Своим построением флоты противников перегородили поперек узость Коринфского залива вблизи его устья, причем галеры капудан-паши Али располагались восточнее нестройной линии христиан, заранее продемонстрировав попытку охвата своими флангами фланги флота дона Хуана, что было обычной практикой тех лет. В свою очередь христиане продемонстрировали ряд тактических новинок, которые во многом обеспечили их успех в ходе сражения: во-первых, они выдвинули вперед в центре своего построения все шесть венецианских галеасов, вооруженных артиллерией, и, во-вторых, также в центре, создали резерв из галер испанца Санта-Круса, тем самым подкрепив и без того сильный центр своего построения. Это в принципе обещало флоту дона Хуана разобщение корабельного построения флота противника на два обособленных прибрежных отряда в случае разгрома его центра. Важно, что усилия обеих сторон были сосредоточены на поражении именно центра противника с последующим охватом флангами. Это был важный шаг в развитии тактики морского боя, который, однако, не мог быть воспринят одновременно всеми флотами.
В противостояние правого фланга магометан, упиравшегося в северный берег залива, во главе с бейлербеем Александрийским Магометом Сирокко выступал венецианец Барбариго, в центре дон Хуан отражал натиск флагмана магометан Али-паши, а на левом (южном фланге магометан) друг против друга столкнулись Улуч-Али и генуэзец Джиованни Дориа.
Военный совет накануне сраженья дон Хуан закончил словами: «Время совета исчерпано. Ни о чем не беспокойтесь, просто сражайтесь». На следующее утро накануне боя он прошел вдоль строя кораблей с распятием в руках, заверяя своих подчиненных в правоте своего дела, а также в грядущем отпущении грехов. Затем он приказал поднять на своей флагманской галере стяг с изображением Спасителя, что послужило сигналом к бою, причем в оценках значимости происходящего на различных участках происходящей баталии в литературе существуют существенные различия. По мнению автора, все же именно центр сыграл определяющую роль в исходе битвы, и поэтому именно ему мы уделяем основное внимание.
Историк позднейшего времени так описал начало битвы: «Пушечный выстрел с обеих сторон, сделанный в одно время, начал битву, которая вскоре сделалась всеобщей. Гром артиллерии, треск ружейной пальбы, крики сражающихся и густой дым, омрачавший день, внезапно посеяли в эту страшную борьбу кровавое смущение» (Архенгольц. С. 280). Действительно, в самом начале боя огонь венецианских галеасов расстроил плотный строй галер Али-паши, утопив по крайней мере два вражеских корабля. Турецкие галеры в своем натиске миновали неуклюжие громады венецианцев, словно обтекая их, используя свою скорость, однако, испытав от огня противника немалые повреждения и в меру убедившись в огневом преимуществе противника, что вызвало определенное смущение даже в рядах испытанных воинов. Правда, на этом участие галеасов в сражении при Лепанто закончилось, и их экипажам предстояло оставаться в роли болельщиков своеобразного кровавого матча, исход которого на протяжении многих часов оставался неясным. Естественно, при этом наибольшую обиду испытывали артиллеристы, поскольку основные события развернулись за пределами дальности боя их орудий, и, таким образом, они не могли продемонстрировать свои преимущества, сверх того, что удалось сделать в самом начале сражения.