Впервые Кондратенко увидел Николая II через год, на маневрах. Российский император объезжал войска западных округов. Маневры больше напоминали цирковое представление, чем войсковое учение. Измученные бесчисленными репетициями, войска с нетерпением ожидали торжественного прохождения перед высочайшей особой. Царь прибыл в сопровождении большой свиты, быстро объехал войска и, не дожидаясь прохождения, поспешил распрощаться. Романа Исидоровича государь в блестящем гусарском доломане смог поразить только своей молодостью.
Второй и последний раз Кондратенко увидел царя через несколько лет. В первый месяц первого года нового века на балу в Зимнем дворце, куда пригласили командиров полков, он был даже представлен государю. Собралось около четырех тысяч человек, и Роман Исидорович был глубоко взволнован оказанной ему честью. Царь за пять лет заметно постарел, и, хотя в его движениях и словах появилось больше уверенности, весь он по-прежнему оставался невыразительным и мягким. Глядя поверх головы Романа Исидоровича, ровным голосом Николай I спрашивал у полковника Кондратенко, где тот раньше служил, что делал во время войны, сколько времени командовал полком и есть ли у полка казармы. В ответ на заявление Кондратенко, что казармы есть даже для всей бригады, государь, демонстрируя феноменальную память, заметил: «Да, да, я помню, недавно построены. Для пятой стрелковой бригады…» На этом аудиенция закончилась.
Осенью 1897 года Роман Исидорович решил провести отпуск у брата. Это будет его последняя встреча с родным Тифлисом. Поехал один. Надежда Дмитриевна из-за болезни сына осталась дома. В этот приезд он много ездил и ходил по городу, его окрестностям, вспоминал трудное детство. Как-то вместе с братом отправились в оперу. Театральное здание восхитило Романа Исидоровича своим великолепием, обилием электричества, но труппа была настолько плоха, что, послушав своего любимого «Фауста», в театр решил он больше не ходить. Зато в парк Муштаид, расположенный на высоком берегу Куры, наведывался ежедневно. Из Ботанического сада открывался прекрасный вид на долину Куры и раскинувшийся, как на ладони, древний Тифлис. Знаменитый Сионский собор казался великаном, поднявшим свою остроконечную шапку над городом.
В конце октября Кондратенко возвратился в полк. Два последних года перед началом нового века прошли в обычных заботах, спокойно и размеренно. Кондратенко за это время превратился в истового хозяина. Добился денег на ремонт старых казарм и постройку новой. Затем с не меньшей старательностью занимался строительством. В семье произошло радостное событие. В 1898 году Надежда Дмитриевна родила двух девочек-близняшек. Мария и Вера, так назвали девочек, были особенно дороги Роману Исидоровичу. Он души в них не чаял, вечерами не отходил от колыбельки, в которой тихо посапывали крошечные существа.
Словом, все было хорошо. Роман Исидорович не стремился к славе и чинам. Любимая работа, жена, дети, спокойные вечера в кругу семьи. Брату он в то время писал, что никогда не был так счастлив, как сейчас.
Но ни один командир не застрахован от неприятностей. Бывали они и у полковника Кондратенко. И всегда переживал их Роман Исидорович болезненно. Например, солдат-еврей из 2-го батальона отказался служить в строю из-за религиозных побуждений, его перевели в полковую музыкантскую команду, оттуда он вообще сбежал. Беглеца вскоре задержали и присудили к двум годам дисциплинарного батальона. И все это время служебные разбирательства, нарекания со стороны начальника дивизии.
В это время появилась вакансия на должность начальника юнкерского училища в Москве. Роман Исидорович не прочь был бы ее занять. Ему часто приходилось бывать в Первопрестольной. Город нравился своей спокойной, какой-то домашней жизнью, резко отличающейся от петербургской круговерти. Останавливался Кондратенко обычно в центре, в меблированных комнатах «Княжий двор», недалеко от храма Христа Спасителя, и все свободное время посвящал знакомству с городом.
Москва, торопясь догнать Петербург, спешила приобрести европейский лоск. По булыжнику мостовых еще стучали копыта тяжеловозов, тащивших конки, но уже появились первые новенькие трамваи. Вечерами центральные улицы заливал свет необыкновенно ярких электрических фонарей, которые отражались в громадных зеркальных витринах магазинов. Изредка, пронзительно сигналя и дымя, подпрыгивали на мягких шинах, пугая лихачей и ванек, громоздкие авто.
Но внешняя новизна лишь подчеркивала истинно русскую сущность города. Обилие церквей с их малиновым звоном колоколов, веселая московская толчея на центральных площадях, которую сменяла патриархальная тишина переулков, делали город единственным и неповторимым. Все здесь было до глубины души русским…
Переполненный впечатлениями, Роман Исидорович писал жене: «…Очень бы хотелось мне показать как-нибудь тебе и деткам достопримечательности Москвы. Мне кажется, что подобный показ очень и очень содействовал бы развитию и укреплению в них русского, хорошего духа…»