Солидный возраст около восьмидесяти лет и весь предшествующий военный опыт подсказывали Драгуту, что для начала правильным было бы овладеть соседним островом Гоцо, который практически превратился в перевалочную базу для поступления с соседней Сицилии продовольствия и боеприпасов (хотя и в незначительном количестве) и был великолепным наблюдательным пунктом за окружающей акваторией. Только затем он собирался нанести удар по укреплениям христиан на полуостровах Биргу и Сенгли в Гранд-Харборе, где были сосредоточены основные силы ордена. Именно это и пытались сделать поначалу оба паши в своем первом неудачном приступе, от которого по первым результатам отказались. Таким образом, Драгуту предстояло расхлебывать кашу, которую заварили другие, причем, как оказалось в ближайшие дни, без какой-либо поддержки Аллаха, полагаясь больше на собственную артиллерию, тем более, что он оценил число защитников форта Святого Эльма в 500 солдат, включая чуть больше полсотни рыцарей, не считая небольшого количества вооруженных местных жителей. С прибытием Драгута были созданы новые артиллерийские позиции на западном входном мысу в залив Мерсамексет, откуда начался уничтожающий артиллерийский огонь на поражение по западному участку форта в районе равелина, напоминавшего очертаниями неправильный треугольник. Поскольку он обрывался стеной к стенам самого форта Святого Эльма, в исторических описаниях фигурирует нередко как контр-эскарп.
Всего против обреченного форта действовали десять 80-фунтовых пушек и две кулеврины, стрелявшие 60-фунтовыми ядрами. Особую опасность для немногочисленного гарнизона представлял василиск, одним выстрелом посылавший 160 фунтов картечи. Одновременно мусульмане стали засыпать вырубленные в скале из мягких коренных пород рвы, мешавшие им подойти к стенам форта, под защитой которых в непростреливаемых участках они сами предполагали накапливать силы для последнего решительного броска.
Осажденные в Сент-Эльме уже по результатам первых атак и обстрела поняли, что продержаться долго им не удастся. Всё складывалось против защитников Сент-Эльма настолько безнадежно, что уже 5 июня шевалье Миранда, имевший репутацию безупречного воина, в замке Святого Ангела высказал мысль, что придется пожертвовать обреченным фортом. Однако уперся де Валетт, решивший продолжать оборону Святого Эльма до последней крайности, обрекая его гарнизон на гибель с целью нанести мусульманам наибольший ущерб, для чего он направил морем в обреченный форт комиссию из одиннадцати своих соратников, которая подтвердила оценки командующего, одновременно разрешив желающим покинуть форт, переправившись в Гранд-Харбор: этим предложением никто не воспользовался.
Свое решение де Валетт мотивировал следующим образом: «Я знаю, что форт не может держаться, но для спасения ордена необходимо, чтобы вы защищали форт до последней минуты, хотя бы вам пришлось погрести себя под его развалинами. От одного дня больше или меньше зависит спасение Мальты, и теперь представился случай, чтобы вы по данному вами обету должны считать жизнь ни во что, если пожертвование ею может быть полезно вере. Я доставлю вам подкрепление и снаряды и сам, будьте в том уверены, явлюсь, чтобы умереть среди вас» (Архенгольц. С. 264). Это было обычное военное решение, когда частным приходится жертвовать ради главного, но на войне, как на войне.
Положение форта Святого Эльма ухудшалось с каждым днем, особенно когда он оказался под продольным обстрелом батарей с мысов Тинье (западный берег бухты Мерсамексет) и Виселец (восточный входной в соседнюю бухту Мирса-Сироко, на современных картах Гранд-Харбор), начиная с 4 июня, охватывающих полуостров Шиберрас с обоих сторон. На следующий день траншеи турок вплотную подошли к стенам форта, окончательно отрезав его от сообщения с Гранд-Харбор, откуда морем еще могла поступать помощь.
Сообщение очередного перебежчика о состоянии гарнизона форта настолько вдохновило Мустафу-пашу, что он 14 июня предложил капитуляцию защитникам Сент-Эльма по примеру Родоса. Защитники форта отогнали парламентера выстрелами, это была еще одна неудача осаждающих.
На следующий день в лагере магометан были проведены мероприятия идеологического характера: на отдыхе муфтии и имамы читали правоверным молитвы, благословляя воинов пророка на боевые подвиги.