Для разоблачения самозванца из Галича Шуйский велел привезти мать и младшего брата Юрия Отрепьева. Их вывели на Лобное место, где они рассказали, что именно их Юшка назвал себя царем Димитрием. Однако с момента появления самозванца они его ни разу не видели, и все их свидетельства были малоубедительны для народа.
Новому царю срочно потребовался и новый патриарх. Вполне логично было вернуть в патриархи Иова, находившегося в Старице. Но против кандидатуры Иова решительно выступили Шуйские, которые имели с ним давние счеты. Первоначально Шуйские хотели возвести в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчилось большинство бояр и высшее духовенство. Недовольные Шуйским бояре и иерархи церкви решили возвести в сан патриарха митрополита Филарета. Почему-то никого не смущало, что всего лишь год назад он был простым монахом и в делах религии себя вообще никак не проявил. В вопросе с патриархом царю Василию пришлось уступить. Филарет был объявлен патриархом, об этом даже сообщили польским послам.
Но тут хитроумный Василий Иванович разыграл блестящую комбинацию. Он предложил канонизировать царевича Димитрия и перенести его останки из Углича в Москву. Этим Василий сразу добивался нескольких целей. Во-первых, согласно христианским верованиям, самоубийцу, даже невольного, нельзя сделать святым, поэтому всем придется признать, что Димитрий был зарезан, и этим скомпрометировать Годунова. Во-вторых, торжественное перезахоронение останков царевича, по мнению Шуйского, должно было покончить со слухами, что Димитрий жив. В-третьих, такое важное мероприятие было поручено патриарху Филарету. Филарет должен был привезти прах царевича в Москву. Затем у гроба произойдут великие чудеса, и церковь объявит Димитрия святым. И вот тогда произойдет официальное возведение Филарета в патриархи и венчание на царство Шуйского.
Итак, царь Василий решил на время убрать Филарета из Москвы. Как ни странно, это совпадало и с желанием самого Филарета, поскольку тот хотел иметь алиби. Шуйский и Романов стоили друг друга. Шуйский хотел возвести на патриарший престол архиепископа Гермогена, за которым в Казань был послан гонец еще 19 мая. Филарет же со своей стороны вкупе с Ф.И. Мстиславским готовил государственный переворот в Москве, имевший целью свержение царя Василия.
В заговоре против Шуйского участвовали многие представители знати. Естественно, что никаких протоколов заседаний они не вели, и конечная цель переворота — возведение на престол своего царя — вызывает у современных историков споры. По одной версии на престол должен был взойти кто-то из клана Романовых, по другой — Ф.И. Мстиславский, а третья версия была компромиссной — на престол должен был вернуться шутовской царь Симеон Бекбулатович, жена которого была родной сестрой Ф.И. Мстиславского.
Итак, Филарет отправился в Углич. Его сопровождали астраханский архиепископ Феодосий, бояре Иван Воротынский и Петр Шереметев, брат инокини Марфы Григорий и племянник Андрей Нагие. А в воскресенье, 25 мая, в Москве начался бунт. По официальной версии, царь шел к обедне и внезапно увидел большую толпу, идущую ко дворцу. Толпа была настроена агрессивно, слышались оскорбительные выкрики по адресу Шуйского. Как писал очевидец Жак Маржерет, если бы Шуйский продолжал идти к храму, то его ждала бы та же участь, что и Димитрия. Но царь Василий быстро ретировался во дворец. Там он с плачем обратился к окружившим его боярам, что нет нужды затевать бунт, что если хотят от него избавиться, то, избрав его царем, могут и низложить его, если он им неугоден, и что он оставит престол без сопротивления. Потом, отдав боярам царский посох и шапку Мономаха, Шуйский продолжал: «Если так, выбирайте кого хотите». Бояре растерялись, и никто не решился дотронуться до царских регалий. Растерянность можно объяснить и тем, что среди присутствующих бояр не было главного заговорщика, который в тот момент занимался гробокопательством в Угличе.