Но перевод не состоялся. Помешала, будь она неладна, все та же история со сбежавшим солдатом. С приближением нового века наступили перемены и в семье командира Сувалакского полка. Новости накатывали одна за другой. В начале 1900 года из Главного штаба пришло Кондратенко предложение занять место в Порт-Артуре. О Дальнем Востоке в России в то время говорили как о далекой, сказочной стране. Слухи ходили самого противоречивого содержания. Абсолютное большинство сувалакских офицеров считали службу там своего рода наказанием. Поэтому, когда в полку узнали, что их командир согласился ехать в Порт-Артур и уже вроде бы готовит к переезду семью, в городке стали придумывать самые невероятные объяснения такому поступку. Одни говорили, что Кондратенко собирается уезжать из-за крупных неприятностей со сбежавшим солдатом, который якобы был шпионом, другие — что в военное министерство поступил донос на Кондратенко за то, что он узаконил в полку солдатские школы. Волна пересудов еще больше всколыхнулась, когда узнали, что в переводе полковнику Кондратенко отказали. Роман Исидорович действительно получил из штаба известие с разъяснением, почему он не может быть назначен на предложенную должность. На Квантунском полуострове решили сформировать 3-й Восточно-Сибирский корпус и на предложенную вакансию могло претендовать лишь лицо с чином не ниже генерал-майора.
Не успел Роман Исидорович пережить эту неудачу, как поступило распоряжение того же Главного штаба о назначении его в комиссию по образованию войск.
Давно соскучившийся по живому делу, Кондратенко включился в работу комиссии с юношеской энергией. К тому же появилась возможность осуществить давнишнюю мечту: написать для офицеров книжку, которая бы имела такое же значение, как памятка для солдат. Комиссия работала в Петербурге. Роман Исидорович поселился у брата Николая и все свободное время трудился над рукописью. Большим подспорьем была прекрасная библиотека брата, но только вошел во вкус работы, как пришел приказ вернуться к прежнему месту службы.
Сувалакскому полку было предписано эшелоном прибыть в Одессу, погрузиться на пароход и отправиться в длительный путь на Дальний Восток. Вспыхнувшее в Китае боксерское восстание заставило царское правительство срочно усилить войска на восточных окраинах империи. В Китай по железной дороге и морем потянулись эшелоны, транспорты с «бравыми ребятушками».
Длительное морское плавание еще более утвердило Кондратенко в мысли о том, что военный организм Российского государства тяжело болен и нуждается в радикальном лечении. Новых методов обучения и воспитания требовали не только нижние чины, но и офицеры. Офицерство, большей частью погрязшее в пьянстве, с тупой жестокостью насаждало в ротах изуверские порядки. Зуботычина стала единственным аргументом в обращении с солдатами. С горечью отмечал Роман Исидорович, как углубляется пропасть между командирами и нижними чинами. Солдаты, озлобленные побоями, темные, неграмотные, как тяжелый крест несли нелегкую службу. Долгое совместное пребывание на ограниченном пространстве парохода дало возможность понять ему, что в полку не все так благополучно, как казалось раньше.
Кондратенко ввел с первого дня плавания обязательные занятия в солдатских школах. Это новшество было встречено большинством офицеров в штыки. Открыто никто не высказывал неудовольствия. Однако, проверяя занятия, Кондратенко видел, что начальники, особенно штаб-офицеры, проводят их кое-как. Выводы командир полка сделал самые решительные и незамедлительные. Не ограничиваясь взысканиями, он сам брался за некоторые занятия, устраивал показательные уроки. Предметом обсуждения делалось все — география экзотических стран, мимо которых проходил пароход, очерки по русской истории. Но больше всего времени уходило на изучение основ грамоты, простейших правил арифметики. Не забывал Кондратенко и об офицерах. Организовал некоторое подобие лекторской группы, в которую привлек всех командиров батальонов и других наиболее грамотных офицеров. Они читали лекции по истории военного искусства, тактике, основам фортификации, топографии. Вместе с регулярными занятиями по командирской подготовке это значительно оживило монотонную морскую жизнь. Но несмотря на все это, Роман Исидорович понимал, что его полк — лишь небольшая частица сложного военного организма, который вовсе не намерен изменяться по прихоти какого-то дотошного полковника. Становилось муторно на душе, опускались руки, и только многолетняя привычка к труду и ненависть к праздности заставляли продолжать начатое дело.