Тем не менее осада продолжалась. Под убийственным огнем со стен форта турки вели к ним траншеи-апроши, не ставя ни в грош жизни рабов, которых они использовали в качестве подневольных саперов. С завершением этих работ немногочисленные стрелки-аркебузеры на стенах Сент-Эльма сами оказались под огнем множества мусульманских солдат, которые своей численностью буквально задавили противника. Положение ухудшилось в результате неудачной вылазки осажденных, когда, пользуясь ночной темнотой и возникшей суматохой, турки овладели недостроенным укреплением у западной стены форта, так называемым равелином. Последовав совету дезертира-итальянца, турки надстроили захваченный равелин по высоте, получив тем самым обзор пространства внутри форта, скрытого прежде стенами. Турки сделали это с помощью местного камня и даже мешков с шерстью, так что внутреннее пространство форта оказалось у них теперь как на ладони. Теперь защитники форта не могли поднять головы из-за прикрытия стен, чтобы не попасть под губительный обстрел янычар и пиратов.
Подавив огонь защитников форта, янычары приступили к сооружению штурмового моста из корабельных мачт с равелина на стены самого форта, не считаясь с потерями среди рабов-саперов, которым предстояло умереть или от пуль аркебузеров-христиан, или от рук собственных надсмотрщиков – янычар. Несмотря на огромные потери среди подневольных строителей-саперов, мостик неумолимо приближался к стенам форта Святого Эльма, пока последние бревна не легли на сами стены, соединив, таким образом, равелин с фортом. Теперь этот мост, даже оставаясь недостроенным, превратился в самое жаркое место в обороне форта, куда и обороняющиеся, и атакующие направляли свои усилия, обстреливая друг друга из огнестрельного оружия и луков с самых коротких расстояний, временами схватываясь врукопашную. Защитники форта неоднократно пытались поджечь этот мост, который атакующие обильно поливали водой, а затем стали делать защитную присыпку из грунта.
Разведчики регулярно докладывали обстановку де Валетту, находившемуся в своей резиденции в замке Святого Ангела в Биргу. Великий магистр видел, что турки связали себя, упершись лбом в форт Святого Эльма, который оказался для них твердым орешком, с одной стороны, и явно второстепенным объектом в системе обороны христиан – с другой. Де Валетт рассчитывал, что противник напрасно израсходует боезапас и понесет при захвате Святого Эльма такие потери, что остальная Мальта окажется ему уже не по зубам, что полностью подтвердилось в обозримом будущем. Правда, в создавшейся ситуации могла возникнуть необходимость пожертвовать фортом Святого Эльма вместе с защищавшим его гарнизоном, но на войне, как на войне… По этим причинам де Валетт даже запретил вылазки за пределы замков Святого Ангела и Святого Михаила, чтобы сберечь собственные силы, которые он намеревался использовать в решающий момент, который должен был наступить, несмотря ни на что.
Утром 2 июня рыцари, оборонявшие форт Святого Эльма, были разбужены залпами турецких батарей. В первый момент они решили, что турки ведут огонь по кораблям дона Гарсия Толедского, наконец-то явившегося с долгожданной помощью от берегов Сицилии. Действительность оказалась намного хуже – это был салют эскадре Улуч-Али и самого Драгута из 45 кораблей с 2500 воинов на борту, хотя указанные оценки значительно расходятся по разным источникам. К этому времени форту Святого Эльма были уже нанесены существенные разрушения, наряду со значительными потерями в гарнизоне. Особенно пострадали от артиллерийского огня турок выступы-бастионы. Несмотря ни на что, форт продолжал успешно обороняться, тем более что потери мусульман были значительно выше, чем у обороняющихся. Однако осаждающие регулярно получали пополнение с кораблей, тогда как защитники Святого Эльма такой возможности не имели, сохраняя, однако, ограниченную связь со штаб-квартирой в Биргу, где обосновался и де Валетт. Ознакомившись с ситуацией, Драгут, который фирманом султана становился командующим осадой Мальты, тут же созвал военный совет, на котором выступил с уничтожающей критикой своих предшественников, за то, что они в своих действиях пошли на поводу у де Валетта, в чем был абсолютно прав. (Таким образом, выяснилось, что взгляды командующего осадой острова Драгута и руководителя обороны Мальты де Валетта полностью совпадали – оба они считали, что бои за Сент-Эльм лишь истощают силы осадного корпуса, отвлекая его от главной цели.) Драгут, убедившись, что ему не удалось примирить своих соперничающих помощников, принял решение: продолжать начатое, поскольку отступление в глазах друзей и врагов будет истолковано как неудача. Такой вариант устраивал как Пиали-пашу, так и Мустафу-пашу, поскольку он снимал с них ответственность, тем более со ссылкой на такие высокие инстанции, выше которых на земле не бывает.