Весной 1929 г. Анциферов был арестован ГПУ по делу религиозного кружка «Воскресенье», которому инкриминировалось «воскресение старого режима», и отправлен на три года в Соловецкие лагеря особого назначения. В этом же году скончалась от туберкулеза Татьяна Николаевна. Из лагеря, в 1930 г., его привезли в Ленинград для нового следствия по делу Академии наук и, в частности, Центрального бюро краеведения, обвиняемого в подпольной контрреволюционной деятельности. К прежнему сроку добавили два года, и Анциферов снова оказался в лагере в Медвежьей Горе на строительстве Беломорско-Балтийского канала.[50]
Осенью 1933 г., сразу после освобождения, Анциферов приехал в Детское Село повидаться с детьми, которые жили у сестры жены — Анны Николаевны. По совету друзей, опасавшихся нового ареста, в 1934 г. он перебрался в Москву. В 1934–1935 гг. Анциферов заведовал водным отделом Музея коммунального хозяйства (ныне Музей истории и реконструкции Москвы). В эти годы он женился на Софье Александровне Гарелиной, с которой был знаком по экскурсионной деятельности с начала 1920-х гг. В 1936 г. он начал работать в Литературном музее, но весной 1937 г. был вновь арестован. Пройдя тюрьмы (Лубянка, Таганка, Бутырки), Анциферов получил восемь лет за «контрреволюционную деятельность» и был этапирован в Уссурийский лагерь.[51] Английский историк Роберт Конквест в своем исследовании «Большой террор» отмечает, что в 1939 г. главная волна арестов пошла на спад и часть заключенных была выпущена на свободу. Среди этих счастливцев оказался и Николай Павлович.
«Дело мое прекращено, — сообщал он Г. А. Штерну 17 декабря 1939 г., вскоре после приезда в Москву, — я возвращен жизни».[52]
Необходимо отдать дань мужеству Владимира Дмитриевича Бонч-Бруевича, который не только сразу восстановил Анциферова в Литературном музее и выплатил ему пособие, но и в дальнейшем оказывал содействие в публикации его книг (несколько из них вышло под редакцией В. Д. Бонч-Бруевича).
Московский период, деятельности Анциферова выходит за рамки настоящей статьи. Отметим только, что в 1940–1956 гг. он работал в Литературном музее, занимал должность ученого секретаря, заведовал отделом. Николай Павлович готовил выставки, посвященные Пушкину (1937 и 1949 гг.), Герцену, Гоголю, Грибоедову, Лермонтову, Ломоносову, Майкову, Тютчеву и другим русским писателям и поэтам, участвовал в создании музеев Герцена, Достоевского, Тургенева, Чехова; выпустил 8 книг и около 40 статей.[53]
К «петербургской» теме Анциферов вновь возвратился в годы войны. В 1944 г. он защитил в Институте мировой литературы кандидатскую диссертацию «Проблемы урбанизма в русской художественной литературе (Опыт построения образа города — Петербурга Достоевского — на основе анализа литературных традиций)». В своем отзыве на эту работу Б. В. Томашевский, ходатайствуя о присуждении ее автору докторской степени, дал высокую оценку Н. П. Анциферову как исследователю Петербурга:
«В данной работе выдвинута и разработана новая проблема — изучение города в изображении художественной литературы. От автора подобных исследований требуется, чтобы он соединял в себе и качества литературоведа и качества историка. Мало того — требуется тонкое и детальное знакомство с самим материалом, т. е. конкретное знание самого изображаемого города. Кроме того, изучение темы города неразрывно соприкасается с рядом прикладных областей литературоведения, с экскурсионной практикой, музейной работой и специфическими формами популяризации и пропаганды литературы. По прежним работам Н. П. Анциферова, по всей его многообразной научной деятельности мы знаем, что он в высшей степени владеет всеми этими знаниями и всем этим умением. Ни для кого не является тайной, что инициатором и главным представителем этой темы является Ник. Пав. Анциферов».[54]
Из обширной переписки Анциферова с Г. А. Штерном видно, что во время блокады Ленинграда Николай Павлович жил в постоянной тревоге за судьбу города и оставшихся там детей: