, на помощь дону Хуану подоспели галеры Санта-Круса, что позволило ускорить истребление остатков турецкого флота. Сам дон Хуан в своем отчете королю Филиппу II так описал происходившее: «Прошел час, но оба адмиральских корабля продолжали сражаться. Два раза наши солдаты проникали на турецкий корабль и доходили до главной мачты. Однако всякий раз были вынуждены отступать на свой корабль, так как мусульмане получали большое подкрепление. Наш корабль дважды выдерживал атаку лишь благодаря невероятной храбрости Лопе де Фегуэра. Через полтора часа бог благословил наш корабль, после чего Али-паша и более 500 турок были убиты, его флаги и стандарты были сорваны и вместо них на грот-мачте был поднят наш флаг с крестом» (Нойкирхен. С. 191–192).
Между тем события на обоих флангах сражения развивались далеко не однозначно. При попытке обойти левый (северный) фланг христиан под начальством Барбариго множество галер Магомеда Сирокко оказались на мели, и, воспользовавшись этим, экипажи стали покидать свои корабли, чтобы где вплавь, а где вброд добраться до берега, чтобы избежать дальнейшего участия в сражении, попросту дезертировав, хотя при этом множество народа утонуло. В последующих абордажных схватках Сирокко был убит, что окончательно сломило боевой дух турок. Одна за другой турецкие галеры становились добычей моряков и солдат Священной лиги, хотя их командир Барбариго незадолго до завершения сражения погиб от стрелы, поразившей его в глаз.