Как выяснилось позднее, миноносцы «Страшный» и «Смелый» ночью, потеряв из виду свой отряд, повернули обратно. На переходе они встретились с шестью японскими миноносцами. Командир «Страшного» капитан 2 ранга К. К. Юрасовский принял их в темноте и тумане за своих и пристал в хвост кильватерной колонны. На рассвете он понял свою ошибку, но было поздно. Японцы открыли ураганный огонь. Одним из первых снарядов был убит Юрасовский. Заменивший его лейтенант Малеев попытался вывести миноносец из-под огня, но с моря подошли два японских крейсера. Неравный бой продолжался недолго. Один из японских снарядов попал в заряженный торпедный аппарат. Мина взорвалась, и миноносец начал тонуть. Команда, не думая о спасении, продолжала стрельбу.
«Смелый», пытавшийся оказать помощь, был отогнан огнем японских кораблей.
Прибыв на рейд, командир «Смелого» доложил Макарову о положении «Страшного». Из Порт-Артура тут же был послан крейсер «Баян», но подошел он к месту боя, когда миноносец уже скрылся в волнах. К японцам подоспели еще четыре крейсера, но «Баян» все-таки разогнал миноносцы и вступил с ними в неравный бой; прикрывая место гибели «Страшного». Под огнем шести крейсеров спустили шлюпки. Спасти удалось только пятерых матросов. Отстреливаясь и постоянно меняя курс, «Баян» пошел к Порт-Артуру.
С первыми выстрелами на море Макаров отдал команду выдвигаться на внешний рейд. Корабли еще продолжали маневр, когда подошедший «Баян» передал по беспроволочному телеграфу: «Вижу японскую эскадру». Не дожидаясь выхода всех броненосцев, Макаров на «Петропавловске» двинулся к месту гибели «Страшного», имея в кильватере «Полтаву» и два крейсера — «Аскольд» и «Новик». Крейсера японцев сразу перенесли огонь с «Баяна» на отряд командующего. Макаров, отвечая, продолжал сближение. Примерно через час на горизонте показались главные силы японцев: шесть броненосцев и два совершенно новых броненосных крейсера. Купленные перед самой войной, они впервые вступили в бой.
Макаров понял, что находится в невыгодном положении. В 16 милях от базы атаковать японцев малыми силами было пустой авантюрой, и он повернул назад.
На рейде в кильватер «Петропавловску» встали броненосцы «Победа» и «Севастополь». Макаров вновь повернул на восток с намерением вступить в бой. Но бой не состоялся. Над морем раздался сначала один взрыв, потом другой, еще более мощный. Над «Петропавловском» поднялся огромный столб дыма, водяной пыли, и через две минуты броненосец скрылся под водой. Это случилось в 9 часов 43 минуты.
С утра 31 марта генерал Кондратенко был на укреплениях, а после обеда задержался в штабе у Стесселя. Неделю назад он представил доклад, в котором серьезно ставил вопрос о посылке контингента войск к Бицзыво, где, по его мнению, мог быть наиболее вероятный пункт высадки японцев. Копию доклада перед праздником он отправил Макарову. Командующий эскадрой немедленно прислал ответ, в котором полностью соглашался с Кондратенко и обещал содействия у наместника.
Стессель, так и не отправивший доклад Куропаткину, пытался убедить Кондратенко в преждевременности такого шага, когда взволнованный адъютант доложил о гибели «Петропавловска» и командующего эскадрой от подводной лодки.
— Спасли всего человек пятьдесят, — запинаясь, взволнованным голосом докладывал ротмистр Водяга, — но великий князь жив…
Роман Исидорович стоял оглушенный известием, долго не мог понять, что вокруг творится. По кабинету бегал Стессель, перемежая ругань в адрес моряков с хвалой Господу по поводу спасения великого князя.
В ту ночь Кондратенко так и не уснул. Из головы не выходила одна мысль: «Что же теперь будет?» И сам же себе отвечал: «А что будет, знаю: жди теперь японцев в гости. Степан Осипович командовал эскадрой всего 36 дней, а успел сколько! Кто знает, как дорого будет стоить Артуру да и всей России его гибель…»
Утром принялся за письмо к жене:
«…Сегодня в 9 часов утра состоится в гарнизонной церкви панихида по вице-адмиралу Макарову и погибшим с ним офицерам и нижним чинам. Конечно, вчерашняя неудача — тяжелое испытание, но при энергии она принесет не только горе, но и решимость удвоить внимание для борьбы, а равно, может быть, научит русских, хотя на будущее время, подготовляясь к войне, встречать ее со всеми позднейшими изобретениями техники…»
На фоне всеобщей скорби кощунственно прозвучали нападки наместника на активные действия, практикуемые Макаровым, якобы послужившие причиной гибели, и полное равнодушие Стесселя, Фока и компании. Но более всего удручало то, что Николай II, просматривая некролог на смерть Макарова, собственноручно вычеркнул из него слова, что при Макарове «флот оживает, проявляет дух инициативы, угрожает неприятелю и вызывает в нем напряженные усилия запереть выход этому беспокойному и отважному адмиралу».
Кондратенко не ошибся в своих ночных мыслях. Адмиралу Того доложили о гибели Макарова в тот момент, когда в крепости служили панихиду. На следующий день он получил приказ из Токио немедленно начать десантную операцию по высадке на Ляодунский полуостров 2-й армии генерала Оку.