Но мирные договоры были тогда не в моде. На арену выходил более опасный, чем Япония, хищник — кайзеровская Германия. Она, готовясь к будущему переделу мира, делала все, чтобы отвлечь внимание России от ее западных границ. Одновременно Германия искала плацдарм для грядущих битв на Дальнем Востоке. Примечательно в этом отношении письмо кайзера Вильгельма своему августейшему племяннику Николаю II:
«…Я с интересом буду ожидать дальнейшего развития нашего дела и надеюсь, что как я охотно помогу тебе уладить вопрос о возможных территориальных аннексиях для России, так и ты благосклонно отнесешься к тому, чтобы Германия приобрела порт где-нибудь, где это не стеснит тебя…»
Кайзер знал, как успокоить русского царя. Впрочем, это были обычные лицемерные строки, которыми изобиловала переписка двух императоров. В 1897 году Вильгельм, разумеется, не посоветовавшись с горячо любимым родственником, отдал приказ германскому флоту занять или, как он выразился, «арендовать» китайский порт Циндао.
Русские дипломаты на мгновение растерялись, но медлить было нельзя, ибо стало достоверно известно, что Англия, в противовес Германии, готовит операцию на Ляодунском полуострове. Некогда было вспоминать о договорах с Китаем. В декабре 1897 года русский крейсер «Рюрик» бросил якорь в гавани Порт-Артура и остался там зимовать. Вскоре к нему присоединилась часть других кораблей Тихоокеанской эскадры.
А 9 марта следующего года в город вошел первый русский отряд, сформированный из батальонов восточно-сибирских стрелков, забайкальских казаков, полевой и крепостной артиллерии. Еще через неделю в Пекине представителями России и членами Цзунлиямыня была подписана конвенция о передаче китайским правительством России в аренду на 25 лет Ляодунского полуострова с Порт-Артуром и прилегающими островами.
16 марта 1898 года на сигнальной башне Золотой горы рядом с китайским флагом взвился русский Андреевский. Китайские войска под командованием генерала Суна к вечеру оставили город и крепость. Китайский флаг был спущен. Так Порт-Артур стал военно-морской базой русского Тихоокеанского флота.
Во главе русских войск был поставлен контр-адмирал Дубасов, который оставил о себе след в виде обращения к населению Порт-Артура, в котором пространно рассуждал о великой миссии России.
Тем временем в Европейской России был сформирован отряд для службы в Порт-Артуре и Талиенване. В него вошла 3-я Восточно-Сибирская стрелковая бригада, два полка которой — 11-й и 12-й — прибыли в Артур морем из Одессы. Остальные части формировались за счет Приамурского военного округа. Это были: два батальона крепостной артиллерии, артиллерийский дивизион, Квантунский саперный батальон и 1-й Верхнеудинский казачий полк.
За войсками потянулись и первые чиновники, портовые рабочие, купцы, мещане. Закипела работа в городе и крепости. Портартурцы сразу ощутили в полной мере неорганизованность и граничащее с преступлением невежество бюрократического аппарата. Даже официальные правительственные источники не могли не обратить на это внимание: «Трудностью положения было еще отношение к делу Петербурга: его чиновничьи мертвые канцелярии не имели ни малейшего представления о потребностях Порт-Артура и рассматривали вопросы лишь с точки зрения возможного уменьшения расходов. Военное министерство не хотело увеличивать численность гарнизона, и все многочисленные ходатайства по этому вопросу встречали лишь самый категорический отказ; кредиты, как на приспособление зданий для жилья и других насущных потребностей гарнизона, так и на постройку укреплений, задерживались и урезались.
Как у нас постоянно водится, канцелярские переписки разрослись до грандиозных размеров, нелепое приказание бывшего военного министра ежедневно доносить о мелочах, совершавшихся на Квантуне, отнимало немало времени у работников и вызывало совершенно излишние телеграфные расходы, так как долгое время после занятия приходилось платить больше рубля за слово. Напряжение работы было огромное, и нервы были натянуты у всех. Если к этому прибавить возню с антагонизмом между морским и сухопутным ведомствами, то становится понятным, в какие тяжелые условия была поставлена работа в Порт-Артуре».
Строительство в крепости шло черепашьими темпами, но все же в 1899 году были построены береговые батареи у Тигрового перешейка и за Плоским мысом, перевооружены 6-дюймовыми пушками и 9-дюймовыми мортирами Саперная и Круглая батареи. На сухопутном фронте впервые поставили 6-дюймовые пушки. Это полностью соответствовало бытовавшему мнению, что с суши ждать врага нелепо, ибо здесь за Артуром стояла вся Россия. О боевой готовности войск, их подготовке не думали, все силы бросили на строительство.