Между тем польский гарнизон в Москве оказался в очень сложном положении. Поляки и их сторонники типа Федора Андронова окончательно разграбили царскую казну. Денег и драгоценностей было в избытке, но их нельзя было есть. Как писал Конрад Буссов, сидевший в Кремле вместе с поляками, «...из спеси солдаты заряжали свои мушкеты жемчужинами величиною с горошину и с боб и стреляли ими в русских... Польские солдаты полагали, что если только они будут носить шелковые одежды и пышности ради наденут на себя золото, драгоценные камни и жемчуг, то голод не коснется их. Хотя золото и драгоценные камни имеют замечательные свойства, когда их обрабатывают chimica artr (химически), но все-таки они не могут насытить голодный желудок. Через три месяца (после прихода Ляпунова) нельзя было получить за деньги ни хлеба, ни пива. Мера пива стоила 1/2 польского гульдена, то есть 15 медных грошей, плохая корова — 50 флоринов (за такую раньше платили 2 флорина), а караваи хлеба стали совсем маленькие. До сожженных погребов и дворов, где было достаточно провианта да еще много было закопано, они уже не могли добраться, ибо Ляпунов отнял у поляков Белый город. Благодаря этому московитские казаки забрали из сожженных погребов весь оставшийся провиант, а нашим пришлось облизываться. Если же они тоже хотели чем-нибудь поживиться, то должны были доставать это с опасностью для жизни, да и то иногда не могли ничего найти».
Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, обладавших мощными каменными укреплениями. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.
Наиболее важной проблемой было командование ополчением. В нем практически не оказалось знати. Среди руководителей ополчения были два боярина — Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий, но боярство их было липовое: в бояре их произвел Тушинский вор. Прокопий Ляпунов имел более низкое звание — думный дворянин, но он получил его законным путем. По уму и энергии Ляпунов существенно превосходил обоих «тушинских бояр». После долгих споров решено было сделать главными воеводами ополчения всех троих. Такое решение существенно ослабило ополчение как с военной, так и с политической точки зрения.
В апреле 1611 г. Ляпунов, Заруцкий и Трубецкой привели ополчение к присяге, в которой говорилось: «Стоять заодно с городами против короля, королевича и тех, кто с ними стакнулся; очистить Московское государство от польских и литовских людей; не подчиняться указам бояр с Москвы, а служить государю, который будет избран землей».
В ополчении возник постоянно действующий Земский собор. Собором было выбрано «правительство», которое, естественно, возглавили три главных воеводы ополчения. В противовес бездействующим московским Приказам при ополчении были созданы свои Приказы (нечто вроде современных министерств).
Власть «подмосковного правительства» признали 25 городов, в том числе Нижний Новгород, Ярославль, Владимир, Переславль-Залесский, Ростов, Кострома, Вологда, Калуга и Муром.
К сожалению, ни Земский собор, ни «правительство» не только не смогли предложить достойного кандидата на московский трон, но даже определить порядок избрания царя.
Прокопий Ляпунов оказался в чрезвычайно сложном положении. Он прекрасно понимал, что его, простого рязанского дворянина, никогда не выберут в цари. Выбирать на престол кого-нибудь из бояр, сидевших в Москве, то есть фактических врагов ополчения, не хотели ни Ляпунов, ни большинство ополченцев.
Трубецкой активно лез в цари, но ему тоже не хватало знатности, да еще не было ни ума, ни способностей. К трону рвался и «боярин» Заруцкий. Лихой казак хотел получить шапку Мономаха через постель. Заруцкий поселил свою «подругу» Марину Мнишек в Коломне и часто наведывался к ней. Свою же законную супругу «боярин» упек в монастырь. Заруцкий понимал, что агитация за себя самого или даже за Марину вызовет возмущение ополчения. Поэтому он через подставных лиц начал агитировать за «воренка» Ивана, сына Марины и Тушинского вора.
Узнав о планах Заруцкого, патриарх Гермоген немедленно разразился «обличениями». Он написал несколько грамот к воеводам ополчения, чтобы они не выбирали на царство «проклятого Маринкина паньина сына». На всякий случай патриарх продублировал это предостережение в грамотах в Нижний Новгород, Казань и другие города, добавив призыв «отвергнуть воренка», если казаки выберут его на царство «своим произволом».
В такой ситуации Ляпунов решил вступить в сношения со шведским королем, чтобы прозондировать возможность возведения на престол его сыновей — старшего Карла-Филиппа или младшего Густава-Адольфа. К шведам поехал воевода Василий Иванович Бутурлин.