Но, несмотря на всю занятость, Владимир Николаевич зачастил в Ленинград в ЦКБ-18 и другие специализированные КБ. Последние годы войны показали, что ныряющие лодки обладают недостаточной скрытностью. Несмотря на все доработки, использование новейших технологий, как обрезинивание корпуса, благо, что синтетический каучук решил проблему с натуральным, выдвижных устройств, новейших средств размагничивания, всё равно лодке требовался воздух для работы. Побывав на трофейной лодке с двигателем Вальтера типа XVIIB U-1406, на лодках серии XXI, поступивших на вооружение ВМФ, и организовав привлечение к разработкам большого числа немецких специалистов: Эльфкена, Вальтера и многих других инженеров с Ingenieurburo Gluckauf, Жуков вышел инициативой создания нового проекта крейсерской лодки проекта 641. Которая должна была превосходить все имеющиеся лодки на флотах капстран. Тем более, что одна из лодок типа XXI "числилась потопленной" английскими ВМС, и, соответственно, англичане уже начали её копирование. Его поддержал Кузнецов, и работа закипела. Впервые в СССР к серийной лодке применялся плазово-шаблонный метод сборки, разработанный в Германии. Лодка обещала быть дешевой и массовой. И обладать выдающимися характеристиками. Гельмут Вальтер переехал в Ленинград и активнейшим образом работал над крупнокалиберной дальнобойной 650мм перекисно-водородной торпедой и дальнобойной высокоскоростной самонаводящейся 533мм торпедой ДБТ, которые уже в следующем должны были поступить на Государственные испытания. В самый разгар работы над этими проектами состоялась первая послевоенная атака на Жукова. Акция была хорошо спланирована, использована флотская пресса, а затем подключилась и центральная. Поводом для неё послужила авария на авианосце "Тбилиси", в результате которой погибло много моряков срочной службы и несколько старшин-сверхсрочников. Дело в том, что конструкционно наши и японские корабли разительно отличались: на "японцах" практически не использовалась электроэнергия, все вспомогательные механизмы имели паровые двигатели или турбины. Корабли поступили к нам, естественно, без документации. Командование флотом, вместо того, чтобы запросить эту документацию, проваландалась с этим почти год. Потом спохватилось, но, вся документация написана на японском языке! Иероглифы матросы не разбирают. Отдали в бюро переводов, те, естественно, с таким объёмом работы не справились, затянули сроки. Техобслуживание систем не было проведено. В итоге: ночью произошёл разрыв паропровода высокого давления в жилых помещениях четвертой палубы, унесший жизни ста пятнадцати человек. Атаку организовал "старый знакомый": опять ставший вице-адмиралом и начальником штаба ТОФ Алафузов. Жукова обвиняли в том, что он не оговорил передачу документации на русском языке при сдаче флота японцами, и требовали над ним суда офицерской чести. После публикации "открытого письма" в "Красной звезде" и в "Правде", адмирал сел в самолёт и полетел в Москву. Он не стал записываться на приём к Кузнецову, так как косвенно в тех же деяниях был обвинён и Главком ВМФ. Он записался на приём к Сталину. Вечером того же дня ему позвонили в гостиницу, где он остановился. Поскрёбышев сообщил, что Жукову ему назначено на час ночи. В Кремле последний раз Владимир был в 42-м году осенью. Подошёл к проходной у Боровицких ворот, расспросил, как пройти в кабинет Сталина. Несмотря на удивление, охрана толково разъяснила ему путь. Сдал оружие караульному, поднялся по лестнице, вошёл в приёмную за 3 минуты до назначенного времени. В приёмной дымно, накурено, за столом сидит лысоватый человек в мундире, но без погон. Форма старая, ещё довоенная. Адмирал представился, ему указали на диван и попросили подождать. Разрешили курить, некурящий Жуков мотнул головой. Тут и так не продохнуть от запахов табака. Через несколько минут Поскребышев снял трубку зазвонившего телефона, что-то ответил. Через полминуты дверь открылась, и из кабинета вышло несколько незнакомых человек.
— Проходите, товарищ адмирал. — сказал Поскрёбышев, и снова уткнулся в какие-то записи.
Двойная дверь, довольно светлый кабинет, освещённый несколькими люстрами. Длинный т-образный стол, накрытый тяжёлой суконной скатертью, многочисленные кресла с обеих сторон стола. Сталин сидел в мундире с погонами маршала Советского Союза и одинокой звездой Героя. Жуков, перед выходом из гостиницы, наглаживал мундир, и аккуратно размещал четыре звезды и колодку с орденскими планками. Ничего "лишнего" на шею не повесил, хотя мог. Всё было только на колодках. Доложился о прибытии, продолжая осматривать кабинет. Он здесь никогда не был.
— Здравствуйте, товарищ Жюков! — лёгкий акцент у Сталина присутствовал. — Проходите, присаживайтесь.
Сталин указал ему на первое кресло слева от себя у длинного стола.
— Что, незнакомый кабинет? Мне, даже, показалось, что Вы не стараетесь сюда попасть. Это так? Что у Вас случилось, что Вы изменили правилам?