Среди излюбленных целей подводных лодок были танкеры, перевозившие нефть. К 1944 году число потопленных танкеров значительно превышало количество вновь построенных. Объем импорта нефти в Японию достиг максимальной величины в первом квартале 1943 года, а год спустя – составлял менее половины от этого уровня. К первому кварталу 1945 года импорт полностью прекратился. „К концу ситуация была такова, – говорил один японский капитан, – что мы были совершенно уверены – танкер будет потоплен вскоре после того, как он покинет порт. У нас почти не возникало сомнений, что танкер до Японии не дойдет“.
По мере ухудшения ситуации с нефтью японцы стали пользоваться различными уловками. Топливо заливали в бочки разных размеров, например в фибровые контейнеры или большие резиновые мешки вместимостью до пятисот баррелей. Но несмотря на остроумное решение, данная мера не дала желаемого эффекта по ряду причин: бензин разъедал резину, наполнение и опорожнение мешков вызывало трудности, а сами они уменьшали маневренность буксиров, превращая их в отличную мишень для авиации противника. В отчаянии, японцы даже пытались наладить перевозку на собственных подводных лодках, а также вынуждали германские подводные лодки доставлять нефть в обмен на предоставление услуг по ремонту в Японии.
В тылу, в связи с тем, что импорт иссякал, приходилось затягивать пояса все туже и туже. Потребление бензина на гражданские нужды в 1944 году составило лишь 257 тысяч баррелей – всего 4 процента от объема 1940 года. Автомобили, которые, как считалось, имели важное значение, были переоборудованы для работы на древесном угле или дровах вместо бензина. Топливо для промышленных нужд получали из соевых бобов, арахиса, кокосовых орехов и семян клещевины. У гражданского населения реквизировались запасы картофеля, сахара и рисовой водки, изымались даже бутылки саке с полок магазинов, чтобы получить спирт, использовавшийся как топливо.
В 1937 году японцы предприняли амбициозную попытку приступить к производству синтетического топлива. В месяцы, непосредственно предшествовавшие Перл-Харбору, кое-кто в Токио поддерживал идею использования синтетического топлива как альтернативу в войне. Но реальные усилия в этой области в военное время так ни к чему и не привели вследствие нехватки стали и оборудования, а также бесконечной из-за череды различных проблем технического и общеинженерного, в том числе кадрового, характера. В 1943 году производство синтетического топлива в Японии составило всего один миллион баррелей, то есть только 8 процентов от намеченного на этот год. Кроме того, более половины мощностей находилось в Маньчжурии и простаивало в конце 1944—1945 года из-за блокады. Производство синтетического топлива обернулось неудачей, причем очень дорогостоящей вследствие истощения ресурсов и огромных затрат рабочей силы и руководящих кадров.
Растущая нехватка нефти все более ограничивала возможности Японии по ведению войны и оказывала непосредственное воздействие на ход многих сражений. Недостаток ее дал о себе знать уже в июне 1942 года во время битвы за Мидуэй, в ходе которой, по словам одного адмирала, „мы израсходовали очень много топлива, больше, чем полагали необходимым; результат этого почувствовали сразу же“. После победы в мидуэйском сражении союзники перешли к наступательной стратегии, „перепрыгивая“ с острова на остров в западном направлении, осуществляя комбинированные морские и сухопутные операции, с каждым разом все более приближаясь к Японии. Для обеих сторон каждый ярд стоил сотен человеческих жизней. Но американцы создали ударный кулак в виде амфибийных сил и авианосного флота, поддержанных всей промышленной мощью страны. Они даже отомстили за Перл-Харбор в апреле 1943 года, когда из расшифрованных японских сообщений удалось узнать, что адмирал Ямамото, создатель плана того губительного нападения, собирался в поездку на остров Бугенвиль недалеко от Новой Гвинеи. Американские истребители, ожидавшие в засаде, вышли из облачности, подбили самолет адмирала, и последний нашел свою смерть в джунглях среди горящих обломков.
Подводная война продолжалась, и в первые месяцы 1944 года императорский военно-морской флот начал „чрезвычайно остро“ ощущать нехватку топлива. Постепенное истощение нефтяных запасов стало оказывать влияние и на принятие стратегических решений, причем во все более серьезных масштабах. При проведении марианской операции японский линейный флот не принял участия в битве ввиду недостатка топлива. Более того, авианосное соединение сближалось с американским не по положенной траектории, а в лоб, чтобы сэкономить топливо. „На движение по большей траектории потребовалось бы слишком много топлива“, – позднее скажет японский командующий. Но и сближение в лоб оказалось слишком дорогостоящим, так как в результате этого сражения, которое потом получило название „большой Марианской охоты на индеек“, японцы потеряли 273 самолета, а американцы всего 29. Это означало прорыв внутренней линии обороны агрессора.